第一，他将明清之际三百年的学术作为一个单独的研究单位，跳出“汉学”与“宋学”对峙的旧思想模式，从“清学”的整体来考察戴震、乾嘉学术的继承与发展关系，具有开山之功。他将清代学术看作对“宋明理学之一大反动”的说法，有其合理之处，他看出了中国学术发展的内在逻辑矛盾及其转化的轨迹（虽然他对矛盾的分析过于抽象，对变化轨迹的描述还不够细致）。如他从“人类德慧智术进化”之“公例”，论证明清学术对宋明理学反动的历史与逻辑的合理性时说：“夫宋明理学何为而招反动耶？学派上之‘主智’与‘主意’，‘唯物’与‘唯心’，‘实验’与‘冥证’，每迭为循环。大抵甲派至全盛时必有流弊，有流弊斯有反动，而乙派与之代兴。……然每经一度之反动再兴，则其派之内容，必革新焉而有以异乎其前。人类德慧智术之所以进化，胥恃此也。此在欧洲三千年学术史中，其大势最著明，我国亦不能违此公例，而明清之交，则其嬗代之迹之尤其见者也。”[59]这显然是将进化论的观点引进了学术史、思想史领域，这种进化的观点还很难真正成为学术、思想变化之“公例”。
第二，他从比较文化的视角来考察清代三百年的思想运动和“戴震思想、乾嘉学术”的性质，努力发掘中国学术的现代性因素。通过探求中西现代学术的异中之同与同中之异，把清代学术、戴震思想、乾嘉学术与现代西方学术联系起来，拓宽了清代学术、戴震思想、乾嘉学术研究的思想的视野。
第三，他具体探讨了以考据为正统的清代学术，由统一走向分裂的内在原因与外在的社会环境的原因。初步体现了现代学术对学理探讨的新型学术风格。他认为，从学术发展的内在逻辑看，清代考据学的衰微有以下几种原因。其一，“考据学之研究方法虽甚精善，其研究范围却甚拘迂”。许多问题经大师阐述之后，余下的皆为细枝末节问题，不易出现巨大成就。其二，受生物的周期律影响。当清学成为“学阀”之后，在思想界形成了“汉学专制”的局面，使人厌恶。其三，清学家既教人以尊古，又教人以善疑。这种内在矛盾导致学派内部的异军突起而致使旧的学派衰微。从外部社会原因看，首先，嘉庆、道光以后，专制政治局面有所松弛，人心获得解放，而人们已经预感到社会的危机将至，故起而批评汉学于经世之无用；其次，清学发源地江浙一带，咸丰、同治大乱以后，“文献**然”，学者亦流徙他方；最后，鸦片战争之后，新的矛盾激化，现实政治的忧患使学者将目光转向了现实，再加上海禁解开之后，西学大量输入，追求新知之欲压倒了对旧学的兴趣。凡此种种外缘，皆促使了清代考据学的解体。[60]
这三个方面的分析及其通过分析所得出的具体结论还可以做进一步的丰富、深化，然而这种学术方法已经远远超越了《明儒学案》的学术史范式及其学派的狭隘性，体现了现代学术史的思想性特征和现代学者纵观全局、吞吐百家的宏伟气派，使得清代学术、戴震研究、乾嘉学研究，既不因门户之见而将思想史化约为某一个具体学派的思想承传史，也不是一种简单化的思想史实之再现，追求一种所谓客观的思想历史进程，而是力图通过对学派发生、发展、衰微规律的探索，以现代学术方式体现了中国传统学术研究中的“经世致用”精神，为众多后进深入探索明清三百年学术与思想变化的规律提供了可贵的思想起点。
第四，与钱、侯二人不同，梁氏自觉地将自己看作清代学术发展链条中的一环。他曾经精研晚清古文经学，后又成为晚清今文经学运动中的健将，实际发动、参与、推动了晚清的社会改革运动。这一合行动者与思想者为一身的特殊身份，使得他所著的《清代学术史》对后人而言有一种“深切同情之了解”的意味。这种特殊的学术视角可能限制了他对清代学术与思想做出更为超然的评价态度，然而也正因为如此，使得他的明清学术与思想研究具有更为独到之处：那就是他所叙述的学术与思想史有一种可亲的历史感。他将明清三百年的学术与思想看作对“宋明理学的一大反动”的说法，其可贵之处在于：他能从晚清“汉宋之争”的迷雾中跳出来，以一种全新的“世界史”眼光来审视清代学术、戴震思想、乾嘉学术精神的变化，初步将清代学术思潮纳入“世界史”的潮流之中，使清代三百年的学术、思想史成为现代世界精神史的一部分。相对于他之前的学者，如江藩、方东树、唐鉴对戴震、乾嘉学术研究而言，甚至是其同时人章太炎对戴震、乾嘉学术的研究而言，梁氏在研究方法方面亦有巨大的突破。他跳出了传统的学案形式——如《明儒学案》，初步引入了西方学术规范，从政治与社会心理变化的角度来审视学术、思想的变化，使学术史、思想史获得了广阔的背景知识，摆脱了传统学术史中的门户之争。
梁启超对戴震、乾嘉学术研究的不足也是明显的，从大的方面讲主要有如下几点。
第一，透视焦点的单一化。具体表现在两个方面：其一是用科学精神来贯穿对戴震、乾嘉学术精神的解释；其二是仅看到了戴震、乾嘉学术对宋明理学的“反动”的一面，而未能更加精细地看到他们之间存在内在联系的一面，从而对戴震、乾嘉学术的复杂性认识得不足。
第二，资料堆砌的痕迹明确，很多地方缺乏必要的剪裁。而在有些地方“以述代作”。
第三，对西方哲学与文化的了解不够，比较时有点信手拈来的毛病。有些地方结论下得过快。
尽管梁启超对戴震、乾嘉学术的研究存在种种不足，然而作为开创时期的研究者，既给后人留下了很多重要的研究成果，也拓展了这一领域的研究空间，为后人的进一步研究提供了广阔的学术空间。
