地下人类文明覆灭之后，入侵者没有立即着手组建国家、政府等强制机构，而是通过教会来影响与控制人类。说得直接一点，入侵者并不关心人类社会的内部矛盾，在乎的只是人类是否会再次掌握先进科技。结果就是，旧大陆陷入了长期战乱之中，国家与政府更迭，唯一不变的只有教会。
这种混乱的局面，大约持续了一千年。
在这一千年里，出现了数百个国家，也出现了数个强大的帝国，但是只要有任何国家敢于质疑或者是反抗教会的精神统治，都会在一夜之间被“天使团”铲除，然后引发更加严重的战乱与混乱。
长期的战乱，导致人口急剧减少。
到战乱结束的时候，旧大陆上的人口总量已经不到一千万。大量城市被废弃，幸存者集中在几座主要城市里面，而且这些城市相距遥远。由此导致的结果就是，各个城市之间的交往几乎彻底断绝。
人类文明由此进入了黑暗时代。
这是一个不堪回首的时代，更是一个断裂的时代。
在此之前，还有不少人知道灾难之前的历史，知道人类文明取得过的辉煌成就，而且这些人一直在以各种各样的方式，传承着人类文明，把历史告诉后人，给后人留下奋斗的目标与理想。
可是在这个时代，人类文明彻底断裂了。
在黑暗时代，活着的所有人都只有一个目的：不惜代价的活下去。
虽然从根本上讲，黑暗时代的根源在入侵者身上，但是这个时代与入侵者、以及入侵者扶持建立的教会没有直接关系。引发黑暗时代的原因是之前持续了一千年的战乱，以及由战乱导致的人口锐减。
黑暗时代到来的时候，在面积超过两千万平方公里的旧大陆上，人口还不到一千万！
这是个什么概念？
即便除掉位于北极圈里的极寒地区、还有低纬度地区的沙漠与荒漠，在可供人类生存的大约一千万平方公里土地上，人口密度还不到一平方公里一人。灾难时代到来之前，亚欧大陆上有接近一百亿人！
人口锐减，直接导致社会生产力降低。
为了生存，为了对付各种各样的变异者，人们不得不放弃一些东西，比如在短期内见不到成效的科学技术。
最初的五百年内，幸存者的日子极为艰难，人类一度被逼到灭绝的边缘。
在最危险的时候，只有一座城市的围墙没有被变异者攻破，幸存的人类减少到了不足一百万。
只是，黑暗时代也给克拉拉与娜塔莎创造了机会。
在城市之外，克拉拉与娜塔莎联合那些拥有超能力、能够对抗变异者的超能力战士建立了新的根据地，并且改变了做法，从一开始就把基地建在地下，以便避开那些主要在夜间活动的变异者。除此之外，还找来了很多的科学家，设法找到了一些科研设备，重新开启了科学时代。
正是克拉拉与娜塔莎的努力，人类文明守住了最后的堡垒，并且逐渐复苏。
有趣的是，在这个时期，入侵者没有对付克拉拉与娜塔莎控制的抵抗组织，甚至暗中帮助抵抗组织对付变异者。只是在抵抗组织稳住了阵线之后，教会卷土重来，控制了城市，篡夺了抵抗组织的功劳。
与之前不一样，克拉拉非常理智的选择了退却。
随着人类的生存环境得到了保证，克拉拉与娜塔莎控制的抵抗组织离开了城市，离开了之前由他们保护的平民，并且从人们的视野中消失了，再也没有去干扰社会的正常发展，甚至很少与外界接触。只是，抵抗组织一直在活动，一直隐藏在平民百姓里，获取资源，吸纳新成员。
这个办法，为抵抗组织争取到了生存空间。
黑暗时代大约持续了两千年，直到神圣历三千年左右，旧大陆上的人口数量才恢复到了一亿左右。
在此期间，抵抗组织一直在地下活动，在旧大陆上修建了十五座地下城市。
与张小刚他们建立的地下城市不同，抵抗组织的地下城市在地壳内，而且往往在某个城镇下面，以城镇为掩护。
更重要的是，抵抗组织没有触及入侵者的底线，即空间技术。
接下来的几千年里，克拉拉与娜塔莎轮流统治着抵抗组织，在除了空间技术之外的其他科学领域投入了大量资源，甚至研制出了生产能量体的技术，只是很不成熟，即制造能量体所消耗的能量比能量体含有的能量还要多。至于人类文明，因为受到教会控制，所以始终处于蒙昧状态。经过数千年的淘汰，科学技术已经成为历史，人类文明倒退了数千年，甚至上万年。虽然几乎失去了一切，失去了机会，但是人类文明还存在，没有灭绝，也就没有丧失希望。
克拉拉与娜塔莎没有反抗，她们在等待楚天疆归来，在等待一举击溃入侵者的机会。
