在朝廷内部，当时奕劻作为世袭罔替的铁帽子王、首席军机大臣，同时又管辖总理衙门、财政处、练兵处，集内外大权于一身，党羽众多。仅军机处，就有袁世凯、那桐、世续、吴郁生等党羽。在奕劻七十大寿时，各地官员进献者络绎不绝，庆王府前车水马龙。仅这一次寿诞，奕劻所得现金达五十万两白银之多，礼物价值更是达到了百万两白银以上。奕劻的行为已经危及清王朝的统治，但是载沣不敢贸然清算奕劻。理由很简单，慈禧在世时都不敢轻易动奕劻，何况他这个刚刚上台的摄政王。于是，载沣决定先从奕劻的党羽下手，这个人就是袁世凯。为什么载沣会选定袁世凯呢？
其实，载沣的哥哥光绪皇帝在世时，就很想除掉袁世凯。在戊戌政变中，由于袁世凯的告密，导致光绪被慈禧囚禁在瀛台长达十年之久。民间有这样一个说法，光绪在被囚禁期间，每天在纸上画大头长身的各式鬼形，写上“袁世凯”三个字，然后撕成碎片。光绪还经常画一只乌龟，龟背写有“袁世凯”三个字，然后贴在墙上用小竹弓射击，射烂之后不解气，还要再取下来剪碎。更玄的是，还有人说光绪临终时一言不发，只是用手在空中写了“斩袁”两个字。在慈禧死后，就连“乱党”康有为和梁启超都致书载沣说：“两宫祸变，袁世凯实为罪魁，乞诛贼臣。”对于载沣来说，清算袁世凯符合民意。
其次，逐渐成长起来的皇室少壮派也非常不喜欢袁世凯。当时，北京周围新建陆军一共有六镇，其中有五镇是袁世凯的部队。而且，东三省、直隶、山东的总督、巡抚大多是袁世凯的心腹亲信，袁世凯实际上控制了清政府北方的军政大权。袁世凯仗着朝中有奕劻这个后台，又手握重兵，早就被一群急于掌权的少年亲贵们视为眼中钉。
于是，载沣找来善耆、载泽、载涛、溥伟等人商议，年轻的满洲贵族们意见一致，诛杀袁世凯。然而，载沣冷静之后仔细一想，立即发现了一个大难题，找不到合适的罪名杀袁世凯。但年轻的皇室贵族毫不气馁，他们跟载沣说：袁世凯天天上朝，干脆在紫禁城里先把袁世凯杀掉再说。恭亲王溥伟甚至自告奋勇，要用家传宝刀白虹刀手刃袁世凯，为国锄奸。说到激动处，溥伟手舞足蹈，而载沣心里则非常不安。
据载沣的弟弟载涛回忆，载沣是个循规蹈矩的人，他同意杀袁世凯，但又希望通过合法的程序办成一个铁案，从而对天下有个交代。现在举不出可杀之罪，而年轻亲贵们杀气腾腾，这哪里是为国锄奸，简直是一场政变，这超出了载沣的预期。载沣一筹莫展，于是决定召集政治经验丰富的几位军机大臣，研究一下该怎样处理袁世凯。溥伟等年轻的皇室成员得知消息，气得直跺脚，这种事情只有用非常手段果断处置，哪能放到桌面上研究。确实，后来的历史也表明，这是载沣最失败的一步棋，也直接导致了清政府的加速灭亡。
很快，四位军机大臣应召而至，分别是庆亲王奕劻、世续以及年逾七旬的张之洞和鹿传霖。听说要杀掉袁世凯，奕劻首先站出来反对，但又没有合适的理由，于是倚老卖老索性哭了起来。载沣明白，处理袁世凯的方案将遇到巨大的阻力，所以他把目光转向张之洞。张之洞素来看不起袁世凯，二人之间多多少少有些矛盾。在这种情况下，载沣急需得到张之洞的支持。
但此时的张之洞却心里冰凉，虽然他素来瞧不起袁世凯，但国家大臣说杀就杀，这个先例一开后果难以想象，必须阻止。张之洞稍加思考，斩钉截铁地说：“主少国疑，不可轻于诛戮大臣！”意思是君主年幼，国家动**，政局不稳，不能自相残杀，自毁长城。张之洞的表态立即让奕劻止住了哭声，他恶狠狠地说：“杀袁世凯不难，不过北洋军如果造起反来怎么办？”
最终，在张之洞的调和下，载沣不再主张杀袁世凯，而奕劻等人也同意将袁世凯撤职。但这时候却出现了一个意外，袁世凯从京城消失了。
