二程、朱熹不仅肯定了曾子、子思、孟子的传授系统，还将《大学》《中庸》从《礼记》中独立出来，与《论语》《孟子》一起合为四书，其中《中庸》为子思所作，《大学》为孔子之传而曾子“作为传义以发其意”。这样理学家所推崇的四书便成为孔、曾、思、孟的传世文献，儒家道统的经典依据，而二程、朱熹等理学家也以承继道统自任，一部宋明理学史某种意义上即是对儒家道统重新理解、阐释的历史。由于二程、朱熹等理学家主要是用道统看问题，而道统论并非一种历史观，而是一种文化观，其所关注的不是具体的历史事实，而是一脉相承的文化精神，所以他们不是把从孔子到孟子看作一个历史的发展过程，不注重其内部思想的分歧、差异，而是认为孔、曾、思、孟“一以贯之”，传递着相同的“道”。这个“道”，他们认为主要是仁义的问题，是“性与天道”的问题，并以各自的理论形式对其做了重新阐释和发挥，形成理学、心学的不同派别。不过，这一时期还是出现了一些新的情况，首先是突出、强调子思、孟子维护儒学正统，使孔子之道不坠于后世。如，“古之善言性者莫如仲尼，仲尼圣之粹者也。仲尼而下莫如子思，子思学仲尼者也。其次莫如孟轲，孟轲学子思者也”[82]。“传经为难。如圣人之后才百年，传之已差。圣人之学，若非子思、孟子，则几乎息矣。道何尝息？只是人不由之。道非亡也，幽、厉不由也。”[83]“自孔子没，则诸子已有不能尽得其传者，于是子思、孟子又为之阐幽、明微、着嫌、辨似，而后孔氏之道历万世而亡敝。”[84]“昔孔子历聘天下，从游三千，然非后世子思、孟子，则不能发明其盛。盖阳之畅也，暮春日之显也。”[85]
一些学者还指出，子思、孟子对孔子的思想有进一步的深化、发展。例如，“圣人教人，大概只是说孝弟、忠信，日用常行底话。人能就上面做将去，则心之放者自收，性之昏者自著，如心、性等字，到子思、孟子方说得详”[86]。“《论语》止言‘主忠信’，不言‘诚’，至子思、孟子然后言‘诚’。盖‘诚’指全体而言，‘忠信’指用功处而言……故孔子虽不言诚，但欲人于忠信上着力，忠信无不尽，则诚在其中矣。孔子教人大抵只就行处说，行到尽处自知。诚则本源，子思、孟子则并本源发出以示人，其义一也。”[87]孔子的一些思想被子思、孟子进一步哲学化、概念化，给予了理论的解释和说明，尽管“其义一也”，精神实质仍是一致的。
与之相应，这一时期出现了“思孟之学”“子思、孟子之学”等用法。如，“虽非知思孟之学者，而其文自圆”[88]。“推明子思、孟子不传之绝学。”[89]“子产之惠，卞庄子之勇，莫不具论其所以然者，下逮子思、孟子之学，亦莫不然。”[90]“虽子思、孟轲之学，吕望、伊挚之能，许由、伯夷之髙，亦氓逮之而已矣。”[91]“或谓卿妄以道自任，明知思孟之学，故为排之，以自继仲尼之统。”[92]此外像“得子思、孟轲之旨”[93]，“合子思、孟子相传之要”，“子思、孟轲之所讽道”[94]，表达的也是同样的意思。所以这里的“思孟之学”或“子思、孟子之学”显然即子思、孟子所传之思想学说，它与后世思孟学派的用法虽然有侧重的不同，但二者已较为接近了。
