其次，与上述困难相关，“认识论范式”的辩证法将难以克服和解决“主体中心困境”这一近代哲学的重大难题。“认识论范式”以自在辩证法与自为辩证法的两分为前提，因此，它就必须回答：主观的思维究竟如何才能通达和切中思维之外的“自在”世界，“思想的客观性”究竟如何被证明？近代以来的哲学发展史已经证明，这是一个在“认识论范式”里根本无法解决的难题。康德的“批判哲学”以二元论的方式极尖锐地指出这一难题，机械唯物论者所持的素朴的、非反思的态度与其说是解决了这一难题，不如说是扭曲和掩盖了这一难题，唯理论者如黑格尔通过无限地膨胀精神的力量，使之成为包揽宇宙、纵横四方的“绝对”，与其说是解决了这一难题，不如说是消解了这一难题。所有这些都表明，“思想的客观性”是一个固守思维与存在对立的认识论框架所无法得到合理解决的“问题”。这一点，海德格尔立足于其生存论存在论立场，曾作出过十分透辟的分析，“问题就是：这个正在进行认识的主体怎么从他的内在‘范围’出来并进入‘一个不同的外在的’范围，认识究竟怎么能有一个对象，必须怎样来设想这个对象才能使主体最终认识这个对象而且不必冒跃入另一个范围之险？……认识究竟如何能从这个‘内在范围’‘出去’，如何获得‘超越’？只要这个问题一提出来，那么，无论怎样来解释这个‘内在范围’，事情总已经摆明了：人们只是发现认识成了问题，而并没有首先去澄清这个出此谜团的认识究竟是什么以及它究竟如何存在”[15]。就此而言，“认识论范式”的辩证法以处于思维与存在矛盾关系之中的思维及其活动性作为根基和载体，实质上不过是把一个需要证明的问题当作了不证自明的前提，因而存在着理论上的僭越和独断倾向。
最后，还需追问的是，以处于思维与存在矛盾关系中的思维及其活动性作为辩证法的根基和载体，那么，思维与存在之间的对立如何才能克服？二者的否定性统一究竟何以可能？是否发挥思维的能动性，就能超越思维与存在的两分，实现二者的统一？
哲学的发展史告诉我们：思维与存在作为矛盾关系中的两个极端，具有彼此对立的性质。要克服二者的异质性，实现二者的统一，首要的一点就是必须找到一个能够把二者联结起来的中介和基础。只有立足于这一中介和基础，才能谈得上二者的互动和融合。否则二者之间将隔着一条难以跨过的鸿沟，根本不可能克服对峙，达到真正的统一（康德的《纯粹理性批判》已经深刻地显示了这一点）。这一困境所体现的实际上是哲学史上的一切“符合论”真理观都面临的共同挑战。海德格尔曾指出，如果不先行澄清认识本身的存在方式，主观与客观两个异质性的东西之间的“符合”关系是不可能得到证明的：“如果符合的意义是一个存在者（主体）对另一个存在者（客体）的肖似，那么，真理就根本没有认识和对象之间相符合那样一种结构。”[16]马克思在《关于费尔巴哈的提纲》中，也指出：“人的思维是否具有客观的真理性，这不是一个理论的问题，而是一个实践的问题。人应该在实践中证明自己思维的真理性，即自己思维的现实性和力量，自己思维的此岸性。关于思维——离开实践的思维——的现实性或非现实性的争论，是一个纯粹经院哲学的问题。”[17]海德格尔和马克思的观点都深刻地说明：以抽象的主客二元框架为前提，是无法确证思维与存在的“统一”的。在哲学史上，为了证明这种统一性，或者表现为以“思维”统一“存在”的观念主义，或者表现为以“存在”统一“思维”的旧唯物主义，或者用“无人身的理性”统一思维与存在的绝对唯心主义等，实际上都已充分显现了此问题的困境。人们对哲学史上的这些立场持拒斥态度，一方面要承认客观存在所遵循的“自在辩证法”，另一方面又要承认主观思维的“自为辩证法”，然而由于它无法证明和确证二者的统一性，其结果必然陷入难以克服的二元论。
这表明，要克服思维与存在之间的对立，实现二者的“否定性统一”，绝不是像“认识论范式”的辩证法所认为的那样，仅仅发挥思维的能动性，让概念流动起来、“燃烧起来”就可以实现。这样做，在逻辑上最好的结果只能是如黑格尔那样，无限地发挥精神的统摄作用，让精神“吞没”存在，让存在完全“精神化”，以此实现思维与存在的“统一”。
以统一思维与存在矛盾的宏大抱负为开端，却以二者依旧分裂的“二元论”为归宿，显然是“认识论范式”的辩证法始料不及的。但这却是隐含在它的理论前提中的一个必然的理论结局。这一点，极为清楚地宣示了“认识论范式”的辩证法在理论上的严重缺陷，宣示了它为辩证法“奠基”的工作功败垂成。
以上，我们分析了“认识论范式”的辩证法所潜存的种种理论困境。这些理论困境已经足以证明：“认识论范式”以思维及其活动性作为辩证法的根基和载体，虽然较“自然主义范式”的理解有重大的理论进展，但并没有真正克服辩证法的无根状况，反而进一步凸显了由于辩证法的无根状况所引发的理论危机。要确立辩证法的真实根基和载体，我们必须突破“认识论范式”，实现思维模式的根本转换。
