1.意义的追求
科学最初的研究对象是整个自然界，一切围绕大自然这本“自然之书”进行解读。而长期以来，随着近代科学对自然界的非意义化，大自然不再被视为神旨意的表达与显露，而是作为无意义的实在领域区别于有意义的文化与精神现象领域。[90]
诠释学最初的任务是对意义的追求，抛弃了对意义的追求就相当于放弃了研究对象。近代物理学的成功在于对意义的忽视，在实证主义者眼中意义由于超出了纯粹客观事实的范畴而逃离了自然科学的研究对象。直到20世纪普遍诠释学的发展，关于理解与解释的诠释学方法论才重新拓展到了自然科学领域。劳斯鲜明地指出，物理学常把教科书当作简单的物理对象而不是饱含意义的文本；人类活动被描述成为动作而非根据情境而做出的有意义的反应；生命只是一种生理过程而非生活历程。外界对逻辑经验主义的证实原则以及证实原则本身的不可靠性的批判，使得后期逻辑经验主义者开始将研究重心倾向于对语言本身的研究，即从语言的分析着手，开始讨论意义问题。
从科学诠释学角度分析，自然本身作为科学家的观察对象总是充斥着意义，这当中不仅包括科学家对自然的描述，而且自然本身也富有意义。[91]当自然科学的数据与事实作为对大自然的人为干预的结果的时候，它们便饱含了意义。[92]科学事实通常都是历史条件下的人类语言与文化所决定的，它蕴含的意义是体现在语言中的社会实体，所以，我们只能依靠公众社会经验来尽可能地了解意义的各个方面。
充满着意义的自然对理解诠释学与自然科学间的关系非常重要，它能更好地从诠释学维度来研究自然。这需要人们对意义的结构做出细致思量，探讨整体与部分之间的相互关系，领会到富含意义的自然并非独立个体的产物，而是社会条件下众多个体通过理论与实践的方式而形成的互存关系。[93]在对待意义的问题上，科学诠释学分为两种观点，我们姑且把其称之为科学诠释学强观点与弱观点。强观点认为世界的主题就是意义的关联，世界上的任何探求都是为了寻找意义。就连自然科学描述因果关系也是为了寻找意义的连结，旨在研究因果关系的自然科学知识并无用武之地，因为它们并不能提供任何有关意义连结的信息，而这些意义的连结对构成世界又是如此的重要。[94]这种观点拥护海德格尔与伽达默尔本体论的观点，即把确定意义的理解作为一种存在方式而不是心理活动。科学诠释学弱观点则从方法论基础上强调理解是为了确定意义的活动，但是即使科学诠释学弱观点也认为自然科学的因果关系的研究及自然科学方法很难把握社会科学的要旨。
2.理解、解释与应用的统一
理解与解释一直作为对立的方法论基础横亘于自然科学与社会科学之间。这种严格的区分从狄尔泰的支持者那里就得到坚决的拥护。为了抵制自然科学方法论的侵袭，狄尔泰的拥护者们曾一度坚决捍卫其“自然需要说明，精神需要理解”的警句。海德格尔则将科学研究与科学活动当作人类在世的方式，这种本体论的分析就不会将理解与说明分离开来；伽达默尔认为近代科学所承担的工作，对事物的分析和重建与世界构架的发展脉络相比，只是一种特殊展开的领域，这种展开的领域又受制于整个世界构架机制，所以科学不可否认地包含着理解的过程。贝蒂对诠释中主体、客体原则的阐述，解释被刻画为面向理解的过程；而按照威廉·冯·洪堡的观点，解释是为了解决理解问题的过程；利科的诠释学思想则为诠释学恢复了作为方法论的基础，重新探讨了理解与解释（说明）之间的互补关系，为消解理解与解释（说明）之间的对立起了极大的作用。后经现象学—诠释学的科学哲学家们不懈的努力“一个以理解与解释为中心，以解释学现象学为哲学背景理解自然科学的研究中心正在形成”[95]。
