电影继续，就在苏叶以为自己的改变，让一切变得完美时，事实却不是这样。受到苏叶警告的邻居，不再折磨余娜，而是变相的虐待余浩。
这导致余浩越发的变态，甚至因为烧了苏叶家的狗，殴打同学，被关进了少管所，受尽虐待和歧视。得知余娜和苏叶谈恋爱，余浩觉得苏叶把世界上唯一一不会看不起他的人抢走了，经常扬言要杀了苏叶。一次打斗中，余浩没能杀掉苏叶，反而是苏叶失手杀了余浩。
苏叶被抓进监狱了，一切美好都瞬间破碎。
不甘心的苏叶，决定再一次返回过去，在余浩长大之前，扭转局面。他让母亲送日记本进来，却被监狱里的犯人抢走，只拿回了一张纸，记载着他上幼儿园时的情况。为了让信基督教的狱友相信他是上帝的使者，因而帮助他拿回日记本。
他便利用这一张纸，回到了幼儿园，刺穿自己的双手。
回到现实，狱友眼睁睁的看着，苏叶的双手，原本没有疤痕，却渐渐的浮现，惊为天人。帮助他争取时间，取得了日记本。惊心动魄之间，苏叶终于回到了过去，余浩烧狗的那一次。
他给了李杰一把利器，让李杰不要再胆小，不要在害怕余浩。
他的本意是劝李杰把那只狗放走，这样余浩就不会烧死它，更不会被关进少管所。因而就不会在少管所受虐待，一切都会向好的方向发展。
可是，他的一番话，却让一直受余浩起伏的李杰理解错了，从背后捅死了余浩。
回到现实，一切再次改变。
李杰被关进监狱。
余浩死亡，余娜也因为余浩的死，一度堕落，成为了妓~女。这不是苏叶想要的结果，但是连续两次改变过去，都造成了比之前还恶劣的现实，这让苏叶很困惑。决定去找同样有失忆情况的父亲，问问清楚，看他有没有改变的办法。
通过日记，他回到了在医院见到父亲的那一天。
通过与父亲的对话，他才明白，自己小时候的失忆，包括这一次，都是自己妄图改变世界所造成，每一次改变，都会对大脑造成不可磨灭的损伤，出现记忆坏死的情况。苏叶想要找到让一切都好的办法。
父亲告诉他没有办法，一切悲剧都应该从他开始了结。
苏叶不信，父亲这才打算杀死他。于是才有了电影前面的故事，父亲突然掐住了他，最终被警察失手打死。
不信邪的苏叶，决定再回过去，改变一切。
他回到了**爆炸事件当场，决定救人，却因为太激动，导致被炸弹波及，炸断了自己的手和脚。回到现实，他成了残废，所有人的命运都有了改变。余浩重新做人，余娜跟李杰在一起，只有他，仿佛是世界上多余的。
承受不住这样的打击，加上父亲当初说的，他不能扮演上帝，改变未来。否则只会让现实越来越糟。
灰心的苏叶，决定自溺。却被室友救下来。并带他去探望住院的母亲。母亲因为苏叶的手脚被炸断，一度陷入疯狂的吸烟之中，导致了肺癌，病入膏肓。
电影放到这里，影院中一片沉默，剧情压抑的可怕。
万小虎回头看了看四周，所有人都专心的看电影，显然是被剧情所吸引。这让他十分满意，电影连他们这些明星导演记者都能吸引，还怕吸引不了观众吗。
不过，接下来的结局，是不是能被大家接受，万小虎还有点忐忑。
他设计了两个版本的结局。
黑暗版的走向是彻底压抑，以苏叶回到婴儿时代，自己用脐带勒断自己的脖子为结局。
现在影院播放的是开放结局版本，是和原版《蝴蝶效应》不同的一个结局。
苏叶看到病入膏肓的母亲，悲哀的无以复加，认为是自己的错，才让母亲落得如此下场，是他要改变一切，要做上帝，才有了这样的结果。苏叶充满了自责，但是苏叶的母亲，拉着他的手，断断续续的说。
这一段，正是电影开头的一段剧情，首尾呼应。
“在你出生之前，我流过两次产，我很怕失去你。但是老天保佑，你顺利的挺到了医院……”
“护士推着手推车，把我快速的往产房推着……”
“当你呜呜的哭声响起来，我告诉自己，我是这个世界上，最幸福的妈妈……”
随着苏叶母亲含着笑的讲述，苏叶听得出神。
