要做到这一点，至关重要的就是改变思维的“路数”，或者说改变思维的“逻辑”。在传统形而上学那里，知性逻辑被视为通向超感性实体的根本途径和方法。正如恩格斯所说的：“旧形而上学意义上的同一律是旧世界观的基本定律。”[2]“同一律”（以及由同一律派生的“排中律”和“不矛盾律”）构成了知性逻辑和概念所遵循的基本规律。按照“同一律”，概念不能与自身相矛盾，矛盾被认为是无意义的荒谬。因此，遵循知性逻辑，传统形而上学的知性思维在本质上必然是一种“同一性思维”，它所理解的本体必然是一个知性化的本体。它在理解“同”时，必然把它理解成绝对一元性的、脱离差别性和对立性的单纯共同性。在此，“在异中的不同规定的自身同一和这个与异相对立的同一性本身，便转化为一种抽象的同一性；而在异中的对立性、异与同的对立性，便转化为一种抽象矛盾律；同时，两个对立规定中非此即彼的抽象肯定性，则转化为一种排中律。——同一性、矛盾律和排中律，在这里变成了一些相互孤立隔绝的思维规定性”[3]，“是就是，不是就不是”，“非此即彼”——这，就构成了其最为基本的逻辑公式。
很显然，遵循这种思维逻辑，传统形而上学所理解的本体必然是“实体”化的本体。而所谓“实体”，即为“自因自足”“无须外求”“绝对同一”“永恒在场”之意。非常清楚，这种实体化的本体是根本不可能容纳矛盾性与否定性的。正是由于传统哲学按照知性逻辑来理解“本体”，把本体“实体化”，人们才在与辩证法相对立的意义上，称它所遵循的是“形而上学”的思维方式。
与此不同，辩证法要在根本上改变“本体”是“同一性”和“实体性”的观念，而确立“本体”是“矛盾性”和“否定性”的观念。与传统形而上学所认为的“存在”或“本体”是绝对的“同一性”实体有着根本不同，辩证法认为，是“矛盾性”而非“同一性”构成了“存在”或“本体”的本性。矛盾性不仅不是“存在”或“本体”的“污点”，反而恰恰是其固有属性。按此逻辑，“存在”和“本体”再也不是一个同一性的、凝固的实体，而是一个在“自我矛盾”中不断“自我否定”和“自我超越”的变易和活动过程。在此，本体或存在作为“一”，不再是一个僵死凝固的“现成”或“共相就是共相”的实体同一性，而是在“同一性”中包容万物、显现万物的区别性和多样性。作为“肯定性”，不再是一种单极的、绝对的、一元化的、排他的抽象肯定性，而是一个自己与自己相矛盾、自己否定自己、自己超越自己、自己打破自己规定和界限的“否定性”中的“肯定性”。作为“本质”，它不能在抽象的自身中作为存在，而是本体或存在作为本质，与存在过程中的一切事物作为现象的对立统一。因此，把握本体或存在的现实性，不能用单极性的一个方面如本质、无限性等，来说明其真理性，而只能用矛盾的、对立方面的不同范畴的对立统一如本质与现象、无限与有限、内在与外在的对立统一等，来说明其真理性。因此，辩证法就是关于存在或本体在“矛盾”和“否定”中存在和发展的真理逻辑。这种新型的理论逻辑，使得那些传统形而上学所陷入独断和困境的矛盾关系获得一种合理的解决。
“存在”或“本体”不再是一个抽象的、凝固的、绝对同一性的实体，而是被理解成一个不断超越自身界线和规定的自我矛盾、自我否定和自我超越的过程。“存在”或“本体”不再是一个僵化的、孤立的、以不变应万变的“点”，而是被理解为一条流动的、在历史中自我生成的“河流”，这就是辩证法对“存在”或“本体”的一种全新阐释。从这种阐释出发，“矛盾”和“否定”的观念得以建立起来——“存在”的本性就是自我“矛盾”和自我“否定”，“否定”和“矛盾”是“存在”命题中的固有之义。
