《明史》中载，六君子死难后，东林党损失惨重，赋闲在家的阮大铖和朋友聊起这事“诩诩自矜”，那时还是他哥们儿的钱秉镫在《皖髯事实》中描述：“大铖方里居，虽对客不言，而眉间诩诩有伯仁由我之意，其实非大铖所能为也。”“诩诩有伯仁由我之意”，这句话倒是勾勒出阮大铖的小人嘴脸，但幸灾乐祸是有的，要据此判定左光斗、魏大中等人是死在他手上，那也太抬举他了，当时的阮大铖还不是南明的阮尚书，没那么大本事。因此钱秉镫说，“其实非大铖所能为也”。研究南明史的顾诚教授也说：“阮大铖为人小有才，本非志节之士，这是一回事，他的列名魏忠贤逆案是否恰当又是一回事。”
王绍徽是铁杆阉党，此人最大的“成就”就是为半文盲魏忠贤编辑了一本《东林点将录》，内有东林党人总计一百零八位，而阮大铖的名字就赫然在列——“天究星没遮拦穆弘”，排名还挺高，东林好汉中坐第二十四把交椅。阮大铖后来拿这个给自己辩论，“浪子燕青”钱谦益也没表示反对。此处的疑点是：以钱谦益当时的身份、名气，竟然名列天罡最后一名，似没道理比阮大铖排名还低。
假如钱是为了阿附阮、马撒了谎，那么生于崇祯二年（1629年）的复社后人朱彝尊应该不会刻意去帮阮平反，他的《静志居诗话》里写道，“没遮拦穆弘”就是阮大铖。而作《先拨志始》的文秉却说《东林点将录》里的没遮拦穆弘是刘宏化，那么必有一个版本的《东林点将录》被篡改了。据当代史家汗青老师考证，文秉看到的版本，是“各以恩怨为增损”之版本。看到这就知道了，中国历史为啥这么乱套，很多时候拿史笔的跟扶乩的一样，都往对自己有利的方向写，唉。
被崇祯列入“钦定逆案”名单的阮大铖，罪名是“结交近侍”，属于模糊学定罪，因证据不足所以列入“次等”，给了个“坐徒三年，纳赎为民”的处分。《明史》里有关阮大铖结交近侍的记录也很模糊，说他每次去见阉党首脑，必买通小太监，把自己递上去的名片高价回收，相当于现在买通网监删掉对自己不利的帖子。
总之阮大铖的官是当不成了，万幸的是他不缺钱，赎了个自由身。黄宗羲觉得处理得太轻，说“既不足以制小人，徒使小人百计翻之”。这点倒让黄宗羲说中了，回到老家的阮大铖确实不甘心，仗着自己能吹，就对外放风“我要翻案啦，我要被重新起用啦！”很能骗一些愚夫愚妇，都以为他中央有人，上访多年未果的就傻乎乎地给他送礼，跑官买官的更是送来重金求他打点，几个月之内居然收了数万两银子。不过他收了钱没办事，结果激起民变，要不回钱来的排好队游行示威，口号是“杀了大铖阮，安庆才平安”，把他轰出安庆，赶到了南京。
名声臭了，南京也待不长久，不久阮大铖又一次被逼“跑路”。复社的诸位才子于崇祯十一年（1638年）在南京开会，响应黄宗羲的号召，坚决不让小人“百计翻之”。顾杲、吴应箕、陈贞慧等人联手整出个《留都防乱公揭》，目标很明确，就是让阮大铖滚蛋。当时复社征集了一百多位知识分子签名，要把阮大铖批倒批臭，砸烂阮大铖的狗头。老阮望风而逃，在南京郊外牛首山躲了起来。有必要提到的是，当时复社有一个人没签名，此人叫朱茂曙，朱彝尊的父亲。他拒签时说的那句话至今还有可供参考的现实意义：“治小人不宜过激。”
