非人类中心主义思潮所主张的“自然价值论”和“自然权利论”力图颠覆传统的人际伦理学，要求平等地看待人类和非人类存在，这在理论上和实践上都存在着难以克服的问题：一是“自然价值论”的主张是直接从生态科学的整体性规律推出的，混淆了事实判断和价值判断的区别，它们的关系在哲学史上也就是著名的“是”与“应当”之间关系的休谟难题，“自然价值论”把二者混淆是犯了“自然主义谬误”的错误。二是非人类中心主义思潮无法通过科学严密的论证说明“自然价值论”，于是就借助“直觉”和“体验”的神秘方式来说明其理论主张，既无法保证理论的严密性、普遍性，又会陷入相对主义、神秘主义的结局中，实际上是一种后现代理论。三是非人类中心主义思潮为了论证人类与生态共同体中的其他存在物是平等的，不得不把人类看作是生态共同体中普通的一员，这实际上否定了人类作为自然的主体和中心地位，把人类降低为消极被动服从自然规律的一般动物，这种以贬损人类地位和尊严的做法来论证自然的价值，是一种反人本主义的伦理学。四是非人类中心主义思潮一方面主张“生物圈平等主义”，强调所有生命都是平等的；另一方面又主张应当依据意识强烈程度来划定存在物的内在价值，不仅存在理论上的内在矛盾，而且在实践活动中必然会遇到问题。这主要体现在：如何处理人类与一般存在物的生存利益之间的矛盾、一般物种与珍稀物种之间的生存利益矛盾、如何处理生物圈中的“食物链”等问题，是非人类中心主义思潮无法回答的。也就是说，非人类中心主义思潮的理论主张的反人本主义、反科学主义、神秘主义和相对主义和后现代主义完全一致，是具有后现代性质的理论，它不仅无法真正落实到人类实践活动中，而且也无法真正规范人类的实践行为。
“自然权利论”同样也面临下列理论和实践上难以克服的矛盾与问题。一是“自然权利论”力图突破权利的属人性质，确立人类之外的存在物的权利。但权利之所以为权利，必定存在权利主体，并必须具备权利意识。而人类之外的存在物既不可能提出其权利的问题，也不可能具备权利意识，这就意味着自然权利不可能存在。非人类中心主义思潮对此质疑的辩护是包括权利在内的任何一个概念的内涵都有一个历史发展过程，但非人类中心主义思潮用人类权利发展的历史性来为动物权利作辩护是无力的。这是因为虽然“权利”在人类社会发展过程中经历了一个不断拓展的历史过程，但因此而要把“权利”拓展到人类之外的存在物上却存在着困难。这是因为作为权利的拥有者必须具备权利意识、行使权利和履行权利义务的能力，人类之外的存在物显然不具备上述能力。也就是说，生态中心论并没有在理论上说清楚如何解决权利的属人性问题如何向权利的自然性问题的过渡问题，依然是非人类中心主义思潮面临的理论难题。事实上，“自然权利”从本质上只能看作是人类权利的物化和延伸，离开了人类的存在，自然无所谓价值和意义，离开了自然，人类无法生存，权利是伴随着人类实践产生和发展的。脱离了人类及其实践，权利就无法被理解。二是如何解决权利与义务的对等性问题。权利总是与义务相联系，二者具有对等性。也就是说权利主体在享受权利的同时，也必然承担相应的义务。显然，人类之外的存在物是无法做到这一点的。这是因为人类之外的存在物不具备任何责任能力，也就无所谓承担义务的问题。我们只能说人类与自然之间存在价值关系，但无法推出自然是道德主体和享有权利的结论。三是自然权利论无法真正处理人类实践中面临的难题。这主要体现在两个方面：其一，生态中心论关于所有生物物种享有平等权利的论断无法解决人类生存与其他物种生存之间的矛盾，坚持“自然权利论”在实践中必然带来荒唐的结果。以彼得·辛格为例，他强调，“当动物所感受的痛苦（或快乐）与人所感受的痛苦（或快乐）在程度上完全相等时，认为动物所感受到的痛苦或快乐没有人的重要，在道德上找不到正当的理由”[2]。他甚至认为缺乏正常人特征的人类并不比动物具有更高的价值，其结果是他不能正确地对待残疾人，特别是残疾婴儿，以至于认为杀死残疾婴儿在许多情况下并不是恶的，实际上否定了残疾婴儿的生存权利。“一周大的婴儿既没有理性也没有自我意识，但很多非人动物在理性、自我意识、感觉和感知能力等方面都超过了一周或一个月大的婴儿。……因此，新生婴儿并不比猪、狗或黑猩猩等非人动物更具有生命主体的价值。”[3]辛格这种观点无异于肯定杀婴行为的正当合理性，坚持自然权利必将损害人类生存的权利。其二，非人类中心主义思潮存在着注重生命个体与生态整体两种类型，具体说，动物解放论、动物权利论、生物中心论重视的是生命个体的权利与利益；而生态中心论则注重的是生态整体的权利与利益。这不仅是理论上的矛盾和混乱，而且在实践中是无法处理生命个体与生态整体、人类与其他生物物种、珍稀动植物与一般动植物之间的生存权利的矛盾与冲突，这意味着其理论在实践中注定会流于空谈。
