要超越知性形而上学的独断性，人们对“本体”或“存在”的理解就必须继续前进到思维的第二个环节，即“辩证的或否定的理性思维”环节。在此环节里，“这些有限的规定扬弃它们自身，并且过渡到它们的反面”[31]。在此，它对知性形而上学采取了一种否定的态度。但是，它的否定仍只是一种外在的否定，外在的辩证法，它没有看到对立性和否定性中的“同一性”，因而仍然没有超出“非此即彼”的知性思维。由于这种辩证法的过渡仍以知性思维为基础，所以它便表现为“怀疑主义”，“当辩证法原则被孤立地、单独地应用时，特别是当它这样被应用来处理科学的概念时，就形成怀疑主义”[32]，即是说，它虽然看到了知性形而上学的独断性和不可能性，但仍然是以一种知性的方式来破解知性的，仍然采取了一种知性的、有限的方式对知性的、有限的形而上学进行否定，因此，它不可避免地陷入“非此即彼”的知性的绝对否定性中，即“怀疑主义”。按此方式来理解“本体”或“存在”，“本体”或“存在”被宣告为不存在或无法把握，形而上学被宣告为根本不可能（康德即是典型代表）。
“辩证的或否定的理性思维”环节的重大贡献在于，它以一种极端的方式清楚地暴露出了独断形而上学的僭妄性，它表明知性思维已走到了尽头，以此为起点，以全面批判知性思维的思想前提，并从根本上突破这一前提，已变成一个不可逾越的课题。
这就是说，要真正把握“本体”或“存在”，就必须继续前进，超越上述两个环节，进入“思辨”的或“肯定理性”的阶段，这是真正的辩证思维。这是把前两个阶段综合起来的辩证思维，在扬弃前两个阶段的片面性，吸取二者的合理性的基础上，既不能归结为理智和知性，也不能归结为消极的、否定的理性，而是包括二者于其中的“辩证理性”。在此，所谓“同一性”不再是无差别的绝对同一性，而是包含着差别和对立的同一性。所谓“否定性”和“对立性”，也不是“纯粹的虚无”的怀疑主义和相对主义，而是在“同一性”中把握“对立性”，在“对立性”中把握“同一性”。“本体”的真理性既不在于理智的、知性的绝对同一性实体之中，也不在于消极理性的现象主义之中，而在于不断地自我矛盾、自我否定并在否定中实现自我肯定的辩证理性之中。
在上述三个环节中，第一个环节构成“肯定”的环节，第二个环节构成“否定”的环节，第三个环节则是“否定之否定”的环节。“本体”或“存在”就是包括上述三个环节在内的一个自我矛盾、自我否定、自我超越和自我生成的历史过程。正是在此意义上，本体作为“实体”其实就是“主体”，就是一个自我规定和自我创造的“燃烧”的“概念之流”。在其中，“矛盾”“否定”和“超越”构成了这“本体”作为“主体”的“一以贯之”的原则，构成了“本体”之为“本体”的内在根据，因而也就构成了辩证法的本质和核心。就像黑格尔自己所说的：“‘矛盾’和‘否定’是一切活动——生命和精神的自我运动——最内在的源泉，是辩证法的灵魂。”[33]
