章学诚在文史问题上有很多高明的学术见解，然而，在伦理学与政治立场上却显得相当保守。这种保守的政治与伦理学立场使得他无法理解戴震、袁枚等人的新思想。章学诚思想中有这种矛盾不足为奇，思想史上许多思想家都有这一矛盾。
从章氏的学术品格来看，他批评戴震、袁枚不应当是他人品方面的问题，也不只是他纾解学术心理压力的缘故。这多是由思想家个人的人生价值取向导致的。
他认同戴震的学术成就，但对戴震批评朱子学术与历史地位的做法大为不满，尤其不满意戴震口头上要取代朱子的“狂傲”态度。章学诚在《朱陆》中，含蓄地批评戴震“饮水忘源”，在《书〈朱陆〉篇后》中，则直接地批评戴震“心术未醇”。特别令章学诚不能容忍的是，戴震在口谈间称：“自戴氏出，而朱子侥幸为世所宗已五百年，其运亦当渐替。”章氏认为，戴震的说法“谬妄甚矣！”并认为这些说法“害义伤教，岂浅鲜哉！”[59]特别是因为戴震的这些口头说法，致使“徽歙之间，自命通经服古之流，不薄朱子，则不得为通人。而诽圣排贤，毫无顾忌，流风大可惧也”。
从表面上看，章氏在《朱陆》和《书〈朱陆〉篇后》两文里，是在替朱子说话。若联系章氏的其他文章来看，章氏更看重的是朱子所代表的儒家“道统”。而这一“道统”的精神则在于朱子及往古圣贤所代表的一种人伦秩序、人格典范与权威。[60]而这种人伦秩序、人格典范与权威不因为他们在具体知识方面的缺陷而有损他们的形象。因为知识发展的规律是后出转精，不足以此而诟病前人。以戴震为代表的考据学家虽然在训诂学、名物学知识方面高出前人，但并不足以凭此而菲薄前人，尤其是自己的学术前辈。如果凭此来菲薄自己的学术前辈，就是一种“忘本”的行为，在道德上是非常糟糕的。
章氏的意思非常明确，在知识的层面校正前贤的过错是可以的，如果在道德方面挑战前贤，则是不可以的。他在《又与朱少白书》中说：“戴君之误，误在诋宋儒之躬行实践，而置己身于功过之外。至于校正宋儒之讹误可也。并一切抹杀，横肆诋诃，至今休、翕之间，少年英俊，不骂程、朱，不得谓之通人，则真罪过。戴氏实为作俑。……然戴实有得力处，故《原善》诸篇，文不容没。若渊如则本无所得，全恃聪明，立意以掀翻古人为主，而力实未能。故其文集疵病百出。”[61]
据今人的研究看，章学诚应该读过戴震晚年的最后一本著作《孟子字义疏证》。[62]如众所知，在乾隆时代，文字狱是一件非常可怕的事情。所以，章氏在多处称赞戴震著作的文字中，只能含混地说《原善》诸篇，是可以理解的。如果章氏读过《孟子字义疏证》一书，那么他就会了解戴震公开地从伦理学的角度批判程朱理学“以理杀人”的激进思想。戴震正是借助于对程朱理学中伦理学谬误的批判，达到对传统等级制度下以维护权威主义为主要功能的伦理学的批判。戴震的批判方式正是借助“求真”“求是”的知识论路径来批判传统伦理学只讲尊贵，不讲是非的权威主义倾向。而章学诚要维护的正是这种具有权威主义倾向的伦理秩序。因此，章学诚与戴震思想的深层次矛盾正在于伦理学方面。章氏要维护朱子理学，进而维护“名教”。戴震未必彻底地反对儒家的“五伦”，然在批评程朱理学有“以理杀人”的倾向时，的确是在阐发一种具有近代人道主义意义的新伦理思想。
