这种情况下，李世民决定先下手为强，连夜召集长孙无忌、房玄龄、杜如晦等谋臣细议，制定了一个政变计划。
六月初三，李世民进宫面圣，诬告李建成、李元吉秽乱后宫，说白了就是皇子与后妃有染，这可是典型的“婶可忍叔不可忍”的大事，叔不可忍，爹当然也不可忍。于是李渊诏李建成、李元吉次日一早进宫，要当面问个清楚。
于是，重头戏来了。六月初四一早，李世民兵分两路，自己与长孙无忌亲自带兵埋伏在玄武门外，尉迟敬德则率少量精兵入宫，控制住皇上李渊的行动。
李建成、李元吉刚一入宫，李世民立即发难。建成本有亲兵，但是驰援来救时，玄武门已经关闭，两军隔着城墙大战，李世民亲自射杀了太子李建成，李元吉想逃往武德殿，被尉迟敬德追上射杀。接着，尉迟敬德提着太子建成和李元吉的头走上城墙，太子府兵看到主上已死，立即就投降了。
李渊是一直倾向于太子李建成的，但是如今一天死了两个儿子，显然局势失控，本着“好汉不吃眼前亏”的原则，只好对这次政变睁一只眼闭一只眼，不久交出皇位，退居二线，成了吃干饭站干岸的太上皇。李世民登基为帝，史称唐太宗。
这时候再想，当年李渊是先逼着隋炀帝做了太上皇，后来又逼着隋恭帝禅位给自己的；十年后，他自己也是一样，被迫禅位给儿子李世民，自己则做了大唐第一位太上皇。还真是风水轮流转，历史又重演了。
李世民发动“玄武门之变”，真是给子孙后代开了一个坏头，从此这杀兄弑弟、政变夺位的戏码，就成了唐朝皇廷的家常便饭。
只在李世民当政期间，就先后发生了太子李承乾谋反，魏王李泰兵变，楚王李佑叛乱等大小宫变。李世民一生共有14个儿子，其中3个被杀，3个自杀，3个早夭，一个被“幽闭”，两个被废为“庶人”，除了李治安然坐上皇位外，只有十三子李福得以善终。
太宗以后，唐朝历代更是政变迭起。武则天时期有废太子李忠谋反；中宗李显执政时有太子李重俊逼宫，之后更是被老婆韦氏和女儿安乐公主合伙毒死，韦氏临朝摄政想效法武则天称帝；李隆基发动兵变大杀八方把亲爹李旦推上了王位，不久自己继位，虽有“开元盛世”的壮举，但也曾经干出“一日杀三子”的残酷暴行，一个双手染满了亲生儿子鲜血的帝王，又怎能真正做个好皇帝？到底酿出“安史之乱”的大祸来，而唐朝运势也从此而衰。
之后的历任皇上更是没有一个消停的，不是服丹早丧，就是为宦官所杀，这个我们慢慢再讲。
且说玄武门杀兄屠弟，骨肉相残，李世民心中也是不安，长期噩梦失眠，梦见有人刺杀自己。旧日并肩作战今朝同殿为臣的两员大将——尉迟恭（字敬德）和秦琼（字叔宝）安慰说：“皇上莫怕，有我哥俩替您守门，只管安睡。”
于是两兄弟一左一右，执鞭持锏，凶神恶煞地守在皇上寝宫门口。李世民果然就安稳了，白天有精神，晚上睡得香，比吃黑白片还好用。
可是也不能让两位大将军天天晚上不睡觉把门啊，总得有个换岗的时间吧。再说人家还得上朝呢。
于是李世民让人画了二位将军的画像，一左一右贴在门口，得，这方法居然管用！
从此，上行下效，民间也开始有了将二位将军的画像贴在左右门扇上镇宅保平安的传统，称之为武门神。
李世民登上帝位后，自觉英明神武，天下无双，于是顾盼自若地问众人：我最像历史上哪一位君王？
他本想听到的答案自然是尧舜禹汤文王武帝之类，没想到魏徵竟然答：最像隋炀帝。
李世民大怒，忍着气问：哪里像？
魏征慢条斯理地说：炀帝李广本是二子，并非太子人选，皇上也是；杨广曾在建朝大业中立下赫赫战功，皇上也是；李广弑兄继位，皇上也是……
魏徵说一句，李世民的脸色就沉一分，等魏徵说完，李世民已经脸不是脸鼻子不是鼻子成了黑面锅盔了，哼哼叽叽地说：照你的意思，我就是一奢靡昏君隋炀帝呗？
