学术性是高校的基本特征，是高校区别于政府、企业和社会组织的根本。高校自身的组织结构也必将反映这样的特点，即以学术权力为中心。因此，落实和扩大高校自主权的核心是遵循学术规律、坚持学术本位、彰显学术权力、尊重学术自由。因此，建立以学术制度和学术权力为核心的高校内部治理机制是建设我国现代大学制度的关键。
（一）建立以法律为依据、以学校法人化为标志的外在制度，理顺政府与高校的关系
准确界定政府与高校的法律定位，理顺政府与高校的法律关系，保证政府在管理大学的过程中依法行政，实现政府与高校关系的法治化，是改革和创新高校内部治理机制，落实和扩大高校办学自主权，建立现代大学制度的基础。
一方面，政府应当依据宪法精神对高校及其成员所从事的与教学和科研相关的工作予以鼓励和帮助，不得随意干涉；另一方面，政府应加强现有法律法规的落实和执行工作，推进具有中国特色的高校法人化改革的进程，合理配置和规范政府与高校的权力关系，促进高校的自主发展。同时，我国应在吸收借鉴世界高等教育强国发展经验的同时，充分考虑我国高等教育特殊的发展历史和现状，对高校的学术权力出台专门的立法。另外，还应明确政府在大学治理中的定位，转变政府职能，改变政府参与大学治理的方式，综合运用政策引导、经济调节、法律规范等手段加强对高校的宏观指导和有效调控，尊重高校办学自主权，减少不必要的行政干预。
（二）在高校内部建立保障学术权力的制度规范和运行机制，理顺高校内部权力关系
高等学校内部权力结构失衡，行政权力过于强大，学术权力极为弱小，民主权力微不足道，是目前我国高校存在的一个普遍现象。理顺高校内部各权力间的关系，就要进行制度创新，在高校内部建立起保障学术权力的制度规范和运行机制。
应加强高校学术委员会的作用，使高校学术权力的行使实现组织化和制度化，从根本上提升学术权力在高校中的地位和作用。第一，要以《高等教育法》为依据，赋予学术委员会依法独立自主行使学术事务的审议、评定和决策权力，保证“教授治学”的有效落实。第二，要明确界定学术委员会与以党委和校务委员会为代表的政治权力和行政权力的权限划分，防止行政权力越权、侵犯或者干预学术权力。降低担任行政职务的学科带头人在学术委员会中所占比例，提高单纯从事科研教学工作的学科带头人的比例，保证后者人数占绝对优势，防止行政权力对学术权力的“渗透”。第三，完善学术委员会制度，形成以学术委员会为主体，以教师职务评审委员会、学位评定委员会、教学工作指导委员会等为多元的一体多元的高校内部学术体制，并以学术委员会作为学术权力表达的主要方式。第四，建立规范的评审程序和议事规则，强化程序控制，完善内部监督机制，保证评审过程和结果公正、公开。同时，辅以复议制，允许对有疑义的评审结果进行复议，并提请党委会、校务委员会等进行仲裁。
（三）完善和创新高校党委领导下的校长负责制
我国公办高校实行党委领导下的校长负责制。党委领导下的校长负责制是经国家法律法规明确确认的我国公办高校的制度性架构，是经过长期探索实践形成的具有中国特色的社会主义高等教育体制的重要组成部分。实践证明，这一制度是“行之有效的制度”，它保证了我国高校社会主义办学方向，推动了中国特色现代大学制度的建立，为我国高等教育的快速发展提供了根本保证。构建科学、合理的高校内部治理机制，落实和扩大高校自主权必须要进一步创新和完善党委领导下的校长负责制。
完善党委领导下的校长负责制，需要尊重高等教育办学规律，进一步明确规定“党委领导”和“校长负责”的关系，健全和完善“党委领导下的校长负责制”的运行机制，特别要使学术决策具有相对独立性。第一，要进一步厘清、规范党委和校长的职责职权，做到权责边界分明，保证在党委的领导下充分发挥校长独立负责主持行政工作的作用。党委是高校执政的推动主体，要对学校的发展方向、路线等全局性工作及重大决策负责，并承担决策权责任。校长要负责执行经党委会等讨论决定的重大决策，并负执行权责任。第二，要建立健全有效的校长权力制衡监督机制，明确党委及书记对校长权力的监督范围，充分重视和运用民主权力，完善“以教师为主体的教职工代表大会”制度，充分发挥学术委员会、教职工代表大会等的民主决策权。第三，要健全议事规则和决策程序，党政协同保证学校发展目标的实现。提升决策和执行过程的透明度，实行校务公开，促使大学管理更加民主化。第四，要坚持多样化和特色化，避免千校一面。结合学校自身特点和现实需要，在依法办学的前提下，积极探索构建既体现中国特色又彰显学校特色的党委领导下的校长负责制。优化高校内部治理结构，推进高等学校的特色化发展。
