但是在从1月30日——2月3日的会议第二阶段，双方的矛盾焦点问题出现了。按照“雅加达会议”的备忘录，澳洲、非洲、欧洲三大洲将被划分为两个部分，成为中间缓冲地带。包括欧洲西部地区、非洲西部地区、澳大利亚在内的澳洲绝大部分地区将在美国政府的主导下，重建战后的秩序。而欧洲东部、非洲东部、非洲南部、澳洲部北地区将在中国的主导下重建战后秩序，但是均不得将其作为自己的领土范围，而必须要建立单独的政权机构，双方可以在中间地带自由行动，但是不能损害对方在上述地区的核心利益。
在这次会议中，非洲问题被单独提了出来，问题的关键就是在于英国、法国、荷兰、比利时、西班牙等国，作为中美的同盟国，在亚洲已经失去了全部的殖民地，包括英国、法国在澳洲的殖民地也被美国人夺取。几个国家绝对是心有不甘，于是要求重新介入非洲事务，对于这样的要求，中国和美国认为是绝对不能答应的，于是双方进行了激烈的谈判，最终划定了在非洲的势力范围。
美国将在大西洋东部的加那利群岛、亚速尔群岛、阿森松岛、圣赫勒拿群岛、塞舌尔群岛拥有包括驻军、建立军事基地的权利，并且中国要承认美国在这些地区的利益。同时美国在塞拉利昂、科特迪瓦、几内亚比绍、尼日利亚、摩洛哥等国进行大规模援助行动，以求在上述几个国家建立适当的秩序，美国也拥有在上述各国驻军、修建军事基地的权利，中国政府也承诺表示理解。至此，美国成功的控制了大西洋最后一块地区——非洲西海岸的全部战略要地。
美国同意中国则拥有在不分裂埃及的前提下，在西奈半岛上驻守军队的权利，但是对于巴勒斯坦地区的处理权力必须要交由同盟国集体决定。与此相类似的是，美国政府也承认中国在不分裂土耳其的情况下，在马尔马拉海以北的半岛上驻守军队、修建军事基地；作为代价，中国保证不再进入土耳其的亚洲部分领土；同时美国同意继续坚持一战结束后，希腊对克里特岛的控制权，但是土耳其西部海岸的近海岛屿将交还土耳其，土耳其也承认塞浦路斯的独立地位。
回到非洲问题上来，中国可以在索马里、苏丹、埃塞俄比亚、肯尼亚、坦桑利亚、赞比亚、津巴布韦、莫桑比克、马达加斯加、南非等国适时适当的活动，求在上述几个国家建立适当的秩序，中国也拥有在上述各国驻军、修建军事基地的权利，美国政府也承诺表示理解。但值得注意的是，这些地区当中的绝大多数当时已经处于中国军队的控制之下了，相对于美国人取得的那些尚未控制的群岛和海岸沿岸各国的地盘，中国显得有点吃亏。
当然，为了照顾到英法等国的面子，北非的绝大部分地区、中非的全部地区、西部非洲的一部分、中东地区的地中海东岸、西南部非洲的大部分、大洋洲东部的全部群岛还是留给了这些国家来处理，但这些国家到底能从中实实在在得到什么就是另外一回事了。
但是到了最后，关键性的欧洲问题来了，双方几乎谈不下去了，因为双方的条件差距太大。但是由于中国军队在欧洲战场上处于优势地位，美国政府也不能无限期推迟欧洲问题的谈判。于是在2月4日晚上，杜鲁门突然造访刘仁俊在温哥华的住处。
“尊敬的主席阁下，我们认为我们两国在欧洲问题上还是有共同点的……不是吗？”杜鲁门此时看起来很精神，一点都没有焦头烂额的样子，但是实际情况他心里清楚，因为中国已经开始大规模在占领
区内扶植亲中政权了，美国人等不起了。
“总统先生……我也是同意您的看法……但是我希望我们双方都能够本着务实的态度来进行谈判……”刘仁俊非常直接的告诉杜鲁门，“漫天要价就地还钱，这时才是游戏规则，如果只要价不还钱，那这笔生意就不用做了，我们另起炉灶……”
