清代以降，考据学盛行，宋儒配合道统谱系的四书自然成为人们考辨的对象。据记载，戴震十岁入塾读《大学》章句，便向塾师质疑说：周朝、宋朝相去二千年，《大学》为孔子之言，而曾子述之，曾子之意，而门人记之，朱子何以知其然？[102]在清代考据学者看来，宋儒将《大学》归于曾子，本身根据不足，是个需要证明的问题。陈确更是对二程、朱熹《大学》为“孔、曾之书”的说法提出质疑，认为《大学》“必非圣经”。“陈确氏曰：《大学》首章，非圣经也。其传十章，非贤传也……《大学》，其言似圣而其旨实窜于禅，其词游而无根，其趋罔而终困，支离虚诞，此游、夏之徒所不道，决非秦以前儒者所作可知。苟终信为孔、曾之书，则诬往圣，误来学，其害有莫可终穷者，若之何无辨！”[103]在他看来，若《大学》是孔、曾之作，则全篇皆应是孔、曾之言，不当再有“子曰”“曾子曰”的引言。“由是观之，虽作《大学》者，绝未有一言窃附孔、曾。而自汉有戴《记》，至于宋千有余年间，亦绝未有一人焉谓是孔、曾之书焉者，谓是千有余年中无一学人焉，吾不信也。而自程、朱二子表章《大学》以来，至于今五百余年中，又绝未有一人谓非孔、曾之书焉者，谓是五百余年无一非学人焉，吾益不信也。”[104]对于《中庸》，他亦表示了怀疑：“即《中庸》一书，世儒皆言是子思所作，吾亦未知其真伪何如？”[105]以后陈澧、陆奎勋等清代学者通过考证认为，《大学》成书较晚，不可能为曾子所作。而袁枚、叶酉、俞樾等人根据《中庸》“车同轨、书同文”等语，断定《中庸》一书晚出，同样非子思所作。既然理学家据以立论的经典并不可靠，那么，他们所宣扬的道统自然也就遭到怀疑。
清代学者认为，宋明理学家不仅没有得孔孟之真，反而因为杂入佛、老，扰乱了道统，指斥宋明理学家为“冒认道统”。如戴震称，“宋以前，孔、孟自孔、孟，老、释自老、释，谈老、释者高妙其言，不依附孔、孟。宋以来，孔、孟之书尽失其解，儒者杂袭老、释之言以解之。于是有读儒书而流入老、释者；有好老、释而溺其中，既而触于儒书，乐其道之得助，因凭借儒书以谈老、释者”[106]。颜元提出孔孟所传，是尧舜三代之道，与宋儒所言大异其趣，“《论》、《孟》之终皆历叙帝王道统，正明孔、孟所传是尧舜三代之道，恐后世之学失其真宗，妄乱道统也……（宋儒）专以心头之静敬、纸上之浮文，冒认道统，尸祝孔、孟之侧者，可异也哉！”[107]在清代学者看来，宋儒错说了孔、孟，所以他们要尊经、返经，要争释经权，要重释孔、孟思想。他们主张应跳过宋儒所重之《四书》，回到汉儒所尊之《五经》。《五经》之外，尤重《论语》《孟子》，合称“七经”，而将《大学》《中庸》黜归《礼记》，更标榜《仪礼》其实才是《礼》经。这样，清代学者多谈孔、孟，少谈思、孟。孟子之外，对荀子尤为重视，为荀子被宋儒排除于道统之外鸣不平。
孔子之后，异说纷起。能发明孔子之道者，孟子也；卓然异于老聃、庄周、告子而为圣人之徒者，荀子也。[108]
盖自仲尼殁，儒家以孟、荀为最醇。太史公序列诸子，独以孟、荀标目。韩退之于荀氏，虽有“大醇小疵”之讥，然其云“吐辞为经”，“优入圣域”，则与孟氏并称，无异词也……愚谓孟言性善，欲人之尽性而乐于善；荀言性恶，欲人之化性而勉于善。立言虽殊，其教以善则一也。[109]
近读荀卿书而乐之，其学醇乎醇，其文如孟子，明白宣畅，微为繁复，益令人入而不能出。颇怪韩退之谓为“大醇小疵”……孟、荀之旨，本无不合，惟其持论，各执一偏。准以圣言“性相近”，即兼善恶而言；“习相远”，乃从学染而分。后儒不知此义，妄想毁诋。[110]
