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结局始终不完美。
于是苏叶打算向精神病父亲求助，因为他猜到了父亲应该跟他有一样的能力，他回到了6岁时发生的精神病院探望父亲事件。父亲告诉他，除非他死了，否则无法改变，事情只会越变越糟糕，并打算杀了苏叶以绝后患，最后被看守员将父亲失手打死。
苏叶不相信这一切，他坚持能改变未来，他去拜访了因为余浩的死，生活变得一团糟的余娜，现在是妓~女。这让苏叶更加强了，要改变世界的想法。
于是再一次，苏叶回到了**爆炸事件，但是因为记忆模糊的缘故，他让余浩救了在爆炸中死去的人，自己却意外被爆炸波及。
等他回到现实，赫然发现，自己成了残疾人，而自己暗恋的余娜，却与李杰走到了一起。他相信了父亲的话，改变过去只会让未来越变越糟糕。他打算自杀，却被同学所救。没死成的苏叶见到了住院的母亲。
从这里开始，万小虎设计了两个结局，黑暗版如下。
母亲因为他的受伤，而染上烟瘾，最终导致肺癌。使得苏叶万分抱歉，觉得自己是最大的原罪，但是却不能这样自杀了之，应该回到过去，在胎儿时期就结束自己的生命。
于是他利用母亲诉述他是如何出生的机会，就像是在读日记一般，集中注意力，回到了母亲快要生他的时候，用脐带累死了自己，导致流产。从此，世界上没有苏叶这个人了……
而开放版则换了一个结局。
母亲因为他的受伤，而染上烟瘾，最终导致肺癌。苏叶向母亲倾诉，想要这样了结一生，但是母亲用爱让他振作，使他有了最后一次改变世界的决心。他让母亲告诉他，在幼儿园血腥画事件发生的那天，他上学时的情景。
原本的记忆中，他画了一幅非常血腥的画，从此开始了悲剧的命运。
这一次，他没有再画血腥的画，他画了一个小男孩，和一个小女孩，手牵着手。
“结尾的处理，正好在加上一个对电影名字的解释：一只南美洲亚马孙河流域热带雨林中的蝴蝶，偶尔扇动几下翅膀，可以在两周以后引起美国德克萨斯州的一场龙卷风。一副幼儿园时候的涂鸦，也许可以改变所有人的命运……”
“然后给一个未来的特写镜头，这幅画挂在墙上，旁边还有苏叶和余娜的结婚照，以及四个好朋友的照片……”
这个万小虎版本的《蝴蝶效应》，在主要剧情上并没有做颠覆性改变，因此逻辑上依旧是完整的。同时为了应付内地审核的环境，电影中情色、脏话等镜头，万小虎已经极力的通过侧面镜头弱化。
万小虎相信，这一版的《蝴蝶效应》，即便不能超越老版，也绝对不会有什么差距。
时间就在设计分镜头脚本中慢慢度过。
当晚，喝的醉醺醺的李侠回来，带给万小虎一个好消息，央视已经有了购买《独自等待》的意向，现在就差临门一脚，再公关公关，一百万就能到手。这个好消息才说完，万小虎的电话就响了。
于东打过来，又是一个好消息：“老弟，哈哈，你猜猜我打给你要说什么。”
万小虎打个哈哈说：“左右不过是说《独自等待》票房那点事。”
“什么叫那点事，这是大事！算了，老弟你太不懂配合了，我就直说了吧。《独自等待》从5月10号上映，到今天5月17号，一个星期没结束，票房也只统计了前五天，你知道是多少吗？”于东的话，充斥着一股子兴奋劲。
“300万？”万小虎给出了一个大胆的猜测，这年头一部国产电影的票房，能超过1000万就是厉害了。
于东在电话那头大喊：“老弟，人有多大胆地有多大产，你的预测太保守了！再猜！”
“500万？”万小虎声音都高了三分。
“是650万！五天时间，650万人民币！赚翻了！”于东哈哈大笑，“你不知道，我现在在金陵，现在媒体上不需要我安排人炒作了，都自发的开始报道我们的电影。昨天，就在昨天，《独自等待》第一次把电影院坐满，现在口碑和票房都爆发了，我们发达了！”
