杭州光复的消息传至南京后，朱亨嘉大喜，作《踏雪行·赐严大将军》一词曰：
千里钱塘，何人能渡？
横刀立马封平虏。
尸横遍野鬼声残，凄凉胡运黄泉路。
聚少离多，红豆何苦！
盼卿早日归南都。
登高揽胜雨花台，江南已是春无数。
和这首词一起到的，还有一道令严天凤率八万陆师、两万水师北上南直隶的圣旨。
自古守江必守淮，淮河一带仍在鞑虏手中。不在南直隶驻扎重兵，朱亨嘉不放心。
下令杨怀、林察率水、陆师四万，留守浙江。
又令将固山额真金砺、江西巡抚蔡士英、浙江巡抚肖起元、总兵佟柄器等一众大汉奸，押赴南京刑部大牢。留到清明节大祭之日献祭孝陵。
大明祖制，孝陵每年元旦、孟冬、太祖诞辰、太祖及孝慈高皇后忌辰时酒果行香；清明、中元、冬至以太牢致祭，是为“五小祭、三大祭”。
此时冬至大祭已过，只能等待清明了。朱亨嘉特意下令，一定要把这些大汉奸好好养活到清明献祭日。
……
北京通政使司衙门，几个守门兵丁有气无力地站着，忽地来了个风尘仆仆的中年人。
“站住，干什么的？”
中年人整了整衣襟，朗声答道：“吾乃浙江巡抚肖起元的家仆肖忠，特来向皇上呈奏我家老爷上的《为临难沥血陈情恭谢天恩事疏》”。
好家伙，“临难沥血陈情”，光听这几个字便知道此疏非同小可。兵丁不敢阻挠，很快地，这道疏便一层层传至顺治帝的御案上。
顺治帝仔细读罢肖起元的奏疏，尤其是那句：“谨以佩刀一口，城陷之日，勉尽一死，以报国恩”时，感动得涕泪横流，“肖爱卿真忠臣也！倘人人皆如肖爱卿，国势怎会颓唐如此！”
半晌，顺治帝大吼一声：“朕要亲自率百官祭奠肖爱卿！”
连遭失利，他急需树立一个舍身殉国的忠臣榜样，好让其他大臣学习，为大清效命。
听说皇帝要亲自率百官祭奠肖起元，昭圣皇太后急忙劝阻：“皇上，肖起元的忠心确实值得表彰，可是您亲自祭奠他与礼不合。自古君臣犹如父子，您是君父，他是臣子，岂有君父亲自祭奠臣子的道理？遣一得力大臣替您祭奠便可”。
顺治帝想了想道：“皇额娘（额涅）说得有理，朕让索尼替朕去。不过，这祭文，朕要亲自写”。
昭圣皇太后道：“皇帝且沉住气，毕竟现在杭州还没有消息传出，肖起元生死不知，现在写祭文为时尚早”。
“嗯，皇额娘说得对，朕再等等”。
又过了一个多月，明军攻克杭州的消息传来。不过，却没有肖起元的消息。肖起元等汉奸已经被秘密押往南京了，自然没有消息。
顺治帝的性格很偏执，他既然相信了那封遗疏，又没有肖起元的消息，那自然是殉国了。
于是令内大臣兼议政大臣索尼，替自己祭奠肖起元。
又亲自做祭文如下：
维大清顺治十年（1653年）一月，皇帝遣官致祭于故浙江巡抚肖起元之灵前而告以文曰：
呜呼！国家多事，半壁沦丧。治国安邦，端赖忠臣。吴天不吊，折我臂膀。朕何德薄，罹此蹇剥，心如刀绞，痛断肝肠！
曩者伪明鲁王肆虐，乃命卿巡抚浙江，节制师旅，扫**吴越。千里驱驰，善战者有赫赫之功；五载奋剿，封疆者无失土之忧。方期贼氛廓清，丽日普照江浙。孰料伪明靖王复入犯，烽火再燃于江南。朕倚卿为干城，受命抚浙，躬亲戎行，未建懋功，遽成国殇。呜呼哀哉！
孤城远悬，难望一兵之援；空腹坚守，惟争大义千秋。慷慨誓师、擂鼓督战，佩刀一口，以尽臣节。如此忠贞勇决，自古罕有。敬谨义烈，堪与比拟。无奈城池虽固，难当万炮轰鸣，终至塌陷。然卿犹高呼杀敌，督兵巷战；战马中箭，继以步斗；钢刀卷刃，血染袍袖；终至力竭，横刀自刎。当是时也，阴风阵阵，日月无光，战鼓齐唁，旷野风悲，微雨飘零，沥沥难止，盖精诚所至，天地为之陨泣！
经年多舛，连陷数省，折损重臣，上天降罚，罪在朕躬。建祠建坊，议谥议恤，褒忠表功，宣付史册。呜呼！卿虽死而不朽矣。浩气化为长虹；名节传于后世。魂其归来，尚飨！
……
