当然，帝国军医院也存在着一定的缺陷，这主要是受到其职责的限制地。比如，帝国军医院最为侧重的就是外科，特别是创伤性外科，即使是在数百年之后，帝国军医院（已经改名为帝国军事总医院）在创伤外科领域内的水平仍然是世界上第一流的。这也是因为，大部分的战争伤员都是外部创伤，所以最为需要在这方面进行深入研究。其次，帝国军医院其实就是一家大型医院，在学术领域内地研究是不健全的，在很多方面还需要依靠帝国公立大学的帮助，没有足够的力量支持学术性的研究，自然也就难以有更大的突破了。第三，帝国军医院的人员流动非常频繁，毕竟战争频繁，而前线军队对军医的需求量是很大的，很多医生只是在军医院进行了一年，甚至半年的培训之后，就被送到了前线部队去，难以长期进行某一个项目的研究。
这些都严重的制约着帝国军医院在学术领域的发展。而当时朱祁钰是比较重视现代医学的，特别是外科医学，这也是因为战争需要。众所周知，中医在外科领域内并不算发达，而且对时间要求极为严格的战场急救确实起不到多大的贡献，就算曲华亦研究出了当时世界上最好的金疮药，并且已经在军队中大量使用，挽救了很多军人的生命，不过，对于后来越来越多的枪伤，特别是由铅等重金属造成的枪伤来说，中医就显得力不从心了。这也是朱祁钰为什么重视现代医学研究的主要原因，没有一套良好的现代医学体系，就无法在战场上保证众多伤员能够康复，更不能保证一些原本不需要付出更大代价的伤员残废，甚至死亡！
从这几个原因来看，成立帝国医学院，并且主要侧重理论与学术性方面的研究，为现代医学体系打下基础，这是最为重要的。现代医学体系中，除了要具有一定的外科基础之外，其实最为重要的还是化工工业，也就是现代制药业！中药有着本身的独特性，在很多地方，甚至是不可代替的，比如很多疑难杂症，用现代医药是根本治不好的，但是却可以用中药来治疗，而且效果非常好。这也是中药无可替代的一个主要原因。同样的，现代医药本身也是不可能被重要完全替代的，与中药不同，现代医药主要追求的是迅速的治疗效果，而这对当时的情况，特别是对军队来说，简直有着决定性的重要作用！而现代药物的基础就是化学，只有化学发展起来，才能有现代医药！
在帝国，化学这门学科几乎是从零开始发展的，皇帝给帝国公立大学学生带去的只是一些简单的化学常识，并且帮他们在化学门学科的大门上撬开了一条逢而已，接下来，就几乎是那些对这门学科热爱的科学家开始自力更生的开始钻研了。经过了十多年的研究，化学在帝国公立大学已经有了很重要的地位。比如当时，就已经有人制造出了火棉，也就是硝化棉这种猛炸药，只是因为极为不稳定，所以才没有得到使用。
而化学家对物资的分析，也已经达到了一定的水平，特别是在解决了化学研究的工具（玻璃器皿）之后，化学的发展速度提高了很多，并且已经深入到了每一个领域内！
在此基础上成立帝国医学院，其实就是将军医院的一批主要搞研究的医生，再加上帝国公立大学的医科教师，学员，一些化学学科的教师集中了起来，成立了这所新的大学。不过，在选择第一任帝国医学院的校长时，朱祁钰犯难了。
按照道理，曲华亦是最好的人选，毕竟曲华亦有在帝国军医院任职的经验，而且他是当时帝国公认了的头号医生。不过，曲华亦精通的是中医，而不是现代医学，在很多方面，曲华亦的思想还不算开明。结果，朱祁钰出人意料的选择了轩辕龙腾，这个还不到三十岁的毛头小子担任了帝国医学院的第一任院长。显然，这个决定让人多人都觉得惊寺，不过轩辕龙腾已经在治疗皇后的病时打响了名声，他的那些怪异理论也得到了皇帝的支持，自然也没有多少人敢反对了！
可以说，朱祁钰启用轩辕龙腾是一个非常大胆的决定。当时，轩辕龙腾有理论，但是没有管理经验，所以他不得不依靠其他人来管理大学，而自己主要从事研究，并且将他的理论思想教给学校的学员。也正是如此，轩辕龙腾才成为了现代医学之父。正是他，奠定了现代医学的基础，在他担任帝国医学院院长的时候，帝国在现代医学方面的研究进展非常迅速，几乎是从无到有的建立起了一套完整的现代医学体系，为后来者提供了巨大的帮助，以及借鉴！
