与戴震基本上属于自学成才，转益多师、空无依傍的学术成长经历不同，惠栋的学术有深厚的家学渊源。而惠栋学术自我风格的形成恰恰是自觉摆脱家学影响的结果。《戴震乾嘉学术与中国文化》一书中的第三编第二章简要地概述了惠栋的学术思想，此处不再赘述。本章只是简要地说明，惠栋的学术成就主要在经学史，特别是汉代经学成果的继承与发扬方面，其突出成就表现在其有深厚家学渊源的易学方面，而戴震的学术成就主要在小学与孟子学方面，特别是在哲学方面。更为简洁地说，惠栋是一个经学家，而戴震是一个思想家、哲学家。戴震的所有学术功夫都是服务于其思想创造的，而惠栋的思想则主要是在经学的夹缝中表现出来的。有关戴震与惠栋学术、思想之异同的辨析，前人多有所论，今由近溯远，略加述评如下。[46]
钱穆在辨析惠栋与戴震学术之异同时说：“然则惠、戴论学，求其归极，均之于《六经》，要非异趋矣。其异者，则徽学原于述朱而为格物，其精在《三礼》，所治天文、律算、水地、音韵、名物诸端，其用心常在会诸经而求其通；吴学则希心复古，以辨后起之伪说，其所治如《周易》，如《尚书》，其用心常在溯之古而得其原。故吴学进于专家，而徽学达于征实，王氏所谓‘惠求其古，戴求其是’者，即指是等而言也。”[47]
钱穆的说法有合理之处，但也有模糊不清之处。惠栋、戴震虽然都以《六经》为准绳，然戴震实际上有借《六经》而表达自己思想的强烈意图，带有较多的突破《六经》思想范围的新思想内容。相对于以惠栋为代表的吴派汉学“求古”的特征而言，以戴震为代表的皖派汉学当然表现为“征实”的特点。但皖派汉学也多有“专家”，戴震本人就是音韵学方面、训诂学方面的专家，段玉裁、高邮王氏父子是小学方面的专家，而任大椿是古代礼学方面的专家。因此，我们不能简单地说吴派多“专家”之学，而皖派不是“专家”之学。
作为戴震与惠栋的后学王昶，在《戴东原先生墓志铭》中也简单地比较了戴、惠二人学术、思想之异同。他说：“元和惠先生栋三世传经，其学信而好古，于荀、虞之《易》，郑、孔之《礼》、何休之《春秋》，旁搜广摭，发明古义。东原见于扬州，交相推重也。”[48]王昶的说法中有值得重视之处，即他没有说戴震是多么地受惠栋学术、思想的影响，而只是说他们之间交相推重。
至于皖派后学，如王引之则直接批评惠栋的学术。在《王文简公文集》卷四《与焦理堂先生书》中，王引之说：“惠定宇先生考古虽勤，而识不高、心不细，见异于今者则从之，大都不论是非。”这种批评虽有过头之处，但也具有部分的合理性。
作为戴震、惠栋的同时代人，也是乾嘉三大考据史学家之一的王鸣盛曾比较过惠栋与戴震学术的异同。他说：“方今学者，断推两先生，惠君之治经求其古，戴君求其是，究之，舍古亦无以为是。”[49]不过，作为同时代的另一学者洪榜并不完全同意王鸣盛说法，仅是从正面肯定了戴震学说以“求是”为归的精神。他说：“王君博雅君子，故言云然。其于先生之学，期于求是，亦不易之论。”[50]王鸣盛与洪榜等人有关戴震与惠栋学术、思想异同关系之论断，深刻地影响了近代大学者，也是皖派学术传人的章太炎先生。[51]
由上所论可见，戴震与惠栋学术、思想之异同关系的辨析，在戴震与惠栋的同时代就有不同的说法。钱穆从他个人的学术偏好出发，夸大惠栋对戴震学术、思想的影响，试图贬低戴震在乾嘉学术、思想中的地位，其实是由很多非学术因素的影响导致的。如他并不认同梁启超、胡适等人高度表彰戴震的学术与思想的倾向，但又不便于直接反驳，故以“寓论断于史实之中”的史学家之笔法，通过对惠栋学术、思想的表扬，并试图证明惠栋实为戴震学术、思想之师的曲笔，以降低戴震在清代学术与思想史上的地位，进而达到对梁启超、胡适学术观点之否证。[52]另外，虽然钱穆非狭义的现代新儒家，但是他的思想倾向于宋学，对宋儒的义理情有独钟，也使得他从学术立场上就不太认可戴震的思想。要而言之，惠栋与戴震的学术、思想的关系，是一种学术同盟军的关系，并不存在戴震师从惠栋这样的先后关系。
