伊莉莎白-斯旺还是责备詹姆斯-诺林顿没有保护好自己的父亲，于是进入了飞翔荷兰人号的监狱里。在监狱里，她见到了比尔-特纳。可是此时的比尔-特纳已经成为了船体的一部分，记忆几乎都已经要消失殆尽，也就是为即使威尔-特纳救出了父亲，也已经太迟了，这让伊莉莎白-斯旺顿时感到心力交瘁。
詹姆斯-诺林顿私自放走了伊莉莎白-斯旺和邵峰的船员们，让他们回到了邵峰的船队上。詹姆斯-诺林顿表示了自己的歉意，伊莉莎白-斯旺要求他一起离开，但却发现比尔-特纳发现了他们的逃离，并且试图预警，于是詹姆斯-诺林顿留下来断后。结果，詹姆斯-诺林顿却被失去记忆的比尔-特纳所杀，换来了伊莉莎白-斯旺等人的逃离。
另外在黑珍珠号上，其实威尔-特纳也暗中与卡特勒-贝克特达成了交易，在之前新加坡与邵峰达成交易时，邵峰就是通过威尔-特纳与卡特勒-贝克特搭上的，只是威尔-特纳没有预料到邵峰居然踢开了自己直接和卡特勒-贝克特又有协议。此时，威尔-特纳就将尸体绑在酒桶上，然后扔在海面上，通过尸体吸引海鸥的方式给卡特勒-贝克特指明方向。
同样与卡特勒-贝克特达成交易的杰克-斯派洛发现了这一点，杰克-斯派洛答应，由他来杀死戴维-琼斯，掌控飞翔荷兰人号，给予比尔-特纳自由，然后威尔-特纳不仅拯救了父亲，又可以和伊莉莎白-斯旺在一起，而杰克-斯派洛则可以成为永远在海上漂泊。达成了协议之后，杰克-斯派洛就把威尔-特纳扔下了海，让威尔-特纳直接去与卡特勒-贝克特汇合，而他则继续留在黑珍珠号上。
当黑珍珠号抵达沉船湾的时候，提亚-朵玛试图离开，却被巴博萨留了下来，原来女巫提亚-朵玛就是科莉布索，而当年与戴维-琼斯相爱的也就是她。只是，科莉布索当年失去了控制。戴维-琼斯也不知道科莉布索到底是不是真的爱自己，无奈之下，才联合了其他八名海盗王，封印了已经丧失理智的科莉布索。
而科莉布索——也就是提亚-朵玛愿意去拯救杰克-斯派洛。也就是因为，当初九名海盗王一起封印了她，要接触封印也必须有九名海盗王！
很快，世界九大海盗王一起聚集在了沉船湾，他们分别是加勒比海盗王杰克-斯派洛，南中国海海盗王伊莉莎白-斯旺，里海海盗王巴博萨。印度洋海盗王萨巴吉，黑海海盗王安曼，地中海海盗王歇瓦勒，太平洋海盗王清夫人，大西洋海盗王乔卡德，亚得里亚海海盗王维兰纽。这久违拥有最强实力的海盗王举行了一场重要的会议。
在会议上，他们关于是正面迎战卡特勒-贝克特，还是躲在沉船湾这个不可摧毁的堡垒里发生了激烈的争议；另外关于是否应该释放科莉布索。九个人也是有不同的意见。无奈之下，他们只能请出了法典。
最后，杰克-斯派洛建议根据法典选出一位海盗王。来做出最后的抉择。各个海盗王都选择了自己，而杰克-斯派洛则出人意料地选择了伊莉莎白-斯旺。于是，伊莉莎白-斯旺成为海盗王。
伊莉莎白-斯旺主张战斗，但是出去之后才发现，卡特勒-贝克特的船队实在太过强大，无奈之下只能选择谈判。
海盗一方的代表是伊莉莎白、巴博萨和杰克，另外一方的代表则是贝克特、威尔和戴维。最终，杰克和威尔互相交换，而在杰克离开之前，巴博萨使了计策。将杰克-斯派洛封印科莉布索的信物留了下来。随后，战争一触即发。
杰克-斯派洛正如预期，登上了飞翔荷兰人号，他接下来要做的，就是找到戴维-琼斯的心脏，刺穿。然后取代戴维-琼斯成为飞翔荷兰人号的船长，然后帮助黑珍珠号调头去对付卡特勒-贝克特。
回到了黑珍珠号上，巴博萨成功地将科莉布索释放了出来，引发了剧烈的海啸。在海啸之中，黑珍珠号和飞翔荷兰人号展开了激烈的交火。
杰克-斯派洛历经千辛万苦终于拿到了戴维-琼斯的心脏，但就在他要举手刺下去之前，戴维-琼斯却先一刀刺穿了威尔-特纳的心脏。在这种情况下，杰克-斯派洛只能放弃了自己成为不死海盗船长的梦想，手握威尔-特纳的右手，刺穿了戴维-琼斯的心脏。戴维-琼斯死亡了，而飞翔荷兰人号也得到了解放，同时，威尔-特纳则成为了新任的飞翔荷兰人号船长。
飞翔荷兰人号在威尔-特纳的带领下，与杰克-斯派洛的黑珍珠号左右夹击，一起击沉了卡特勒-贝克特上将的战舰进取号！卡特勒-贝克特在明白事情的经过之后，被震惊了，所有船员都弃船而逃时，他却留在了船上，在漫天飞舞的木屑之中，他壮烈地被火光所吞没。
胜利后的威尔-特纳把心交给了伊莉莎白-特纳，然后带着仅剩的比尔-特纳船员，驾驶着飞翔荷兰人号重新踏上了旅程。而巴博萨船长则丢下了杰克-斯派洛，带上了黑珍珠号去寻找不老泉，但是他离开之后才发现，航海图的中间部分全部都被杰克-斯派洛挖走了，而被抛弃的杰克-斯派洛则带着神秘海图驾驶着小帆船，开始了他新的海盗之旅！
在电影结束之后，所有字幕都播放完毕时，还有一个小彩蛋。那就是十年后，伊莉莎白-斯旺带着她和威尔-特纳的儿子，在夕阳之下，与威尔-特纳再次相见。十年才能登陆一天，这是何其的艰辛和困难，但却因为这个对象而变得美好不已！
至此，“加勒比海盗3”落下了帷幕，也为整个海盗三部曲落下了帷幕！
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