段玉裁是音韵学家，他对声音与意义的关系更为敏感，其认识也更为系统、深入。在前人研究的基础上，他深化了声音与意义相关联的语言学思想，提出了“治经莫重乎得义，得义莫切于得音”的语言哲学思想和治经的语音学原则。这可以看作他对乾嘉语言哲学思想的一种独特的贡献。在《王怀祖〈广雅注〉序》中，段玉裁这样说道：
小学有形、有音、有义，三者互相求，举一可得其二。有古形，有今形；有古音，有今音；有古义，有今义。六者互相求，举一可得其五。古今者，不定之名也。三代为古，则汉为今；汉魏晋为古，则唐宋以下为今。圣人制字有义而后有音，有音而后有形。学者之考字，因形以得其音，因音以得其义。……治经莫重乎得义，得义莫切于得音。[8]
从上述一段话可以看出，段玉裁已经将戴震“由字以通其词，由词以通其道”语言哲学思想转化为一种经学的语义、语音学，在学术上推进了戴震的语言学研究，然在哲学上则更加远离了戴震的思想。
（一）因音求义的语言学方法
在如何辨析字义的问题上，他从语音为主的原则出发，指出：“文字起于声音，六书不外谣俗。六书以象形、指事、会意为形，以谐声、转注、假借为声；又以象形、指事、会意、谐声为形，以转注、假借为声……六书犹五音，十七部犹六律。不以六律不能正五音，不以十七部不能分别象形、指事、会意、谐声四者文字之声韵鸿杀，而得其转注假借。”[9]又说：“古六书、假借以音为主，同音相代也，转注以义为主，同义互训也。作字之始，有音而后有字，义不外乎音，故转注亦主音。”[10]“字义不随字音为分别。音转入于他部，其义同也。音变析为他韵，其义同也。平转为仄声、上入转为去声，其义同也。”[11]
上述三则材料所讨论的核心问题均是如何辨认经典中“字义”问题。从经典训释的角度看当然与“求道”相关。然而段氏所论的主要意思毕竟在于“求道”的工具与方法上面，只能算是为“求道”提供正确的字义训释基础罢了，并不是“求道”本身。
这一语音学原则在校书过程中亦有自己的价值，他认为，校书的准则可以效法孔子，而以郑玄为汉以后之榜样。郑玄在校书过程中形成的一整套原则与方法可以取法。他说：“郑君之学不主于墨守而主于兼综，不主于兼综而主于独断，其于经字之当定者，必相其文义之离合，审其音韵之远近，以定众说之是非，而以己说为之补正。凡拟其音者，例曰读如、读若，音同而义略可知也。凡易字者例曰读为、读曰，谓易之以音相近之字而义乃憭然也。凡审知为声相近若形相似，二者之误则曰当为，谓非六书假借而转写纰缪者也。汉人作注皆不离此三者，惟郑君独探其本原。”[12]
上述文献中的“独断”一词，其实是指有根据的学术创见，非今日“武断”之意。在这则文献中，段氏将东汉注经大师郑玄“因音求义”原则总结为三条：第一，拟音者曰读如、读若；第二，易字者曰读为、读曰；第三，通过审音而为声相近形相似者曰当为。这三条原则既是对汉儒注经过程中因音求义原则的归纳总结，也可以看作乾嘉学者在“因音求义”方面提炼出的语言学原则。从锻造解经新工具的角度看，乾嘉学术也在哲学方法论方面有所突破与创获。
段玉裁认为：“不知虞夏商周之古音，何以得其假借、训诂？不知古贤圣之用心，又何以得其文义而定所从，整百家之不齐与？”[13]这就将解经的新工具、新方法提高到了一个新的高度，体现了乾嘉时期重视哲学思考方法论的倾向。
通过专门的语音学知识，段玉裁的确解决了古代经典中的某些疑难问题。如在《密州说》一文中，他通过“夷夏之语”互训的语言学原则，揭示了《左传》杜注将密州看作莒国国君买朱锄之字说法的错误之处。他说：
