清顺治七年（1650年），署事推官徐振儒建庙门七间；顺治九年（1652年），知县宋云梯又重建明伦堂；顺治十六年（1659年），知县郝麟生、教谕徐宏彰重建先师庙。康熙七年（1668年），知县孙家栋、教谕谭观成重建西庑；康熙十年（1671年），庙门因虫蛀腐朽将倾，知县于涟、教谕谭观成捐款重建，并新建了更衣所、宰牲房；康熙十一年（1672年），知县于涟复建崇圣、名宦、乡贤三祠；康熙十九年（1680年），先师庙倒塌，知县辛国隆与教谕闵圻申、训导王业澄重修先师庙；康熙二十二年（1683年），知县辛国隆、教谕吴观垣、训导董奕相捐款修葺了先师庙及崇圣公祠、明伦堂，吴观恒与董奕相还捐制了先师神龛；康熙三十年（1691年），知县王廷曾、教谕邱克承捐款修葺了庙学。乾隆十六年（1751年），贡生杨德修带头捐百金修复明伦堂；乾隆二十七年（1762年），知县赵宏信、教谕王力鳌、训导许煜及同乡毛巨翮、陈麟祥共同捐款重修了文庙；乾隆四十八年（1783年），知县谢惇、傅国相、署县曹署卿重建明伦堂、谒圣门、学门、棂星门围垣；乾隆六十年（1795年），乡人陈鹏祥、杨兆青、陈德广各捐出百金，增修大成殿、戟门、两庑椽瓦阶石。嘉庆六年（1801年），知县诸自谷捐百金，同教谕程瑜、训导李锡龄重修围垣。光绪二十四年（1898年），各府州县接到谕令开设学堂，旧有的书院、义学、社学一律改为中西兼习的学堂，县学随之消亡。
二、书院
书院是明清时期地方官学以外最重要的教育机构。与唐宋时期的书院以名师宿儒讲经授徒，开展学术研究不同，经元代的“书院官学化”影响，明清时期书院的设置目的发生了一些变化，除有些书院依然保持了学者独立治学的精神，属研究型学术场所，学者在则书院兴、学者去则书院废，特别是进入清代，大部分都是地方官绅为举业而设，属教学型的学堂，有些甚至与社学或义学的功能相似，这些书院多半沦为了八股取士的预备场所。尽管如此，就数量而言，明代仍是义乌书院发展最盛的时期，清代开始走向衰退。
蜀山书舍，初建时间不详。明代洪武年间（1368—1398年）由楼宗远重建，位于县南四十五里。据金涓于洪武四年（1371年）《题蜀山樵唱后序》记载，杨君仲齐“徘徊于蜀山之间，择林谷之幽，竹石之美，僦法兴精舍小楼，为修读之计，感激奋励，刻苦自持，不与事接”。
釜山书院，为明代洪武十年（1377年）宋濂所建。据嘉庆县志记载，五代后周太祖广顺年间（951—953年），宋濂始祖宋荣自吴兴迁往义乌县西的釜山下。后世屡次迁至根溪口宋村、金华潜溪，至宋濂一世迁浦江青罗山下。明洪武十年（1377年），宋濂“以翰林学士承旨归于岩下，建书院以诲宗族，额曰‘釜山书院’”。
杜门书院，为明代洪武二十二至二十三年（1389—1390年）间傅藻所建。他在为官多年，告老还乡后，在县城北50里处的夜珠园建起了一座书院，取名“杜门书院”，意为“杜门谢客，专心读书”。洪武二十五年（1392年），傅藻因病去世，与其妻吴氏合葬于杜门的台门山。
齐山精舍，为明代成化末年由王汶所建。成化十四年（1478年）王汶登进士第，授中书舍人，当官三年后便谢病而归，在齐山下筑精舍，准备以毕生精力潜心诵读累世经书，一时间到齐山精舍游学的人日众，世人皆称其为“齐山先生”。弘治元年（1488年），王汶与翰林简讨陈献章同被征召，虽力辞不赴，第二年才赴任，但未抵京师便病亡，书舍也因此荒废。
