义军内部裂痕，至朱温降唐而益著。时唐河中军粮艘三十，道出夏阳（今韩城），温劫取之，重荣率众三万来援，温惧，凿沈其舟。河中军悉众来围，温数请济师，知右军事孟楷抑不报，九月十七日（丙戌），温杀其监军严实27，帅大将胡真、谢瞳28举同州降重荣，唐授为金吾卫大将军、河中行营招讨副使29，赐名全忠，李详素与温善，巢遣人杀之，使其弟邺代为刺史30，十一月，详旧部王遇等逐邺，以华州降唐，唐授王遇为华州刺史31。
仙芝遇沙陀而惨败于江陵，巢遇沙陀而惨败于长安，前后如出一辙，江陵之败，注定仙芝的末路。“鸦军至矣32，当避其锋”，（语见《通鉴》）义师既患内馁，分当先谋自处之道；况同、华失守，左翼洞开，敌人有随时渡河的可能，如度无力阻止，则应姑避其锋，此稍谙兵略者之所知也，而巢竟如毫无感觉者。先是，中和元年三月，代北监军陈景思言于唐，请招沙陀李国昌、克用父予以拒巢，克用至河东，与节度郑从谠交恶，转掠诸州，事经年余，畿辅部队与义师相持，无敢力战，杨复光等再提前议，说王铎召克用，一面谕从谠示意。十一月，克用将沙陀万七千骑33，经岚、石路趣河中，十二月，自夏阳渡河。中和三年（八八三）正月，破巢弟黄揆军，二日（己巳）进屯沙苑。二月十五日（壬子）再进至乾坑34，林言、尚让、赵璋等率众十万，与克用战于成店，大败，死者数万，被追至良天坡35，惟王璠、黄揆乘隙取华州。廿七日（甲子），克用围华，堑栅以环之36，三月六日（壬申），尚让引兵往援，败于零口37，廿七日（癸巳），克用拔华州，揆率众出走38。四月四日（庚子），沙陀、忠武、河中、义成、义武等军合趋长安，义师拒战于渭桥，大败而还39。先是，义师发兵三万扼蓝田道，阴作退走计，八日（甲辰），巢率部出蓝田七盘路，入商山东走40，克用自光泰门先入41，诸军大肆虏掠。
五月，前锋孟楷攻蔡州，节度秦宗权降42。楷移兵攻陈州，刺史赵犨逆战，生斩楷，巢怒，六月，悉众攻陈州，营于城北五里43，为持久之计，旁略唐、邓、许、汝、孟、洛、郑、汴、曹、濮、徐、兖等州。于是感化时溥、宣武朱温相继为陈助44，犨又求援于克用，唐廷亦诏克用出兵。（见《旧·纪》）时关东仍岁大饥，木皮革根皆尽，至俘人为食。十一月，宗权围许州。十二月，温败巢军于亳之鹿邑，遂取亳州（宣武辖）。中和四年（八八四）二月，克用出师援陈许45，为河阳诸葛爽所拒，三月十三日（甲戌），移军自蒲陕济河，东下洛阳、汝州，四月廿四日（甲寅），次汝州46。时尚让屯太康（陈州北），黄邺屯西华（陈州西），稍积刍粟（《旧·纪》），廿九日（己未），沙陀分兵攻太康、西华，卅日（庚申），让、邺皆走，退保郾城47，巢本人亦解围，退军故阳里（陈州城北），革命军围陈，至是已逾三百日矣。
五月三日（癸亥），巢引兵西北趣汴州48，七日（丁卯），次尉氏49，八日（戊辰），至中牟北王满渡，半济汴，沙陀奄至50，杀伤万余，义师大溃；尚让率部万人归时溥，别将杨能、李谠、霍存、葛从周、张归霸、张归厚等降朱温51。巢挟残众，逾汴而北，九日（己巳），又被克用追败于封丘，获巢之幼子，巢东走，只余千人。十日（庚午），克用仍紧追不舍，过胙城、匡城（均属滑州），一日夜行二百里，至冤句，以马乏而还52。巢众散入兖、郓界。二十日（庚辰），溥遣李师悦、陈景瑜等追巢53，六月，郓州节度朱瑄破之于合乡（地属滕县），十五日（甲辰），师悦等又败之于莱芜县北54。十七日（丙午），巢行至泰山狼虎谷55之襄王村，追者已逼，巢嘱林言斩之，言不忍，巢遂自刎，言斩巢兄弟邺、揆等七人首56，并巢妻子将诣时溥，遇太原、博野军，并杀言。巢自起义至亡，计先后十年57。
