3月16日，国民党中央执行委员会常务委员会召开第十二次会议，毛泽东列席，并以中央宣传部代理部长身份提出多项提案，并做说明，其中一项是对付京沪等地孙文主义学会问题，主张严加取缔。孙文主义学会是1925年12月黄埔军校内的右派分子贺衷寒、缪斌等在蒋介石、戴季陶支持下成立的。他们出版《国民革命》《孙文主义丛刊》等，打着信仰、研究、宣传孙文主义的旗帜，进行反共活动。他们不仅在广州，而且在上海、北京、天津等地发展孙文主义学会，与西山会议派结合，开展反共活动。毛泽东的提议，获得部分通过。即在北京、上海等地不准发展孙文主义学会。4月23日，第二十二次常务会议，毛泽东、杨匏安等又提出“训令全体党员不得认反动分子为党员，不准加入各地未经本会批准擅自设立孙文主义学会案”。会议决定，除广东外，未经本会批准，不得认为本会附属团体。
由于陈独秀、张国焘的妥协退让，丧失了国民党“二大”中左派占优势的大好形势，造成中央执行委员会及监察委员会内右派占优势、左派陷于孤立的困局。二届中央执委和候补中央执委共60人，共产党员仅14人，中央监察委员12人，共产党员仅1人。“二大”后，蒋介石一方面继续充当“中派”，另一方面制造事端，试探中国共产党的态度和国民党左派的势力。3月18日，蒋介石借黄埔军校驻广州办事处名义，命令海军代理局长、共产党员李之龙，调派中山舰到黄埔候用。19日，李之龙向军校驻广州办事处索补调派兵舰的公函到海军局编号存案。经蒋介石允许“电舰返省”。20日，蒋介石谎称共产党人指挥中山舰炮轰黄埔，共产党人要暴动，宣布戒严，逮捕李之龙等共产党人，包围省港罢工委员会和苏联顾问办事处。毛泽东、陈延年得知后，即往苏联军事顾问代表团团长季山嘉处商量对策。毛泽东提出，动员所有在广州的国民党中央执、监委员到叶挺独立团驻地肇庆开会，通电讨蒋，削其军权，开除党籍；利用蒋介石与其他各军的矛盾，声讨蒋介石。当时在广东的国民革命军有六个军，除第一军外，其他各军军政首脑都反对蒋介石，而且在第一军内，政治骨干大部分都是共产党员。建议遭到季山嘉为首的苏联军事代表团的反对，乃请示陈独秀，又遭陈的冷遇。于是，毛泽东、周恩来建议把从第一军中被迫退出的共产党员派到其他军队中去，建立叶挺独立团式的军队。陈独秀又拒绝了这一正确主张。
4月2日，毛泽东出席了国民党中央执行委员会常务委员、各部部长及中央监察委员联席会议。在会上，毛泽东代表宣传部提出了“畸（左田右令）书社假冒先总理名义，发行《社会主义论》小册应否禁止案”，并说明：“这种冒名孙总理遗著”的事件，“显系贪利市侩所为，若不严加取缔”，那些“行见射利之徒、反革命之辈”，将“淆惑社会听闻，有妨本党前途甚大”。会议接受了这一提案，并做了相应的决议。〔49〕会议还听取和通过了中国共产党广东区执行委员会声明中国共产党对于国民革命所取之态度，中国国民党中央政治委员会函送湖南省党部关于该省最近政治状况等几个报告。
5月15日至22日，国民党在广州召开二届二中全会。毛泽东出席了会议，并在20日的会议上做了《宣传部工作报告》，“将本年2月1日起，截至5月15日止”的宣传工作情形做了简要概括。他说：本部自从第二次全国代表大会闭会以后，即于2月初间，派定职员，分配工作，一切规划设施，均依照第二次代表大会之宣传决议案，依次进行。
