对于入夏以来三路军的情况，由于电台联络时断时续，杨震并不怎么太清楚。直到战后在见到三路军退进根据地的部队时，他才直到这半年来三路军遇到了什么样的情况。不是他们不配合自己，而是三路军已经陷入自身难保的境地。
前一段日军固然是将重点放在了自己身上，但也没有放弃对其他抗联各部进行清剿。甚至在九月之前为了全力准备对自己的进攻，以及稳定诺门罕战役后方，日军还加大的清剿的力度。
为了保证后方的稳定，自入夏开始，关东军抽调了大量的伪满军和地方独立守备队分别对南满的一路军留守部队，以及西满的三路军。采取了以伪满军警为主，少量日军地方守备队参与并督战的方式，进行了四面合围，拉网似的大扫荡。重点就是在三路军身上。
日伪军这一举动，就是为了打垮所有在战时与杨震可以相互策应的部队。关东军的意图很明显，我现在拿你是没有办法，但我可以打掉与你相配合的部队，剪除你的羽翼。使你陷入孤军作战的境地。
在西撤后，为了更加灵活机动的进行游击战，打击日军，三路军调整了编制。撤销了原有的三、六、九、十一军建制，改编为四个独立支队。压缩了编制，充实了建制，加上杨震提供的大批装备、弹药，一度使得三路军恢复了元气。
人数也从几百人又发展到了近两千余人，装备也得到了极大的改善。虽然还没有彻底的恢复鼎盛时期三千余众的规模，但也是元气稍复。在岭西活动的很频繁，并以山地为依托开辟了几个规模不小游击根据地。甚至一度攻占了克山、肇源、讷河等几座县城。
只是好景不长，日伪军此次采取的拉网式大扫荡中，刚刚恢复元气的三路军又遭受到了严重的挫折。仅仅八月一个月的时间，部队便在日伪军全力进攻之下伤亡、逃亡三分之一。
勉强支撑到入秋，还没有等三路军喘上一口气。在日伪军在发动对下江地区的攻势展开后。为了配合关东军对杨震所部的进攻，又在原有清剿部队的基础之上，大量增兵，持续不断的对三路军发动了更大规模的清剿行动。
关东军为了彻底的消灭三路军，除了原有的两个混成旅和各县区的伪满警察部队以及部分森林警察部队之外。还抽调了兴安军的两个团、白俄铁路守备队的两个大队，三个刚刚完成编组，由在满洲境内朝鲜人组成，虽然在伪满军建制内，却是归关东军司令部直属的所谓特种团。使得日伪军在岭西的兵力剧增至近三万人。
在优势日伪军大举围攻之下，入秋以来三路军几经苦战，却始终未能改变态势。不仅部队伤亡惨重，新开辟的游击区全部丢失。部队被日伪军分割在德都、通北、海伦、拜泉、讷河几县，只能各自为战，失去了互相策应的能力。
在苦战两个月后，除活动在通北、海伦、望奎的第六支队在伤亡三分之一，已经无力再战的情况下。由支队长郭铁坚、政委于天放指挥主动西撤，在二分区和一路军的策应下退入根据地而损失较小之外。
只有活动在巴彦、望奎、绥化、庆城一带，由支队长张光迪、政委张云生在三分区派出的部队掩护下下边打边撤，甚至连伤员都丢掉才退入凤山境内站住脚的十二支队建制还保持着一定的完整。
而活动在西满讷河、甘南、扎兰屯、阿荣旗、景星一带的三、九两个支队在日伪军的重点打击之下损失极大，各级指挥员相继牺牲，处境日益艰难。
与赵尚志一同从江北回国的原十一军军长，回到三路军后任三支队长的祁致中战死在甘南。三支队政委赵敬夫在德都境内掩护总部以及北满省委突围重伤被俘，因誓不投降，被日军德都宪兵队扔进狼狗圈活活的喂了狼狗。
九支队支队长雷炎带领两个连百余人在讷河境内筹粮时，因叛徒告密，被日伪讷河讨伐队以及白俄铁路警察队一部千余人包围在讷河与甘南交界处。经过一天一夜苦战，始终无法突围全军覆灭。支队长雷炎在牺牲后，头被日伪军割下，悬于讷河城门示众。
