慈禧向来“权力欲”极强，珍妃的干政让她很不舒服，也感受到了威胁，惩罚珍妃不仅是对她的警告，同时也是对光绪和“帝党”一派的震慑：“这国家还是老娘说了算！”
珍妃不仅“作”，还支持光绪变法，于是慈禧对她很不满。戊戌政变后，慈禧将珍妃囚禁于宁寿宫景祺阁北头的东北三所，这里原是明朝奶妈们养老的地方。明制规定，奶妈抚养皇嗣有功，老了不忍打发出去，或者有些不想出宫的就被安排在这里居住。
珍妃住在北房三间最西头的屋子，屋门反锁，只有一扇窗户是活的，饭菜、水都是从此进。她吃着最烂的饭菜，也不准与人交谈，更苦的是，每逢遇到节日、忌日以及每月的初一、十五，会有一个老太监“奉旨申斥”，即列数她的罪过，指着鼻子骂，这时的珍妃得跪下听骂，完事后还得叩头谢恩。
珍妃的结局是被推入井中溺死，可关于她是怎么落井的，说法很多，至今仍是个谜。我简要摘取几种说法：
一说李莲英奉慈禧懿旨将其推入井中。
二说八国联军侵入北京，慈禧不愿带走珍妃，珍妃自己跳入井中。
三说慈禧命太监崔玉贵将其推入井中。
这种说法现在引用很多，即《宫女谈往录》中提到的“当事人”崔玉贵的自述：
“到了颐和轩，老太后已经端坐在那里了。我（指崔玉贵）进前请跪安复旨。说，珍小主奉旨到。我用眼一瞧，颐和轩里一个侍女也没有，空落落的，只有老太后一个人坐在那里，我很奇怪。珍小主进前叩头，道吉祥，完了，就一直跪在地下，低头听训。这时屋子静得掉地下一根针都能听得清楚。
“老太后直截了当地说，洋人打进城里来了。外头乱糟糟，谁也保不定怎么样，万一受到污辱，那就丢尽了皇家的脸，也对不起列祖列宗，你应当明白。话说得很坚决。
“老太后下巴扬着，眼连瞧也不瞧珍妃，静等回话。
“珍妃愣了一下说，我明白，不曾给祖宗丢人。
“太后说，你年轻，容易惹事！我们要避一避，带你走不方便。
“珍妃说，您可以避一避，可以留皇上坐镇京师，维持大局。就这几句话戳了老太后的心窝了，老太后马上把脸一翻，大声呵斥说，你死在临头，还敢胡说。
“珍妃说，我没有应死的罪！
“老太后说，不管你有罪没罪，也得死！
“珍妃说，我要见皇上一面，皇上没让我死！
“太后说，皇上也救不了你。把她扔到井里头去，来人哪！
“就这样，我和王德环一起连揪带推，把珍妃推到贞顺门内的井里。珍妃自始至终嚷着要见皇上！最后大声喊，皇上，来世再报恩啦！”
太监崔玉贵作为推珍妃入井的直接参与者，他的说法可信度还是比较高的。
看到现在的珍妃井，很多人都觉得珍妃很瘦，否则那么小的井口肯定塞不进去。其实这是一种误解，现在看到的井口实际上是用封井石给封住了，是为了防止有人落井。清宫里规定，凡是水井发生过有人落井或其他“特殊事件”的，都将井口用封井石封住，名“落凤井”。不过也有人认为此井并非真正的珍妃井，原井已不复存在。
