在交谈中，神甫告诉爱德蒙一个秘密：在一座叫基督山的小岛上，藏着一笔巨大的宝藏，得到它，可以拥有无人能及的权力和财富。
时间又过了数年。为了帮助爱德蒙越狱，老神甫借助药物装死，在阴湿昏暗的牢房里，狱警把爱德蒙当做神甫用裹尸袋包裹起来扔到了海里。
割开裹尸袋后，爱德蒙重新获得了自由。不久，爱德蒙就找到了那笔埋藏在基督山的宝藏。在那个金钱可以衡量一切的年代，爱德蒙迅速成为了一个声名远扬的大人物。在被政府册封爵位时，爱德蒙更改了自己的名字，为“基督山伯爵”。对于伯爵来说，逃出监狱的最大动力在于复仇，所以此书有另外一个书名叫《基督山恩仇记》。但是在复仇之前，伯爵打算先报恩。
法老号的船主时一名正直善良的人，不仅在爱德蒙被起诉时为之四处奔走，而且在爱德蒙入狱后照顾着他的老父亲。但是，船主因此在生意上被四处排挤，濒临破产。伯爵替他还了所有的债，送给船主一艘新的法老号，并给船主的女儿准备了一份丰厚的嫁妆。
“我已经替天报答了善良的人。现在复仇之神赋予我权力，命令我去惩罚邪恶的人！”伯爵的复仇之路从此开始。此时，检察官维尔福已经是巴黎检察院的检察官，唐阁拉尔成了银行家，费尔南被封爵并成了议员。利用费尔南杀害阿里总督的证据，费尔南最终被判以叛逃罪和暴行迫害罪，并且妻离子散。极度害怕与绝望，让费尔南最终选择了开枪自杀。
接下来，最大的仇人唐阁拉尔。
唐阁拉尔在战争中靠出卖情报发了发财。
爱德蒙利用自己的资金优势把唐阁拉尔的银行做空，并巧妙安排了一名罪犯与其女儿成婚，婚礼当天，罪犯被警察带走，唐阁拉尔颜面尽失。
“以眼还眼”，爱德蒙以其人之道还治其人之身，唐阁拉尔在得知基督山伯爵就是爱德蒙的时候，一头黑发瞬间变白，折磨与惊吓接踵而来。对于维尔福，爱德蒙利用他的花花往事和现存的家庭矛盾，导致维尔福的家庭走向了自相残杀。最终，巴黎检察院的检察官维尔福被逼疯了。
恩仇已了，爱德蒙决定离开巴黎。仿佛上帝交代他的事已经处理好，最终爱德蒙说：“巴黎，再见”，便和阿里的女儿从此隐遁江湖。
