不过，不管这些附属国受到的待遇怎么样，在管理这些附属国方面，明帝国的政策是差不多的。即尽量少，甚至不敢于附属国的内政。虽然名义上，附属国的国王，王太子都应该由明帝国的皇帝册封，但是实际上，大部分时候，都是由附属国自己提出了国王，以及王太子的人选，然后再名义上接受明帝国皇帝的册封而已。另外，在贸易中，明帝国也尽量给了这些国家公平的待遇，当然，前提条件是，必须要符合明帝国的利益。因此，当时，明帝国对这些附属国的管理是很放松的。显然，明帝国与各附属国的关系还远远达不到邦国的水平，最多只能算是一个紧密的同盟组织而已。
当时，这些附属国在明帝国的眼里，其实就是倾销工业产品的市场，以及廉价的原料产地而已。相对而言，为了维护明帝国的利益，明帝国的海外领地有着更为重要的作用。而明帝国的海外领地主要分成了三类。一是占领区，比如当时明帝国在帖木尔帝国的占领区，其他国家割让给明帝国的地区等。二是租界，比如明帝国从锡兰王国租用的亭可马里军港，科兰巴军港等。三是主权属于明帝国的海外领地，比如东洋与大东洋上那些新发现的岛屿，顾成林在大西洋上占领的岛屿等等。
为了有效的管理海外领地，朱祁钰正式确定了“总督”——这个专门负责为帝国管理海外领地的职务。
帝国的第一位总督是杨洪，朱祁钰是在西征的时候设置的帖木尔帝国总督府的，而当时杨洪所担任的总督还只是个临时职务。从严格的意义土来讲，总督本身其实不属于内阁政府管理，因为内阁政府的职权范围是管理帝国内务，而涉外机构就只有外交部，而总督所管理的地区不属于其他国家的领土，因此也不存在与外交部打交道的可能。因此，总督本身其实是一个很特殊的行政职务，总督是直接向皇帝负责的，而且，名义上，明帝国的海外领地都是属于皇帝的私人土地（这一点，在帝国宪法中就已经说明了，除非皇帝把这些领地赠送出去。不然，所有的海外领地都是属于皇帝的），而管理这些土地的总督实际上应该是皇帝聘用的私人管家而已。因此，总督本身也不与内阁政府发生关系。
可以说，总督本身是一个特殊时期的特殊角色。这是殖民地时代的象征。不过，总督的重要性却是毋庸置疑的。而且，以当时的通信水平来讲，如果帝国的所有海外领地都要由政府来管理的话，那么毫无疑问的，帝国政府将变得更为臃肿。不说别的，光是保证帝国政府与各个海外领地的联系，这都需要耗费不少的人力。因此，在通信能力受到了限制的情况之下，唯一的办法，就是设置并行的，而且相对独立的小政府。而总督，以及总督府本身扮演的就是这个角色。
总督在地位上其实与内阁总理大臣是同等的（实际上差多了），而且总督府本身就是一个小的政府，后来，很多总督府都有着非常完善的机构。简直就不比一个国家的政府差。唯一的差别是，帝国内阁政府管理的是全帝国，而这些总督府管理的仅仅是某一地区的帝国海外领地而已。当然，总督是由皇帝任命的，而且直接向皇帝负责，因此，在帝国的海外领地，可以说，总督的权力已经大到了令人难以想像的地步。比如杨洪当时就有权处理当地事务，甚至可以在特殊情况下决定是否罢免他所管辖区域内的王国的国王，是否派遣军队出征别的国家等等。另外，海外领地的税收，官员的任免，军队的调动，这些都是由总督直接决定的，因此，总督实际上就是一个小王国，甚至是众多小王国的太上王了！其权力已经凌驾于众多附属国国王之上了！
显然，总督的权力如果太大，而且不受到约束的话，那灾难只是迟早的事情。当时，帝国政府还有议会，以及帝国的司法机构，民间百姓的监督。但是这些总督却几乎不受到任何力量的约束与监督，毕竟，皇帝不可能照顾到每一个地区，而当设置的总督越来越多的时候，皇帝就更不可能保证能够监督每一个总督的行为了。为此，朱祁钰必须要为这些总督上一道枷锁，而他想到的办法很简单，那就是将总督直接设置成为帝国内阁政府下的一些官员，并且在帝国政府中设置新的部门，由帝国政府来管理这些总督。当然，这个部门也是向皇帝负责的，因此，皇帝对总督的管理并没有改变，反而得到了加强。
新成立的帝国海外领地事务部的职权中，并没有任命与罢免总督这两项。当时，这个部门的职能就是监视与督察那些海外领地的总督。按照朱祁钰设置的规定，海外总督每年都要向该部门递交行政报告，包括税收，人事任免，以及军队调动，地区纷争的处理等，总督必须要讲其采取的政策向上级部门汇报，然后由这个部门来负责确定这些政策是否正确，以及是否应该向皇帝提交奏章。当然，总督的行为仍然有很大的灵活性，并且可以在比要的时候，单独向皇帝提交奏章。
显然，这其实也是一个约束性的部门，并无多少的实权。这也是当时的实际情况，毕竟总督是皇帝任命的，而且总督府有这很大的独立性，管理的又是属于皇帝的私人领地，所以朱祁钰并不想让政府过多的介入到海外事务中去，因此，在政府中设置一级监管机构是比较合适的，这也符合朱祁钰本人的利益。
帝国最后一类海外领地就是殖民地。在西方，其实是将海外领地与殖民地等同的，这两个称呼的含义差别并不大。不过，在明帝国，这两个舍义是有区别的。帝国的海外领地实际上就是帝国拥有主权，一直行政管理权的属地，其中的三类在前面已经介绍过了。而这些属地的来历也有自己的特点，一是原本没有主权的荒地，而是直接从主权国家掠夺而来的地区。相反，在明帝国殖民地所指的，则是通过二次掠夺，从掠夺者手里夺取的土地，以及在一些没有国家，但是却有土著人居住的地区建立起来的，并且与土著人达成了某种合作关系的地区。当然，这种区分在很多时候是不严密的，而在当时，殖民地指的就是帝国在美洲大陆，非洲大陆所建立的据点，种植庄园，矿藏等等地区。当然，殖民地的另外一大特色就是，这里有大量的移民，或者是今后将有大量的帝国百姓移居到此，并且成为了当地的主体居民，而海外领地则不具备这一特点。
管理殖民地相对就要简单许多了。虽然按照帝国的规定，这些殖民地其实也是皇帝的私人领地，但是朱祁钰却将很多殖民地的所有权赏赐给了军队里的将士，因此殖民地既属于军队的资产，同时也属于政府的资产。而负责管理殖民地的是帝国内阁政府。当时，帝国内阁政府有两套机构负责这方面的工作，一是专门成立的帝国殖民部，二是隶属于帝国国防部的军事资产委员会。
因为当时有很多殖民地的土地是归属军队（军人）所有的，所以这两套管理机构虽然复杂，而且有重叠的部分，不过却是没有办法的事情，至少，朱祁钰本人不希望在这个时候剥夺军人的利益。不过，也正是这个原因，导致了后来政府开始清算军队资产，并且由皇帝亲自下令出台了相关的军队管理办法，严禁军人拥有海外领地，将属于军队与军人的海外殖民地的资产权都收归了国由，或者是变卖给了商人。当然，这些都是今后的事了。
在这五年中，朱祁钰做的这件事情其实就是规范了帝国对海外领地的管理办法。当然，从严格的意义上来说，要建立起一套完善的管理系统，其根本还是在通信与交通方面，这是因为这两点受到了限制，因此才出现了一些虽然不那么稳妥，却是不得不采用的手段与办法。而提高通信速度，改善交通状况，这成为了朱祁钰要在这五年之内解决的第三个问题。
