萨弼再至京师，高僧有馆之者，且聚集僧徒，听其讲道。及教士得势，排斥佛教，鼓动藩主，据夺其寺，而逐其人，佛教耶教，相恶日甚。其时织田信长素恶僧徒之横，扰及政治，矫将军义昭之命，以书招教士使来京城，赐地建礼堂，名曰永福寺；僧徒请于天皇，敕其改名，乃以南蛮寺称之，谓其来自南方也。僧徒既恶信长，败将有逃之睿山者，信长使僧徒内应，夹攻灭之，僧徒不听；信长遂纵火，焚毁寺堂，执僧徒斩之。信长又与大阪之僧有隙，遣兵往攻，毁本愿寺。又尝招高僧论难，其辞屈不能答者，命褫僧衣，辱而逐之。会有奉天主教之将士叛，使神父招之，遂降；信长尊之益甚。一五八二年，九州将士之信教者，遣使四人，西往罗马，谒教皇。教皇待之甚厚，示以宫室之壮巍，珍宝之多，圣像之威严。时值新旧二教战争之后，教皇方横恣，全欧之地，王侯争权，农奴困若；使者尽悉其情，历八年始归。
对于佛耶二教之社会心理
上已略述耶教兴盛之故，兹再举其他原因，借以明知当时社会之情况。佛教自大化改革后，僧徒拥有雄资强兵，渐忘佛教之真义，不知戒律为何物，往往暴敛资财，纵于酒色，扰及政治。当信长火焚睿山屠戮僧徒之时，人多快之。可见佛教久失人民之信仰。一旦耶教传入，其神父富于服务之精神，能安慰人心，故有弃佛而归之者。就形式而言，巍然礼堂，与佛寺无异；高悬耶教圣母圣徒之像，与佛像无异；礼拜之时，鸣钟歌诗，焚香燃烛，时跪时起，与僧徒之参拜无异。愚民狃于耳目，不生异感。加以诸藩之威迫，神父之和善，信徒数增，所以若此之速。
丰臣秀吉疑教士将有所为
信长殁后，丰臣秀吉执政。神父有谒见者，秀吉赐以大阪之地一所，为传教之用；且任用教徒，为其亲臣。神父之来大阪者，建筑礼堂，信者颇众。及一五八六年，秀吉征讨九州，知教势强盛，一变故态，立招神父，严加询问，出示禁之；并限传教师于二十日内，概行出国，其不出者，以违命论罪；外船载传教师至者，货物充公。秀吉之所以若此，盖以神父设立学校，赈贫疗疾，谓其“以利诱人，是将有所为也；若今不灭，后必为患”。
严禁天主教
适其时葡船来至日本，购买幼童，带之远去，鬻以为奴。船中拥挤，幼童至枵腹，疾病无以医治。秀吉疑其以博爱劝人，而不能变国人之心；施药济人，而不能救奴仆之苦；“言不顾行，行不顾言”。因以此事罪之。令出之后，教士会议，遣其愿往中国者数人，借蔽耳目；余多藏于信教之诸藩。秀吉使人至京城大阪圮其礼堂，又遣兵至九州等地毁其教室；兵士得贿，置之不毁。明年，葡使来告，谓非保护教会，则将中止贸易。秀吉惧失贸易之利，复弛其禁。但其心欲杀教徒之势，未尝暂忘，因命救徒中之骁将小西行长，西征朝鲜，其兵教徒也。
然弛禁后，信徒骤增，秀吉又闻西班牙教士之欺己，大怒，复严禁耶教。先是，朝见教皇之使者，归自欧洲，日人知欧洲诸国新旧教徒之纷争扰乱，怀疑于耶教者渐多。及是，西班牙之教士在菲律宾者，欲至日本，惟为教皇之命所限，乃冒充聘使，贡献方物。秀吉礼之。教士建礼堂于京城大阪，势力寝盛。秀吉得知，谓“国贼日多”，立命捕获，割其鼻耳，游行市上，寻杀之长崎。长崎，外商会集之地也，教徒尤多。杀之于其地，欲借以警其他之来传教者尔。秀吉严命长崎邑守，尽逐教士，焚毁教堂。但当时教士在日者，一百二十五人，其被逐出者仅七人而已。俄闻秀吉来巡，邑守大惧，乃毁教堂一百三十余所，教士咸潜匿。其明年，秀吉病殁。
新教传入及荷英通商
