在帝国军官培训学院成立的典礼上，朱祁钰担任了该学院的名誉院长，并且负责为第一期学员讲解部分战术课程。当然，陈懋才是学院的第一任院长。而在典礼活动上，朱祁钰正式宣布了帝国军队改制的大体方案。随后，一场轰轰烈烈的军队改编行动开始了。
帝国第二次军制改革的核心，是将原先的两级并行制改为了三级隶属制。这不仅仅是整个军制改革的核心，更是为了适应未来的远征战争所进行的最为必要的改革了。当然，这也是帝国军队战斗力再次提高的根本所在，如果没有这次的军制改革，那么帝国军队必然会被其臃肿的体系给拖垮，根本就不可能获得今后那些辉煌的胜利！
在实行二级并行制的时候，帝国军队是分成了中央军与地方军两种不同编制的。帝国中央军除了负责京城（南北两京）的卫戍与安全工作之外，主要的任务就是负责对外战争，在对外战争中充当主力部队。相反，地方部队则主要负责帝国其他各地的安全卫戍工作，只有在最为必要的时候，才会承担起为中央军提供后勤保障的任务！
从这两级编制来看，帝国军队之前是比较适合在周边地区进行征战的。对日战争，以及在南洋，西洋两地的战争，这一军事编制起到了很好的作用，是胜利的基础。不过，很明显的，这两级编制本身就存在着指挥机构并行，且过于复杂，不适合进行远征作战。且重复的指挥系统，只能制造出混乱来，这对军队征战是致命的威胁！
在两级编制中，帝国中央军的问题还不大，毕竟这是主力军团，且都受到皇帝的直接节制，并且由陈懋控制的帝国总参谋部负责具体的策划与指挥。相反，地方军的指挥体系却极为混乱。陈懋的总参谋部也负责地方军的指挥工作，不过，因为地方军还负责地方保卫与安全工作，所以又受到了政府的节制。实际上，地方军本身就类似于警察部队。要受到两套指挥系统的控制，结果就导致地方军内部的问题极为复杂。在征战时期，帝国的一切活动都是为了胜利，所以地方军中的这些问题还没有体现出来。但是，到了和平时期，地方军中的弊病就表现得非常地清楚了！
朱祁钰这次搞的军制改革，其最重要的工作，就是改变地方军本身的毛病，并且将军队从国内治安的任务中解脱出来，为成立单独的帝国警察部队留出空间。当然，这也能够更进一步地强化军队的单一性，将军队的力量都集中到对外战争上来，这样才能够更有效地发挥军队的战斗力，并且为今后的远征做好准备！
新的三级隶属制中，就不存在指挥机构并行的毛病了。在新的军事体制中，已经取消了地方军，并且集中了军队的指挥大权。这样一来，军队与政府就完全分离了，并且相互不干涉，政府所控制的将是今后成立的警察部队，军队则不负责国内治安任务，进一步消除了军队干涉政务的危险性。当然，最主要的，还是强化了帝国军队的战斗力。
三级隶属制中，国防部将负责全国所有军队的人事安排，卫戍部队的调动，以及军队的后勤物资供应，军人薪饷的发放等等。总参谋部则负责军队作战计划的制订，向国防部提交人事调动的请求，以及在战争时期负责军队作战的指挥工作，在和平时期根据假想敌的制订相关的作战计划，以及负责军队的训练，演习等工作。这两个部门中，国防部本身是由帝国内阁政府控制的，并且由国防部长直接向内阁总理负责（实际上是向皇帝负责）。总参谋部本身就直接向皇帝负责，而不需要向内阁总理负责。显然，军队的人事，以及指挥大权分属两个部门，而且分成了战时体制与非战时体制。不管是哪套体制，最终，军队的控制大权是掌握在皇帝手里的，这就是说，朱祁钰为控制军队加了一道双保险！
