两人做了结拜，但各有各的目的。然而，就在善耆为光绪皇帝暗中策划之际，光绪皇帝却病入膏肓。1908年11月14日傍晚，光绪皇帝在中南海瀛台的涵元殿逝世，终年三十八岁。光绪皇帝突然驾崩，让肃亲王善耆毫无准备。第二天，慈禧选择了三岁的溥仪为新帝，溥仪的父亲醇亲王载沣为摄政王，当天傍晚，慈禧太皇太后在仪鸾殿去世。光绪和慈禧相继去世，人心惶惶。但在善耆的严格警戒下，京城没有发生任何治安事件，这让参加葬礼的外国使节都十分感叹。
光绪皇帝驾崩，摄政王载沣上台，当时的肃亲王善耆羽翼已丰，又有日本人的支持。载沣为了提防善耆，始终没有让军权落到善耆手中，还撤掉了他民政大臣的职务。此时的善耆也心灰意冷。就在这时，北京发生了一件震动清廷、轰动全国的大案，汪精卫谋刺摄政王载沣。
当时的汪精卫还是一个坚定的民主革命者，他与几位志同道合的同伴决定暗杀清政府事实上的最高统治者载沣。几人在琉璃厂火神庙附近开设了一家名为“守真”的照相馆，以此作为掩护，对载沣上下朝的路线做了非常细致的考察，最后决定在载沣上下朝必经之路的一座小石桥实施暗杀。随后，他们按照分工，将事先准备好的炸药埋伏在石桥下面。可是埋炸药的时候，就被清廷的侦探发觉了。藏有炸药的铁箱也被清廷起获。顺着铁箱的线索，找到了制作铁箱的铁铺，又顺藤摸瓜，找到了委托制造铁箱子的守真照相馆，在照相馆内将汪精卫抓获。
● 八国联军头目在日本驻京公使馆
● 八国联军头目坐在乾寝宫宝座上
依照《大清律例》，汪精卫应以谋大逆罪被判处极刑。审理这个案子的，正好是肃亲王善耆，在案件审理的过程中，善耆看到了汪精卫的手稿《革命之决心》《告别同志书》之后，感慨万分，对汪精卫等人十分关照，不下跪，不刑讯逼供，还给他们送书送报。
在审判期间，善耆多次到狱中看望汪精卫，做他的思想工作，说来说去，善耆倒被汪精卫这个革命党给说通了。善耆私下说：“如果不是出生在王族，我早就加入革命党反叛朝廷了。”在善耆的力促之下，汪精卫仅以“误解朝廷政策”的罪名，被判处永远监禁，不久就被释放了。
此时的善耆对风雨飘摇的大清朝也心灰意冷。他曾对川岛浪速说：“革命思想之兴起，是由于政治不良基因所致，如果一国的政治得到民众的信任，则欲革命也无人呼应。然而我大清上自亲贵下至小吏，并不解政治为何物，只知肥私。如此失去天下之人心，其趋势已接近亡国。”
善耆心里明白，照此下去，亡国是早晚的事，可他是皇族子孙，保护自己的皇族是他的使命。这一天真的到来了，他却是最积极的反对者。1912年2月12日，隆裕太后带着6岁的小皇帝溥仪，在养心殿举行清王朝的最后一次朝见仪礼，随后宣布退位。在此前一个月，善耆与皇室贵族溥伟、载涛、良弼等人，坚决反对南北议和与清帝逊位，他们密谋打倒内阁总理大臣袁世凯。随后，袁世凯便授意汪精卫暗杀这些皇室贵族。1月26日，良弼被炸死。袁世凯控制了北京，并派人监视、包围了各王公大臣府邸。善耆见大势已去，又感到自身安全受到威胁，不愿意做中华民国的官，不愿意做中华民国的民，一个人跑到天津租界。
川岛浪速便追到了天津，一见面就询问善耆，今后有什么打算。善耆告知川岛浪速，东三省总督赵尔巽报告，张作霖、冯德麟、马龙潭等33名东北将领联名致电，称东北军人愿意起兵救援皇帝，誓当剿灭革命军。自己决定要回东北去，找到赵尔巽，尽快组建满蒙勤王军，保住祖宗基业。
