日本之学者，则藤原惺窝，首倡程朱之学。其徒林道春，博涉群书；复标榜朱子，排斥陆王，攻击道佛；惟于神道，时有袒护。弟子多以躬行实践相励；而神道渐盛，流于怪诞荒谬之说，尤以山鹿素行为甚。山鹿初修朱子之学，后斥宋学，鼓倡神道，著述丰富，详阐武士道之旨。吉田松阴师承其说，流传甚广。日本原以神道立国，天皇托于神胤，神道学者即根据此说，谓“天皇之国，万世一统”；将军非其分而窃之，义极明晰。忠君思想，日益澎涨；刚烈之藩士，遂有攻击幕府者。幕府不知其故，数兴文字之狱，犹复奖励藩士读书，厚赐孝子节妇，忠孝之说，愈益深入人心。及幕府季世，有高山正之者，性好击剑，跋涉山川，倡说大义，鼓舞志士。每至京师，遥望宫殿，辄跪拜曰：“草莽之臣正之。”又尝赴足利尊氏之墓，数其罪恶，慷慨言曰，“何物尊氏！残贼忠良，戕杀皇子，播迁天皇！”且言且鞭，声泪俱下。风声所感，志士奋起；幕府归政之机，渐成熟矣。
三、亲藩之离心
家康封子于要地，成辅车相依之势，号曰亲藩，羽翼将军。及幕府季世，首作难者，乃亲藩水户德川齐昭也。齐昭博学能文，留心政事，深喜西洋战法及医术等，密遣近臣，南至长崎，求其学术。尝为幕府所幽；后复起用。值陂理来日，齐昭建议陈不可和之十事，文辞佳丽，语意激昂，流传一时。其亲臣藤田东湖，神道学者也；尤博通古今，尊崇天皇。及美使来之江户，齐昭上疏，争论违敕之罪；将军弗听。齐昭旋称疾，辞幕府参议之职，致书朝臣，请其谏止。约成，将军遣使入京，奏请批准，朝议不许。其所以然者，固由顽固之朝臣囿于祖宗之法；抑亦幕府内部涣散，素为朝臣敬仰之齐昭影响所致。卒之幕府逼于外人，无策可筹，乃由将军私自签约。会将军无子，忠于天皇万世一统之藩士，属意齐昭之子庆喜；齐昭亦自以为必其子也。但幕吏惧其改约，迎立纪伊亲藩之世子为嗣，更摈黜齐昭。齐昭乃结尾张越前二藩，私与朝臣往来；国内志士，奉之为主，天皇至赐敕以勉励之。此举也，天皇朝臣始与藩侯结合，二百余年之《武家法例》，由此破裂。幕吏侦知其谋，大惧，亟兴大狱，重罚其党。于是人心愈愤，浪士蜂起；外藩与朝廷相结益深，共谋幕府；幕事遂不可为。
四、浪士之激昂
狱兴而后，浪士横行，聚集徒党，以攘夷为名，谋杀公使，焚劫外人；尤痛心于主和之幕吏，遂杀大老井伊直弼及其下幕府耳目等。会水户藩士，托齐昭遗命，传檄四方，共歼丑类；应者二千余人，所在骚扰，且袭横滨——横滨，外人聚集之所也。将军令人捕之；群众失败，以长门萨摩方共谋幕府，相率往归。幕府亦知民人恨己，佯为改图，崇天皇之命，修因外事得祸者之墓，招还禁锢远流之大臣，罢黜定约之幕吏；而浪士之患，犹不能止，扰及平安。朝臣恐惧，天皇因诏外藩驻兵于都下，以卫宫阙。长门将士，来至京师；隐招浪士，收之成军。
幕府亦仿其法，募集浪士，给俸养之，名曰新选组；而浪士益无顾忌，势如火焰，天诛党之乱遂起。天诛党者，由浪士相结，潜戮幕吏，自以为奉天行诛也。尝号于众曰：“幕吏惟知德川氏三百年之德，而忘朝廷三千年之恩，重赋厚敛，为幕府爪牙，荼毒天皇赤子，故加天诛。”又传檄曰，“皇祖开国，皇孙御世，天子为天下之主，人民为天子之臣。其辩大义，明顺逆者，宜事朝廷。事定之后，得除田租之半。”党徒众多，声势大振，旋即败逃，多之长门。未几，浪士据银山以叛，传檄讨幕。略曰：“天子陷在贼中，为人臣者，皆宜切齿奋起。况兹州士民，当南朝之时，讨伐逆贼尊氏，大节载于史册……其共勉之。”一时应者千人。将军命藩兵进攻，党众多死，余因亡命，纷扰益甚。幕吏畏惧，至不敢私自出入，往来必以侍从；幕府盖浸失其统治之权。
五、强藩骤起
自藩侯之驻兵京师也，时有建议，隐谋幕府；或输金朝廷，借要天皇之宠。公卿之恶幕府者，复引之为援。强藩之欲望益奢，专图富强，阳托恭顺天皇之诏，隐与外人贸易，购其枪炮兵舰，采其军制学术。萨长二藩固尝构隙于外人；外舰攻之，藩兵败退。因知旧时代之战术决不能御敌，改组军队，严加训练，兵势颇振。而幕府战士，器械窳败，训练不精。卒至长门之役，幕府衰状，昭著于外；强藩结党，请其归政，固其所也。
六、藩士之尊王覆幕
诸藩之所以服从幕府者，非有君臣之义，力不能敌耳。幕府衰微，兵不能战；强藩势盛，久欲起而代之。更观藩政，自昔家光定会同之期，藩侯岁来江户，谒见将军；境内政事，一委于其臣。及其归藩，耽于安乐，不理庶政。藩内实权，握于藩士之手；藩侯徒拥其名耳。此等藩士多智能精明，欲望甚奢；欲倾覆幕府，借以进身，故皆愿发难；其中尤以长门萨摩二藩为甚。二藩奇哲之士，若伊藤博文、井上馨、大久保利通、西乡隆盛等，皆好功名之士，尊王覆幕，志坚意决，百折不挠；此固为爱国心所驱，抑亦为其进身地欤？
七、外交之困难
浪士以攘夷为号召，杀戮外人；各公使辄与幕府交涉，重索偿金。英公使尝定杀一英人偿金五十万元。外人为浪士所杀者甚多，其赔偿之金额皆如之。浪士又毁使馆，因由幕府遣兵严加保护。自与外人交涉以来，幕府以事繁，已设外交奉行等官，专司其事；及各公使入见将军，礼仪尤盛，在在需用巨款。迨订商约，规定税金值百抽五；收入数微，只敷费用。其先，荷人通商，地有租金，岁有贡献，今又废除。后长门炮击外舰，其重炮子弹，购于外人；以其火器攻击其人，各公使乃索偿金三百万元。然偿赔款者，非长门藩侯，乃为人民所诟之亲外幕府也。内则将军欲结朝廷，岁增输粟，时值大饥，田赋减少，府库耗竭，费用反增。以至长门之役，费用不足，出师迟滞，终为长门所败。幕府惯为敷衍之策，不能图久远以增善其国计民生，终乃威令坠地，藩侯离散而瓦解之局成矣。
总原因：幕府不适于时势
综上而言，幕府之覆亡：由于内部衰微，将军幼怯，幕吏贪庸，府库空匮，亲藩不附，战士脆弱，神道复兴，尊王说盛；及定商约，朝藩相结，浪士蜂起，外舰来逼，开港赔款；其原因至杂，外交适为其攻击号召之资耳。虽然，幕府不于此时覆亡，终必不能存在。盖幕府托天皇之命，统治一国；其下藩侯，自为区域，法律不一，钱币各异，交通困难，阻碍进化。一旦开港，事务繁多，天皇威重，自不能久制于幕府；知识输入，人民尤不能终困于小藩。就制度而言，朝廷幕府诸藩之官署林立，员吏众多，耗费巨帑；行政命令，手续繁琐，其必覆亡，可无疑义。
幕府对外主和之功
举国上下，以亲夷罪幕，而幕府受外人之逼，订立商约，闭关，开港，果孰利于日本耶？曰：各国之风俗思想，多不相同；外商来至其地者，思想随之，常能使学者深思远虑，较其利弊，衡其得失；采人之长，补己之短，学术文化，前进不已。若闭关之国，安于旧习，思想狭陋，改革困难，终亦必无进步。当江户初年，苟续与外人交通，国内必蒙其益；乃严行闭关，妄自尊大，日趋于弱。及定约后，外商贸易，获利较厚。更细论之，日人以低廉之值，购其精巧之物，国内之剩余生货，因得输出，生产之力增加，而生活较易；幕府虽为此亡，其功绩犹在。设幕吏若朝臣之愚，浪士之横，不量力以拒外人，杀戮公使，劫掠货物；其损失赔款，将必倍蓰于前。日本能免如中国庚子之辱者，其主和幕府之功欤？
