不过，对于将郭店儒家简的全部或大部分归于子思学派或思孟学派，也有学者提出不同意见，郭齐勇先生通过对竹简之人性天命说、竹简与《孟子》的思想联系与区别、“情”与道德形上学三个方面的研究，提出：“郭店儒家简诸篇并不属于一家一派，将其全部或大部视作《子思子》，似难以令人信服。笔者不是把它作为某一学派的资料，而是把它视作孔子、七十子及其后学的部分言论与论文的汇编、集合，亦即某一时段（孔子与孟子之间）的思想史料来处理的。”[9]李存山先生也提出类似的看法：“郭店竹简，除《老子》、《太一生水》以及《语丛四》外，余皆属于‘孔孟之间’的儒家文献，这一点可以肯定。观这些儒家文献，其与子思、孟子的思想有着密切的关系，这一点也可以肯定……但有的也与思孟的思想相出入。因此，我不认为这些文献都属于子思学派或思孟学派。”李存山先生特别指出，郭店儒家文献内部之间也“相出入”，在道德概念体系的使用上很不一致，“如《五行》篇构建的道德体系是‘仁、义、礼、智、圣’，《六德》篇构建的道德体系是‘圣、智、仁、义、忠、信’，《忠信之道》则又强调忠、信是‘仁之实’、‘义之期’。此三篇必非一人或内部关系较近的一个学派所作。鉴于以上情况，我认为郭店儒家文献的学派归属当不是很集中的，而是比较‘分散’的”。[10]此外，陈来先生也反对将郭店竹简多数归于《子思子》，而是认为应将其看作类似于《礼记》的儒家总集。[11]
以上学者虽不同意将郭店儒家简的全部或多数归于子思或思孟学派，但并不反对其中的某些篇与《子思子》有关，亦不反对对郭店竹简与思孟学派的关系进行研究。对此，真正的反对意见来自李泽厚先生，李先生认为，郭店简“虽有《缁衣》、《五行》、《鲁穆公问子思》诸篇，却并未显示出所谓‘思孟学派’的特色（究竟何谓‘思孟学派’，其特色为何，并不清楚）。相反，竹简明确认为‘仁内义外’，与告子同，与孟子反。因之断定竹简属‘思孟学派’，似嫌匆忙，未必准确。相反，竹简给我的总体印象，毋宁更接近《礼记》及《荀子》……就总体说，竹简重视外物对‘心’‘性’‘情’的作用，强调陶冶、教育的人为造作，分析、论述具体细密，而不是孟子那种模糊、笼统而神秘的‘扩而充之’‘我善养吾浩然之气’之类的说法。此外，竹简专注于‘人道’，‘知天’处于次要位置……凡此种种，其基本倾向似更近荀而不近孟；更可能是当时派系分化尚不鲜明，只是处于某种差异中，因此不能判其属于某派某子”[12]。也有学者通过对《性自命出》等篇的分析，认为将郭店儒简定位为“孔荀之间”可能更为合适。[13]
