第二次冲击后的世界没有想想中那么简单，基本上许多国家的城市都已经被彻底毁灭，毕竟人类死亡二分之一不是开玩笑的，人类虽然在废墟上重新站立起来并开始重建世界，但这个过程却相当的困难，别看雷哲过的挺轻松，但那是他拥有特权，现在世界上只有一小部分人类还能过上基本正常的生活，而大部分人类都属于难民，流浪者，生活在世界的最底层。
在荒废的旧东京市，雷哲站在一栋大厦的顶端看着下面的景色，昔日繁华热闹的城市现在已经完全变成废墟，当然这并不能说明这里就没有生命，像这样的区域都是流浪者和难民所生活的地方，人类果然是顽强的，就算末日过后他们也拼命的生活在这个世界，没有像恐龙那样灭亡，而雷哲有时候就在想，这个世界果然是没有公平的，先不拿自己来比喻，就说生活在箱根中第三新东京市和第二新东京市的人类来说，这简直就是两种完全不同的样子，天堂和地狱的区别。
不过雷哲也明白，凡事在获得的同时也要付出代价，别看这些年第三新东京很不错，但等到使徒降临，那里就会彻底变成战场，也许还不如这片废墟安全，也许居住在那里的人会比这里的难民更先见上帝。
“这个夏天还真是炎热啊…”
雷哲说道这里，他的行动电话突然响起。打开后屏幕上出现葛城美里的影像，雷哲笑着问道：“怎么突然给我打电话，有什么事吗？”
“如果可以我还真不想看到你的脸，不过没办法，第一个‘莉莉丝’已经苏醒了。你要不要过来看看？”葛城美里先是翻翻白眼，然后这样对雷哲说道。她的话让雷哲有些惊讶，原来绫波丽已经苏醒了？
虽然有雷哲的乱入，但有些事情该发生的还是发生了。比如说碇唯的复制体。但却是莉莉丝灵魂容器的绫波丽还是被碇源堂给制造出来，和原作一样，绫波丽是用碇唯的基因，以及被封印的莉莉丝身上提取的细胞制作出的人造人，她的灵魂其实就是莉莉丝，只不过却没有原本的记忆，现在她就是一个叫做绫波丽的少女，一个人造人。
在资料上，绫波丽的生日被设定为2001年3月30日。但她真正诞生的时期是2009年8月21日，这项研究Seele的高层知道，也不知道碇源堂用什么方法说服对方，制造出这样的一个生命，而他的动机并不单纯，只不过雷哲却没有发现什么可疑的地方，碇源堂依然如同原作中那样阴沉，不喜欢开口，总是把自己关在一个黑暗的房间中。
被制造出来的身体，一共有两千具。但灵魂却只有一个，当一个承载灵魂的**死亡后，莉莉丝的灵魂会转移到另一个**身上，但却没有之前的记忆，这点雷哲相当清楚，想要改进这种缺陷对他来说很容易，但他却没有这样做，让绫波丽继续保持跟原作中的相同，而且他现在还不想让莉莉丝苏醒太早，让她在下面继续被封印吧。
“既然已经苏醒，我当然要去看看了，毕竟她在日后可是很重要的呢。”雷哲说完就消失在废弃的大楼顶端。
在原作中，绫波丽死亡的次数屈指可数，‘一人目绫波丽’是第一个克隆人，在2010年受老碇指使用激言刺激赤木直子，被赤木直子所掐死。
‘二人目绫波丽’可能直到2014年才出现，当时她转入第三东京市的中学，在第一集中登场，也是系列故事中存在时间最长的一个克隆人。她后来在对抗子宫天使阿米沙尔的战斗中为了保护碇真嗣反向打开A.，开启自爆系统后与子宫天使一同爆炸。
‘三人目绫波丽’在子宫天使阿米沙尔死亡后出现，直到全剧的结束，而在最后赤木律子使用遥控器破坏了编号在4以后的人造人。
当然这是原作中的绫波丽，而现在的呢？虽然有些差不多，但很多事情并没有出现。
