不过，这种制度也有自身的缺陷，其中最为明显的一点就是，内阁总理大臣的出现，实际上是让帝国多了一个类似于丞相的人物，而相权与皇权本身就是矛盾的。在于谦担任内阁总理大臣的时候，这个问题还不明显，毕竟于谦并无夺权的任何想法，同时，于谦本人也是新政的拥护者，是皇帝的拥护者，他没有任何理由要与皇帝争夺对帝国的控制大权。不过，谁能保证在于谦之后，就没有其他的“丞相”来与皇帝争权吗？
这个问题是显而易见的，毕竟于谦已经老了，经历了这十多年的风雨，他已经从一个意气风发的中年人变成了一个老头。再伟大的人，能够战胜所有的敌人，但是却永远无法战胜时间，任何人在时间面前都会失败。当然，于谦也不例外，他可以陪伴着年轻的皇帝走过最为艰苦的岁月，可以辅佐皇帝战胜任何一个强大的敌人，但是当苍老到来的时候，于谦也只能倒下！
可以说，当时政府改革的核心就是要控制住内阁总理大臣手里的权力，不仅仅朱祁钰这么想，于谦也是同样的想法。历史上对于谦的评价很多，所以也就不多说了。在两人都认识到，如果内阁总理大臣的权力过大的话，这对帝国的稳定将是一个严重的威胁。因此，两人为了解决这个问题，用了两个重要的办法。
一是再次改变政府结构，通过新增加部门来削弱内阁总理大臣对各部门的影响。当然，其中有一点是没有改变的，那就是各部门的部长除了接受内阁总理大臣的直接领导之外，还直接向皇帝负责。换句话说，内阁总理大臣并没有办法直接控制内阁的各个部门，在内阁大臣都有权力向皇帝提请奏章，以及禀奏国务的情况下，内阁总理大臣实际上就成为了被皇帝安排在了内阁中的大管家，如果内阁总理大臣想要与皇帝争权的话，那么他首先考虑的就应该是怎么去对付下面的那些大臣，以及绕过皇帝对内阁的控制。显然，这本身是不可能的，因为不管是谁，绝不可能控制所有的内阁大臣，皇帝也不例外。显然，这一办法实际上是加强了内阁政府的权力平衡，在增设了更多的部门，更加细化了各个部门的权限之后，任何人在内阁中都无法拥有绝对的控制大权了。
二是改变内阁总理的任命，监督办法。以往，内阁总理是由皇帝任命，然后在贵族议院走了个表决的过场之后，就可以上任了。现在，朱祁钰取消了贵族议院在这一事上的权力。内阁总理直接由皇帝任命，并且直接向皇帝负责。作为交换条件，朱祁钰将罢免与弹劾内阁总理大臣的权力分了一半给贵族议院，即贵族议院有权力提出罢免与弹劾内阁总理的议案。该议案在议院通过之后，将直接呈交给皇帝，经皇帝批准，就能罢免内阁总理大臣。当然，如果皇帝愿意的话，也可以直接罢免内阁总理大臣，并且任命新的内阁总理大臣。而这么做的目的，除了将内阁总理完全变成皇帝在内阁政府中的大管家之外，还有一层意义。那就是，将议院完全设置成为了内阁的监督机构，内阁总理大臣也将受到议院的监督！
