11万大军在大阪打不过2万明军的消息吓尿了江户幕府高层，因此为了避免明军洗劫近畿后对江户产生兴趣，保科正之亲自从江户赶到京都主持与明军的和谈；但此时已经为时过晚，取得战场胜利的明廷提高了和平的要价。
“殿下，这两天跟明寇接触下来，对方明确表示二十口通商不可变化，另外，赔款六百万两也一分不能少，顶多就是不用给太多的金银，可以用条铜抵价。”二条城内，一脸灰败的阿部忠秋向保科正之报告道。“还有就是海外日本人归国一事，明寇也反悔了，他们要求幕府承诺保证归国日本人的安全，并要求幕府允许大明商人雇募日本人出海做工。”
保科正之苦涩的说道：“仗打输了，人家要得多也很正常！再派人去磨一磨吧，多少让明寇减一减开港城市和赔款数字。”
“那？”阿部忠秋探问道。“那关于海外日本人的事怎么说呢？”
保科正之回应道：“明确告诉明寇，幕府可以允许海外日本人回国，但只允许其逗留在开港城市，不得回返原籍，也不得在日本传播天主教，否则，幕府有权将其等处死；至于明国海商要雇募日本人出海做工，也不是不可以，但要有人数限制，初步预算，每港每年不得超过三百人······”
有了保科正之的态度，阿部忠秋就知道怎么跟大明这边谈了，于是，双方便展开了新一轮的接洽，在这轮接洽中，幕府这边极力将赔款数字压缩到三百万两以下，不过在大明谈判人员的坚持下，双方最终在五百万两上达成了一致。
而在开港数量上，日方也步步后退，从最初只答应开放长崎、平户两港，后退到了答应开放长崎、指宿、浦户、广岛、神户、骏府、仙台、青森、轮岛、荻等十个港口，并同意依照长崎体例，在各港划出一片区域以供明国商号设置商栈、堆场、宿舍；此外，幕府还同意对大明商人雇募日本伙计的数量不做限制、进口税控制在总货价的百分之五、大明商人销售商品的价格随行就市（三都及其他日本商人组织不准低价强买强卖）等一系列要求，籍此换取大明同意日本查禁走私及禁止大明商人深入日本内地。
在大明商人雇佣日本人出海做工的问题上，幕府同意每年向福海号提供六千人（不分男女）以换取大明同意禁止其他商号雇募日本人出海。
在海外日本人归国问题上，幕府紧咬不放，甚至还不惜同意大明永租隐岐群岛作为交换。
既然德川幕府如此坚决，大明方面也只能顺势退让，同意幕府限定海外日本人回国后的居处，并同意幕府继续查禁天主教（即海外日本人归国后可以继续信仰天主教，但不准在日本建设教堂及其他传教机构，也不准向其他日本人传播天主教）。
既然双方谈妥了，大明代表、内阁大学士左懋第，日本幕府代表、左近卫中将保科正之便在明弘光九年、日本后光明天皇承应二年、西历165年七月十日于淀川西岸的吹田正式签署了《吹田条约》。
由于《吹田条约》约定，幕府只有缴纳了全部赔偿金后，明军才会撤离日本，所以，《吹田条约》签订当日，幕府即向明军支付了价值金花银五百万两的黄金、白银、条铜以及大米----当日，双方关于金银铜的纯度有过一番扯皮，但相关交付工作还是在三天内完成了----收到钱的明军，便开始陆续撤离日本，返回国内。
不过，要走也不是那么容易的，要知道明军的收获太大，运输船又太少，所以明军得分批撤退，所以，根据幕府的强烈要求，明军便先归还了大阪城及周边地区，将主力部队及一应收获运到了和歌山地区；而和歌山地区的幕府-诸侯联军则同时解散返乡，以避免明军产生误判；而在这一过程中，阿部忠秋依旧要负责监督。
“阁下！此次宴会，在下仅代表我朝再次与贵方就幕府取代日本朝廷一事进行沟通！”万世一系的日本太过可怕了，所以，为了避免天皇神话成为日本人的精神信仰，朱由崧一定要在日本搞一幕“田氏代齐”出来。“我朝陛下金口玉言，绝无哄骗幕府之意。”
