但是，黑格尔反思的、概念形态的辩证法同样包含着十分重大的理论局限。正是这种局限性，使得超越概念辩证法，为辩证法重新奠基成为马克思所面临的历史性课题。
概念辩证法最根本的理论局限性就在于：它仍然没有从根本上摆脱传统形而上学的理论范式及窠臼，仍然把一个超感性的、永恒在场的理性世界作为自己的理论根基，这使得它与传统形而上学一样，仍然表现出深深的“断言的天真”“反思的天真”和“概念的天真”[39]。这就使得“概念辩证法”内在地蕴含着“反辩证法”的因子，从而导致其辩证精神最终难以贯彻到底。
作为辩证法大师，黑格尔概念辩证法的基本动机在于克服概念的凝固性和僵化性，使概念流动起来，以去除传统形而上学实体本体论之弊。但是，正如马克思所评价的：黑格尔不过是以一种新的方式“复辟”了传统形而上学，其理论观点仍然笼罩在传统形而上学的巨大的阴影之下，仍以一种特殊的方式在传统形而上学的理论范式之内流连。我们在前面已详细分析过，传统形而上学的理论范式与辩证法是不可能相容的，即使在一定程度内能容纳辩证法的因素和成分，也将不可避免地使辩证法的理论精神窒息。因此，在以黑格尔为代表的概念辩证法那里，事实上有两种相互对立的理论范式极不和谐地“共存”着：一种是充满革命性和批判性的，意在突破传统形而上学理论范式的辩证法；另一种便是追求抽象同一性的、永恒在场的绝对真理的、保守的传统形而上学。两种在本性上相互冲突和对立的因素的并存，必然使概念辩证法陷入难以克服的理论悖论，最终导致辩证法遭受扭曲，甚至蕴含着使辩证法半途而废的潜在危险。
概念辩证法的本意在于通过对概念辩证本性的揭示，使“本体”成为一个自我矛盾、自我否定和自我超越的“精神活动性”，以此克服实体化本体的凝固性和绝对性，从而改造传统形而上学被凝固、僵化地理解的“本体论”。但当它这样做时，与传统形而上学一样，它仍然把“本体”理解为一个抽象的概念王国，一个单向度的共相世界，一个“阴影的王国”。这一点使得它与传统实体本体论形而上学一样，最终将导致现实生活世界的抽象、分裂和瓦解。应承认，对概念辩证本性的阐发，克服实体化本体的凝固性和僵化性，这的确有其高明之处。然而，它所理解的“本体”仍然是一个先验的概念和思辨世界，概念和共相被视为现实生活世界的“通用货币”，以及现实生活世界的本质、核心和根本，主宰着现实生活世界，现实世界由此生活于概念王国的阴影之中，并成了概念世界不真的“假象”。就此而言，概念辩证法与传统实体本体论形而上学实质上又属于同一个阵营，即都是为了建构一个“纯粹”的、“本质”的、理性化的“水晶宫”，而不惜蒸馏、过滤和牺牲掉现实生活本来极为矛盾、多向和丰富的内容。
在黑格尔看来，辩证法就是在纯概念中的运动，是逻辑理念的运动[40]，而概念才是真正在先的。事物之所以是事物，全凭内在于事物并显示其自身于事物内的概念活动。“概念世界”作为绝对的“逻辑在先性”，构成了世界存在的理由和基础。“逻辑思想是一切事物的自在自为的存在着的根据。”[41]“我们应当把逻辑理解为纯粹理性的体系，理解为纯粹思维的王国。这个王国就是**裸的自在自为着的真理本身。人们因此可以说这个内容阐述了上帝在创造自然和一个有限精神以前的永恒的本质。”[42]纯粹的概念王国作为一种自在自为的、独立自因的力量，构成了世界的终极存在、终极解释和终极价值。
