城墙一倒，日寇纷纷退如了城内。严广儒本想让步兵进攻，可是一想到在城内打巷战，必然要破坏城区的建筑，严广儒就让步兵停了下来。无奈之下，他只能先让炮兵将京都的城墙全都给“拆”了，然后用骑兵封锁了京都外的所有通道，步兵则负责包围京都，三日之内，京都已经成了一座完全“不设防”的城市。
日寇见到明军没有杀入城来的意思，一是不解明军的意图，二是更加大胆了，既然明军不敢杀进来，那就在城内固守，看明军拿他们怎么办！
见到日寇用这种“无赖”般的打法，严广儒一急，反而想了个办法出来。京都临近琵琶湖，只有西面有一条小河，城内的市民以及日寇都需要从这条河里取水。严广儒派骑兵控制了河岸，然后等着日寇过来取水。然后，开始用步兵压缩防线，一步步的紧缩日寇的活动范围，让日寇无法找到更多的水源。
这一招确实起到了一定的效果。围困两日之后，城内的日寇的麻烦大了。城内仅数口可水井可以使用，而这绝对无法满足数万人的需要。
在明军控制了水源的情况之下，日寇根本就无法得到足够的饮用水！
照此办法围困下去的话，京都必然沦陷，可这时候严广儒也收到了消息，神户已经被日寇主力包围，第三军陷入了苦战之中。而陈懋也送来了新的命令，要第六军不惜一切代价，以最快的速度打下京都。被这一逼，严广儒想到里一个好办法。
当日晚，严广儒故意让城南的防线出现了松动，将几个日寇的信使放了出去，接着，用骑兵在外围将这几个日寇的信使都拦截了下来（结果。还是放跑了几人）。严广儒在审问了这伙日寇的信使之后，给了他们一次机会，让他们跟明军合作。当然。不怕死的人肯定有，那怕死地人也肯定有。结果，两个日寇信使屈服了。
亚广儒让这两人吃了点皮肉之苦后，分付了一番，过了两日，就将他们放了回去。而这两个日寇将给京都的日寇守军带去一条具有“决定”性意义的消息，织田信长地主力在神户被明军全歼了！
当然，这消息是严广儒炮制出来的。在放走了这两个日寇之后。
严广儒也下令步兵做好了攻城的准备。他也想好了，这一招管用最好。
到时候日寇主动投降，省了不少的麻烦。如果不管用，那就强攻，就算付出点代价。也必须要在今日之内打下京都！
这一招确实收到了效果。当京都的日寇守将听闻织田信长大军被全歼，连织田信长都失踪的消息之后，心里大骇不已。接着，明军大军压城，攻城站迫在眉睫。在他看来。明军等的也正是这一消息，织田信长地主力被歼灭之后，明军已无后顾之忧，所以可以集中兵力攻城。
日寇守将三思之后，终于做出了一个将影响后世数百年的决定：投降！在日本历史上，这个不知名地日寇将领（明史，日本史中都无记载，只是含糊地说了一句是个普通的军官而已。还不是将军）的决定引起了很大地争论。有人认为，他如果再坚持守上几日，把消息送给织田信长的话，那么神户一战的结果就将完全不一样，到时候明军的计划就将完全失败。同样的，也有人认为，他投降与否其实并没有太大地关系，以当时明军队实力来讲，打下京都是不成任何问题的。当然，也正是这名日寇的将领选择了投降，这才没有让京都在战火中化为一片废墟（不过后来还是避免不了的被明军炸成了废墟），保持了日本的首都，不然的话，这座有着上千年历史的城市就将彻底的从地球上消失了！
日寇主动投降，严广儒松了口气，立即派兵入城，收缴了日寇武装。而此时，朱祁钰严禁滥杀无辜地命令也早就传了过来，严广儒自然不敢乱杀一人，将日寇，以及城内的日本人都集中看管了起来。而在此之前，他已经派人以最快的速度去通知陈懋，邓茂，以及卫平，报告占领京都的消息。
