在朱媺娖辩认太子之后的第二天，商毅就带着朱媺娖返回杭州。
这时清军中路的豫亲王多铎己率领二十万大军南下，先锋人马己经攻占了凤阳府西北的亳州，而因为刘良佐和黄得功都率军回援南京，整个凤阳府的防守都十分空虛，因此留守扬州的史可法心里也十分着急，己经连续向南京发回告急文，请求给江北增加援兵。同时也写信给商毅，请他尽快了结南京的事情，渡江北，来扬州主持军务。
现在己经是三月底了，商毅也知道军情火急，因此一回到杭州之后，就立刻开始着手布置备战清军的工作。
这时商家军在杭州地区的三个师的武器也全都配齐，因此商毅决定，将第三师全部调往江北，参与江北的防御，第四师留在江南，保卫浙江地，并且又下令把驻守台湾的第七团也抽调两营回来，和第四师一起，组成后备部队。而现在商家军又扩编了两个散团，使散团的数量达到了四个。商毅决定将其中的三个团合并成为商家军第五师，也派到江北，不过这个师的武器缺口很大，目前只能装配一个团，因此暂时只做为江北的后勤部队。
同时在杭州继续扩招人马，征调民兵入伍，争取再成立三到四个团，如果达不到正式士兵的标准，就编成预备团，那怕还不能过江打仗，但也能留守浙江，保卫地方安全。
而在海军方面，第二、三分舰队进入长江，暂时驻守在南京的金川门外，防止清军过江，并随时沿岸支援。第一分分舰队驻守长江口，在必要的时候，可以沿海岸袭击清军的后方。其佘二支分舰队仍然驻守在杭州湾待命。
这时亚莉桑德拉也从海回来，得知了这段时间里在江北、浙江、南京发生的一糸列事情之后，又是新鲜又是奇怪，同时也后悔，这么有趣的事情，居然没有让自己赶。不过她一回来就马有活干了，商毅把外籍雇佣兵团和西班牙步兵雇佣兵团合并，都交给她指挥，这次也要跟自己一起过江作战，这两支外籍雇佣兵团相加，大约有一千五百多人。他们归降商毅已后，其本没有参加什么大战，而这一次也都清楚，是打大仗的时候了，因此也一个个擦拳摩掌，准备大显身手。
这一次迎战清军，商毅一共调动了三个师、一个骑兵旅、一个侦察团和外籍雇佣兵团过江参战，共计出动的兵力达到四万三千多人，这也是商家军成立之后，一次最大兵力的会战了。
同时商毅也正式提出了商家军的四句口号：“驱逐清虏，恢复中华，誓死报国，护境安民。”
这四句口号也是商毅精心挑选的，前两句还是盗版了后世国父的口号。乍一看并没有什么问题，每一句话在大义都说得过去。但商毅耍了一个小花招，就是用“中华”两个字来代替了明朝。其实自从商家军成立之后，商毅就一直尽可能不用明朝的字眼，而是用“中国”、“中华”、“华夏”一类的泛指来代替，一方面让别人挑不出什么『毛』病来，另一方面也是在商家军中淡化明朝的观念。
而在政务方面，商毅也下令，对全浙江实行军事管治，对粮食、『药』材、盐、布、绵花等战略物资都由zèngfu掌控调备。船只、车辆也要服从zèngfu的调配，各交通道路都要优先让军需运输队伍通行。同时还征调十五万民夫，保障后勤运输工作，当然但商毅也要求有关部门，一定要做好对征调的补偿工作。
这时林之洋的木工厂这时也己经开工，在宋应星的带领下，经过中西工匠的合力工作，生产出了一批十分实用的四轮马车。经过测试比较之后，和二轮马车相比，四轮马车不仅行驶的便平稳，而且载重量也大多得，牛马牲口最多可以多拉一倍的货物，因此可以大大提高运输效率。商毅也立刻定购了一百辆四轮马车。
