在我们看来，以处于思维与存在的矛盾关系之中的思维及其活动性为根基，辩证法仍然面临着巨大的理论困境。这种理论困境表明，辩证法的无根状态并没有得到根本克服，辩证法依然处于无根漂泊之中。
首先，以处于思维与存在的矛盾关系之中的思维及其活动性作为根基的“认识论范式”的辩证法，将自己建立在一个未经反思的、并不牢固的理论教条之上，这一教条我们可以称为“自在辩证法”与“自为辩证法”二分的理论教条。所谓“自在的辩证法”，是指包括人的思维活动在内的全部存在是一个辩证的运动过程，辩证法是客观世界自身固有的，是“自在之物本身”的“自己运动”“自生的发展”，一言以蔽之，是“存在”自在的、固有的法则，“自在辩证法”承诺“思维与存在的关系”中的“存在”一方具有辩证的性质；而“自为辩证法”，是指通过发挥人的能动性，以概念的辩证运动去探寻和表达存在的辩证运动，从而使存在的“自在辩证法”在人们的思维中得以自觉地把握为“概念辩证法”。“自在辩证法”与“自为辩证法”在本质上服从同样的规律，二者在自己的结果中不能互相矛盾，但二者在表现形态上有着重大区别。前者是以一种自在的、客观的形式存在着，后者则是以一种主观的、自觉的形态存在着，二者的统一，正构成了思维与存在统一的实质内容。这种“自在辩证法”与“自为辩证法”的两分构成了“认识论范式”辩证法的一个重要理论前提。
需予以反思和追问的是这样一个问题：“自在辩证法”究竟何以可能？其合法性究竟何在？人们究竟有何充分的逻辑和事实根据来断言思维之外的“存在”必然遵循着“辩证的法则”？
只要回顾前面的讨论，我们马上会发现：上述问题，其实正是“认识论范式”的辩证法在向“自然主义范式”进行猛烈的质疑时所提出的，“认识论范式”的辩证法正是认为“自然主义范式”不能解决上述问题而宣告其非法的。但颇具讽刺性的是，“认识论范式”的辩证法在论证自身时，把自己曾激烈批评和否定过的东西当作了自身赖以成立的重要前提，把自己曾宣告为非法的东西当成了证明自身合法性的一个核心性根据。很显然，这是一种自相矛盾的做法，它表明了“自然主义范式”的理论困难在“认识论范式”中仍然存在，表明了“认识论范式”在思想上的折中性，以及它在批判“自然主义范式”上模棱两可的、不彻底的暧昧态度。对此，美国学者卡弗的分析颇具说服力，他质疑道，如果设定“自在辩证法”，相信在自然界和历史中，辩证规律是不自觉地起作用的，那么，“这些人们认为足够复杂的规律是怎样起作用的，又是如何被‘有意识地’应用的呢？这样应用的结果是通过‘表面的偶然性’在数量上的减少以便‘外部必然性’保持它自身吗？……这些规律通过一种几乎是任何结构类型的对立面的方式发生作用，仅仅是宣称‘内在联系’的存在，这既没有被系统地定义过，也从没有被证实过。仅就作为一种形而上学所起的作用而论，这些规律是虚构的，而且和马克思的著作没有任何关系”[14]。卡弗的质疑虽然尖锐，却发人深省并颇为中肯。
