德川家康执政，复弛前禁。西班牙之教士，有远来谒见者，得其许可，建设教堂于江户。教士尝为秀吉所逐者，皆归，四处传道，势又大盛。一六〇〇年，英水手有名魏尔·爱丹斯WillAdams者，受雇于荷兰商船，来至日本。时西班牙之海军，已大败于英人，新教之势大盛，以英荷为主。爱丹斯素恶天主教徒，旧教士知其来必相倾轧也，数谋杀之，不成。家康令送之江户，亲自讯问者三。爱丹斯富有口辩，善于应对，悉告以欧洲大势。由是被任为船长，制造巨舰，甚见信从，得赏邑地。荷英商人至者，托其转请通商，家康许之，新教教士来者渐众。向之垄断商业之葡人，一旦因有人与之竞售货物于市场，忌嫉日深，互相倾轧，扰及宗教，辩论甚多。爱丹斯尝告家康曰：“天主教士，包藏祸心，其意颇不测。”家康亦知旧教教皇权力过于国王，天主教徒，率服从教皇之命。苟天主教大盛于日，日本教徒，其服从至高至上为天主使者之教皇耶？抑服从万世一统天照女神之胤耶？时日本政权，已归家康之手，令日人不从其命，非家康所欲也。尤有进者，中世纪政教为一之说，深入神父之心，彼等尝欲干涉政治，借政权为武器，威逼农民，使其奉教。充其所欲，必使日本为一天主教化之国。家康因之乃先杀其权，罢免天主教徒之官于江户者，锢其终身。一六〇六年，家康重申秀吉之禁，教士伪若未闻者，长崎教徒，且举行庆祝大会，游行街市，提灯者万人，为空前之盛典。既而西班牙之船，有来测量日本海岸者，家康益信爱丹斯之言，屡召询问；爱丹斯辄攻击天主教徒，且谓“其势已衰，方见排于英荷诸国”。一六一二年，有教徒谋叛，且求外援，谋泄而败；家康恶之益甚。家康臣属，若加藤清正，佛教徒也。
耶教不适合于日本社会之点
自耶教传入以来，九州僧徒，多遭屠杀，佛寺变为教堂，拜佛者被迫为耶教徒，此固清正等之所深恶者。又自佛教与神道和合之后，信者仍可以祭神祀祖；而教皇神父反之，有禁祀先祖之意。日本神国也，上自天皇，下及庶民，皆自谓神子神孙之遗；一旦骤废祭祀，抛弃报恩追远之义，违反忠君孝亲之说，万世一统之神话，将不能存在，日本之道德观念，将根本破产。当时佛教之势犹盛，天皇朝臣，文学之士，皆读其书；多数人民，虔诚拜佛；其迫为耶教徒者，犹愿归依佛教；僧徒固有报复之心，而家康及其臣，皆谓有严禁耶教之必要矣。一六一三年，又申前禁，而重其罚；然无效果。明年，家康颁布“外人来传道者概皆逐出，毁圮教堂，严禁信教”之令。一时外人来传教者，一百五十六人，或先隐藏逃匿；或托名乘船他往，而复来归；其由家康命船送之他地者，不数月后，又复潜归，隐出布道。
教徒归心于秀吉之子秀赖
自秀吉殁后，其子秀赖年幼，居于大阪，家康妻以孙女，秉理国政。秀赖兴土木，造寺观，穷极奢华，日渐穷困。家康恐其将为后世忧，借事迫之。秀赖遂传檄四方，号召兵队。其因教禁潜匿者，争先来归，城中步骑至六万余人。家康亲率大军讨之，不克，议和罢兵。秀赖寻复招兵；家康令其他徙，不从，复战。家康围秀赖于大阪，秀赖势迫自杀。
德川秀忠严禁旧教
家康益恶教徒，将重惩之，会病而死。其子秀忠继之，厉行教禁：凡与教士往来，及善遇之者，财产充公，身以焚死；妻子先报者免罪，邻人不告者罪五家。既而荷船劫掠葡船，得其书信，中有致日教徒劝其叛乱，将遣兵舰助之者，以报秀忠。
屠戮教士之惨
秀忠知有教士潜归，谓非去国贼，终必叛乱，遂有威迫之令。凡教徒形迹可疑者，皆立捕之；惟践踏十字架，及认上帝为恶鬼者，皆赦免。其固执不从者，先以毒刑拷之，皮破血淋，或死后一二小时而复苏。若犹不改，聚之成堆，使父子相对，夫妇相视，朋友相见，绝其饮食，纵火焚死。九州南部，其地教徒，尝毁佛寺，屠戮僧徒，逼人受洗。信道者，多非所愿，受洗之后，不能祭其先祖，犯不孝之大罪，乃疾首痛心于教会。及是，佥谋报复，毁礼堂，碎十字架，焚其偶像及圣经，一以向之对待佛教徒之成法加诸其身。受祸尤烈者，首推长崎。长崎为通商要地，教徒众多，被斩者，身首异处；乃其死时，毫无惧色，若将因是而归天国者。教徒益相奋勉，或于夜间私取一二片断之尸，归而宝存之。奉行知之，使焚尸成灰，投之于海。
教徒之愚蠢
顾严刑之后，犹有自认为教徒者；奉行知徒杀不足以服人心，乃招教徒至署，和颜说之。始知多数教徒，极其愚蠢，不识教义，仅能口述祷文，及信死于道者入天国而已；以其迷信之深，宁愿一家同死。既而和善之奉行他迁；新任下车，亲出巡搜；凡形迹类教徒者，皆自讯问，若存有圣经十字架及像画关于耶教者，辄置之于死。尝执信教之妇人，褫其衣裤，令**匍匐于市，有若犬豕，如此无人道之酷刑，古今未闻也。当时奉行报功，谓一六二六年，长崎有教徒四万；及三年后，无一存者云。
宗教战争杀戮之惨
如此残暴不仁之宗教杀戮，卒以酿成日本前古所无信教不自由之岛原战争。先是，岛原为欧人贸易之市，邑主崇信耶教，人民从之。家康欲除教徒之势，远徙邑主，而代以亲臣。其人鄙吝，不恤下情，赋税苛重，人民流离，复纵兵为虐，民不知命在何时，渐思叛乱。会胥吏验得教徒，遣人捕之；乡民拒捕，复遣兵往。俄闻城中有内应者，仓卒奔还，果获其党。未几，村民大至，城兵逃去；来者益众，至八千人，益田时贞起而应之。时贞者，藩侯也，以信教故，流于其地。至是起兵，民奉为主，焚毁寺观，杀戮僧徒，树十字旗帜，自谓宗教战争；四方教徒之隐匿者，争来归之，势颇盛，数败来兵，进攻重城。败报闻于江户，将军遣兵讨之。
教军闻其来也，修岛原故垒，运粟入城，焚城外庐舍，使敌无可凭依。既而诸军来攻，教军据城固守，妇女皆出助战。攻者立于矢石之下，死者相枕藉，终乃败退。及援军至，复不能克。于是诸将集议，有献策者曰：“贼为铤而走险之愚民，急不能择，皆殊死战。吾人侮之，所以败也。请筑长围困之。”谋遂定；且请荷兰战舰发炮相助。卒以城中粮竭，被攻破，屠杀男女老幼，凡三万七千余人。此役也，官军十六万人，围攻一城，历一百二日之久，乃陷之，实西历一六三八年也。
厉行闭关主义
自此战后，将军以与外人贸易则有教徒，有教徒则危及幕府，遂厉行闭关主义，驱逐欧人及血胤混合者，外人已不许再至，日人亦不得外出；且严禁制造可涉风浪之大舟，凡渡海者死无赦。惟荷人以炮击教徒之故，得通商于长崎之小岛；其来贸易者，亦不得越岛一步，俨然囚徒也。荷人贪于重利，相安无事者，二百余年。荷人而外，其得与日本往来通商者，惟中国朝鲜琉球耳。将军之意，以为若此可以免教徒之害，成子孙万世之业，不知后日之所以覆亡幕府者，乃闭关之结果也。又自岛原战争后，日人谓教徒已悉灭绝。乃一八六〇年，有法教士至日者，偶于一村，见教徒万人，斯足见威武之不能服人，及其上下之相欺矣。
