更重要的是，为了更有力地说明世界的“存在”，他们还认识到了对立的、矛盾的双方的相互否定和彼此转化，认为世界的存在和发展只有通过矛盾和对立双方的相互否定和转化才能得到解释。正如恩培多克勒所指出的那样：“世界的产生和消灭，是依照爱或恨占统治地位而定”，“两种力量的竞争，由人的四体百骸可以看得很明白，在一个时候，当生命力洋溢的时候，在爱的统治下，一切肢体便团结起来，成为一个整体，在另一个时候，由于各种可恶的冲突力量，一切肢体便各自分离，颠倒错乱，在生命的边缘上挣扎”[11]。“爱”和“恨”两种相对力量的相互转化，构成了事物之所以存在的理由；赫拉克利特说得更加形象：“在我们身上，生与死、醒与梦、少与老，始终是同一的东西，后者变化了，就成为前者，前者变化了，又成为后者”[12]，“冷变热，热变冷，湿变干，干变湿”[13]，“不死的是有死的，有死的是不死的，后者死，则前者生，前者死，则后者生”[14]，“如果一个人所有的愿望都得到了满足，对于这个人是不好的”[15]；不仅如此，赫拉克利特还进一步认为，通过对立面的相互转化，世界万物实现了运动和变化。他的众所周知的名言是：“这一普适于一切的秩序，既非神也非人创造的，过去一直是，现在是，将来也永远是：一团永恒的活火，在一定分寸上燃烧，在一定分寸上熄灭”，“事物的总体像河流一样长流”，“人不能两次踏进同一条河，人也不能真正稳固地把握任何有死的事物。事物既散开又聚拢，形成又消失，过来又离去”，“我们踏入又不踏入同一条河，我们存在又不存在”。“矛盾”“对立”与“转化”，在此被理解成变易、活动的原因和原则。很显然，与用绝对的、穿越时间的不变“本原”“始基”和“本质”来说明世界存在的“根的神话”相比，这种对矛盾性和矛盾的转化性的强调和用这种转化来说明世界万物“存在”的思想，表现出更加鲜明的辩证色彩。
上述古代哲学家在思考世界“存在”时所表现出的辩证思想是直观的，是前概念和前反思的。按照海德格尔的说法，早期希腊的这些人在根本上并不是“哲学家”，而只是“思者”，因为他们尚不像后来的哲学家们那样用一种逻辑的、理智的方式去理解存在，而是以一种前逻辑、前概念的方式去领会存在。以赫拉克利特为例，他的“logos”（逻各斯）作为“存在”，并不是一种理智的认识对象，而是一种“源始性的聚集”。它意味着让一切存在者“聚集为一”而成乎其存在，意味着让对立的、矛盾的存在者聚集在一起实现一种源始的统一性。因此，他对“存在”的揭示，就不是一种逻辑性的阐发，而是一种前逻辑的“生存论”的倾听：倾听“logos”的声音，倾听相反相成、相互转化的存在者在“logos”中的“聚集”，倾听存在者的“整体与非整体、合与分、和谐与不和谐”在“logos”中实现“从一切生一，从一生一切”[16]。
