第一，目前我国高校科研项目由科技部、教育部、自然科学基金委、中科院等部门多头管理，造成了相关责任主体不清、科研资源分散使用和项目重复设置的情况，不利于高校和科研院所的科学技术原始创新能力的提高，更成为建设科学研究与高等教育有机结合的国家知识创新体系的主要障碍。第二，高校科研经费缺乏科学合理的统筹规划。我国高校科研经费的来源渠道及经费管理主要有三类：第一类，教育、科技主管部门及行业主管部门设立的科技计划或项目下拨的纵向科研经费，以及国家各级政府出资的基金、项目的科研经费等；第二类，学校与社会其他部门及企业进行科研合作、提供咨询或科研成果转让等获得的横向科研经费；第三类，国内外社会机构或个人捐赠的科研经费、从国际合作项目中获得的经费以及高校自筹的科研经费。高校科研经费来源渠道广、数量大、专业面宽，涉及部门多，缺乏科学合理的统筹管理规划，加大了管理的复杂程度。经费来源部门管理规定的差异，使得财务管理部门对日常开支的监管难度增大。第三，科研经费的拨款方式有待改进，使用规定不够合理。高校教学、科研工作相互交叉、重叠，而现行财政拨款模式为“生均定额拨款+专项补助”，至今没有专门的科研预算。其中生均定额拨款以学生人数为计算基础，根据学生培养成本进行核定；专项补助主要包括“211工程”“985工程”等专项，此类经费为专款专用。各级财政通过教育主管部门预算下拨给高校的经费中基本上没有独立的科研经费，高校大多数教师的工资、津贴等人工成本均未计入科研成本；研究工作与教学活动没有合理的分摊机制，也没有明确划分教学成本和科研成本，致使科研工作发生的各类费用不能准确核算，客观上造成了科研经费管理与使用上的某些不良现象。第四，竞争性和非竞争性科研经费结构失衡，制约了高校创新作用的发挥。受科研评价制度的影响，我国高校的基础研究投入严重不足，制约了高校在基础研究与创新型人才培养方面潜力的发挥。高校从事基础研究的人员占全国基础研究人员的60%以上，但其研究经费却只占全国基础研究经费的50%左右。[16]竞争性和非竞争性科研经费结构失衡，竞争性科研经费投入比重偏大，难以形成较长时期（中期）的科研规划和布局，没有充分发挥高校基础研究的自由探索优势。而且，非竞争性科研经费的项目管理和财务管理办法还未建立，无法促使学校的科研方向及项目设置围绕整体学科、专业发展的需要，持续不断地进行高水平研究、培养创新型人才。许多基础研究成果本身并不能产生直接的经济效益，以短平快、急功近利等非科学的标准评价相关研究人员，制约了重大原创性成果的产生。
4.科研队伍整体水平偏低，高校教师组成结构不合理
