由于战时交通极为不便，自1942年开始，年会分散在各处举行。1942年第十次年会、1943年第十一次年会、1944年第十二次年会都是在不同时间、不同地点——昆明区、重庆区、四川区（成都）、西北区（城固）、贵州区（湄潭）、桂林区六个区分别举行的。1942年正值牛顿诞生300周年，我国物理学工作者还分别在重庆、贵阳、昆明以及福建的长汀和永安等地举行纪念大会，陕甘宁边区的延安自然科学研究会也于1943年1月举行了纪念会。
在抗战期间，1938年举行的第六次年会和1941年举行的第九次年会，以及抗战胜利后，1946年举行的第十三次年会，其情况待查。
1947年10月第十四次年会，在上海中央研究院（京沪杭区）和北平协和大礼堂（此为与化学、动物、植物等六个学会联合年会）分别举行。1948年10月第十五次年会，分别在北平、南京、广州、武汉举行，均为与其他多个科学团体的联合年会。据统计，至1948年5月底，中国物理学会会员人数为541人。1949年11月，第十六次年会（上海区）在上海中央研究院礼堂举行，参加者200余人。此时，全国会员共有600余人。
3.出版《中国物理学报》。
为促进国内外的学术交流，中国物理学会主办的《中国物理学报》于1933年创刊。学报以外文（英、法、德三种文字）发表论文，附以中文提要。到1937年5月，出版了三卷共6期。抗日战争爆发后，曾停刊两年多。1939至1945年在异常困难的情况下共出版了5期。其中有些用粗糙的土纸印刷，纸质虽然低劣，论文却依旧保持该刊物要求的水准。在抗战艰苦环境中，无论是论文作者还是学报编者，都作了极大的努力。以外文发表研究论文的《中国物理学报》至1950年底出版了七卷共18期。
当然，中国物理学家在《中国物理学报》上发表的论文，仅仅是他们研究工作的很小一部分，大部分成果则见诸于欧美的学术刊物。
4.审定物理学名词。
辛亥革命后，教育部于1918年设科学名词审查会。1920年该审查会议决增加物理组，由中国科学社主稿，编成《物理学名词（第一次审查本）》。后来教育部将此“审查本”加以订正，成为《物理学名词（教育部增订本）》，于1931年分发国内物理学家讨论，征求意见。“审查本”和“增订本”未颁行实施。当对，中华教育文化基金董事会设有编译委员会，萨本栋受其委托编译整理物理学名词。他根据“审查本”和“增订本”等编成《物理学名词汇》，于1932年印行。同年夏，国立编译馆在南京成立，也着手审定统一名词。
在中国物理学会1932年的成立大会上，教育部和编译馆曾派人员列席，并提请组织名词审查委员会，专门负责厘订物理学名词事宜。但这次会议未能论及此事。1933年4月，教育部在南京召开“天文数学物理讨论会”，统一名词问题是这次讨论会的一项重要议程。根据该讨论会议决的意见，中国物理学会受国立编译馆的委托，对各方历年编译的草案，详加整理，逐字复查。编译馆则根据议决意见，对所编初稿重加增修，并提交1933年8月在上海召开的中国物理学会第二届年会审查。在这次年会上，推举出吴有训、周昌寿、何育杰、裘维裕、王守竞、严济慈、杨肇燫等7人为物理学名词审查委员会委员，杨肇燫为主任委员。这年夏天，名词委员会在中央研究院物理研究所内开展工作，将各种稿本和各方意见，通体整理。最后，该委员会将审定结果交国立编译馆，略加整理后呈报教育部，1934年1月由教育部核准公布，是为《物理学名词》。至此，自二十年代初开始，虽经十余年间的多次修订但未能最终完成的物理学名词的审定工作终于告一段落。
抗日战争期间，杨肇燫、周昌寿、陆学善等物理学家也进行了审订物理学名词的许多工作。
