这一招确实收到了效果，三日之内，近两千名躲在岛上的日寇见到明军没有杀害他们的意图（此时，严广儒还没有在对马岛上大开杀戒呢），而且还优待俘虏，加上一个个也饿得不行了，就干脆都放下了武器，主动向明军投降了。
等到这些俘虏都被看管了起来之后，邓茂的第一军对整个壹歧岛扫荡了一遍，将最后一些还没有投降的日寇铲除了之后，第一军撤到了港口，而陈豫的第二军则已经将日寇给围了起来，卫平的第三军则在加快速度部署，巩固第二军的防线。
当日寇发现气氛不对的时候，已经太晚了。当天晚上，明军在食物中下了毒，大部分日寇都被毒死，一些警惕性较高，没有急着吃饭的日寇虽然没有被毒死，不过等待着他们的结果是一样。在天黑之后一个时辰，所有日寇都完蛋了。当天晚上，明军连夜清扫屠杀现场，本来所有的尸体都准备掩埋的，可是尸体太多，根本就埋不完，而且明军还要留下精力在日本本土登陆。到最后，不得不将没有来得及掩埋的尸体全都抛入了大海。也正是如此，后来日本人才会记载明军在壹歧岛大屠杀的事情，当然，明帝国的正史中绝不会记载这样的事情，而是说这些日寇都是负隅顽抗，最终被消灭的！
打下了壹歧岛之后，第一军团在岛上休整了两日，一方面是士卒长途跋涉，都非常的疲惫。而且很多陆军官兵不适合海上航行，出现了严重的晕船现象，到了壹歧岛。很多人都被折磨得没有一点人样了。另外，当时大批的运输船已经运回了釜山港，准备将更多的物资运送到对马岛，好支持明军的进攻行动，没有足够的船只将登上壹歧岛的第一集团军运到日本本土去。
陈懋也不得不下令在这里暂时停了下来。不过，李舜臣指挥的西面舰队就没有歇着。而是趁第一集团军在岛上休整的机会，迅速率领舰队南下，杀向了日寇本土港口。
当时，日本的主要港口都集中在西部地区，特别是以长崎为中心的九州岛，一直是日本海上贸易发展得最为迅猛的地方。小西家族就是长崎的大商人家族，是日本最出名的商业家族。而在九州岛，四国岛，以及本州岛之间的濑户内海更是日本航海业最发达的地区，集中了大量的港口。
当时，日本九州，四国与本州三岛之间的交通完全依靠海上航线。
而织田信长以霹雳手段征服了日本西部地区之后。九州，四国两地都成了西军的大后方。当时，日寇使用的火器，除了战前从明帝国购买的之外，大部分都是靠商人从南洋买回来的。明帝国出口到南洋的火器远比出口到日本的多。而很多南洋国家见到日本商人千里迢迢地赶到他们这边来买火枪，也立即看准了这个机会，做起了二道贩子来。
同样的，九州，四国两地也是日本重要的粮食产地，是因为这两地位置比较靠南，气候更温暖一些，而且沿海平原也不少，有大量适合耕种的肥沃土地。可以说，出了织田信长的老家尾张之外，九州与四国是日本最富庶的地方。当时，织田信长放弃了东进夺取关东平原的机会，而是南下进攻九州与四国，也正是看到了这一好处。
显然，九州与四国对西军来说是非常重要的，这也是为什么朱祁钰要分兵两路，让陈懋率陆军主力进攻九州的原因。只要打下九州，那就相当于打掉了织田信长的一只胳膊。而攻占九州的第一步，就是要孤立九州岛！
李舜臣没有像顾成林那样悟出海军舰队存在的价值，不过，他却通过实际的行动来实现了这一价值。从这一点上来看，李舜臣确实对得起那一时期，明帝国海军头号名将的称号。他率舰队南下之后，一路都没有闲着，先后炮击了富冈，棕象，马关，宇部，下松，中津，宇佐，大分，佐伯，宇和岛等港口，几乎一路杀出了丰后水道！
