由于科举考试在人才选拔中所起的决定性作用，官学已完全沦为科举的准备场所，学校授课日益减少，专重考试，生员已很少或根本不在校学习。官学教育的衰落和教育内容的空疏导致了学风的败坏，生员们专事练习写八股文，走投机取巧的捷径，就连为启蒙教育而设的学塾，其教学也被纳入了科举考试的轨道。
尽管如此，明中叶以王守仁为代表的教育思想和教育主张还是在当时和对后世产生了深远的影响。王守仁（1472—1529年），字伯安，因他曾在阳明洞读书、讲学，自称阳明子，别号阳明，封“新建伯”，谥号“文成”，后人因此亦称其王文成公，亦尊称其为阳明先生。他在从政之余，一直热心创建书院，设立社学，并不拘形式，随处讲学，传播自己的学说，历经数十年，终于形成了理学新流派——阳明学派。
王守仁提出了“致良知”的教育目的论，认为良知在每个人身上的天然体现是一样的，只是常人因为被物欲所**、蒙蔽，就无法循着良知去发展，所以学习的目的就是“致良知”，即“学以去其昏蔽”，“明其心”。他还提出了许多教育原则和方法，主要有知行并进，自求自得，循序渐进和因材施教等。他在哲学上提出“知行合一”说，针对程朱理学知而不行的“空疏谬妄”，表现出更加重视行的倾向，提出“真知即所以为行，不行不谓之知”的观点。他强调要引导学生“各得其心”，学习贵在自得，要达到自求自得，必然要采取独立思考的方法，提倡怀疑，不盲目迷信书本和圣贤，并勇于坚持。他的这种思想在当时的社会条件下是极为难能可贵的。王守仁还多次提到为学要循序渐进，教学必须注意“从本原上用力，渐渐盈科而进”。与循序渐进相联系，他还强调因材施教，要根据学生的资质、个性、长处给以不同的教育。
在王守仁的思想中，关于儿童教育的论述也很值得重视。他从良知说出发，认为乐是心中本体，教学必须引起学生的乐学情绪，要用培养、诱导、顺应儿童情绪，鼓舞儿童兴趣的方法进行教学，要诱之歌诗，导之习礼，讽之读书，来“训导其意志，调理其性情，潜消其鄙吝，默化其粗顽。”同时，他对当时的儿童教育状况进行了批判，指出当时训蒙稚者对待儿童“鞭挞绳缚，若待拘囚”以致使儿童“视学舍如囹狱而不肯入，视教师如寇仇而不欲见，窥避掩复，以遂其嬉游，设诈饰诡以肆其顽鄙，偷薄庸劣，日趋下流。”他的批判深刻地切中了时弊。
至明末清初，浙江大地在教育思想界涌动起两股先进思潮。一股是以黄宗羲、朱之瑜、陈确为代表的早期启蒙思潮，他们继承和发展了先秦以来务实、重人、重经世致用的学术观点，还结合了当时的时代要求，提出了别开生面的教育思想和教育主张。这一思潮发展对封建专制主义和封建蒙昧主义的批判，具有早期启蒙思想性质，并成为中国古代教育思想向近代教育思想转化的中介和桥梁。这一思潮由学术思想领域而影响至政治、经济、科学和文学艺术。其基本特点是尚实学、重实证、讲求经世致用，反对空谈心性，力倡务实之风。实学思想的出现预示着中国教育发展的历史即将进入资产阶级启蒙教育的新阶段。
另一股是西学入浙的影响。16世纪欧洲宗教改革运动兴起，耶稣会开始派遣教士前往南美、非洲和亚洲传教，自此，中国与欧洲在历史上开始展开文化与教育交流。虽然当时的明政府实行的海禁政策使早期的耶稣会教士在进入中国境内传教时困难重重，但教士们的热情和执著最终还是为西学东渐铺出了一条道路。其中对浙江教育直接产生重要影响的是李之藻对西学的引入和艾儒略对西学的译介。
