万历元年又渐涸，复一浚之。岁贡生许汝愚上言：“国初置四闸：曰京口，曰丹徒，防三江之涸；曰吕城，曰奔牛，防五湖之泄。自丹阳至镇江蓄为湖者三：曰练湖，曰焦子，曰杜墅。岁久，居民侵种，焦、杜二湖俱涸，仅存练湖，犹有侵者。而四闸俱空设矣。请浚三湖故址通漕。”总河傅希挚言：“练湖已浚，而焦子、杜墅源少无益。”其议遂寝。未几，练湖复淤浅。
五年，御史郭思极、陈世宝先后请复练湖，浚孟渎。而给事中汤聘尹则请於京口旁别建一闸，引江流内注，潮长则开，缩则闭。御史尹良任又言：“孟渎渡江入黄家港，水面虽阔，江流甚平，由此抵泰兴以达湾头、高邮仅二百馀里，可免瓜、仪不测之患。至如京口北渡金山而下，中流遇风有漂溺患，宜挑甘露港夹岸洲田十馀里，以便回泊。”御史林应训又言：“自万缘桥抵孟渎，两厓陡峻，雨潦易圮，且江潮涌沙，淤塞难免。宜於万缘桥、黄连树各建闸以资蓄泄。”又言：“练湖自西晋陈敏遏马林溪，引长山八十四溪之水以溉云阳，堤名练塘，又曰练河，凡四十里许。环湖立涵洞十三。宋绍兴时，中置横埂，分上下湖，立上、中、下三闸。八十四溪之水始经辰溪冲入上湖，复由三闸转入下湖。洪武间，因运道涩，依下湖东堤建三闸，借湖水以济运，后乃渐堙。今当尽革侵占，复浚为湖。上湖四际夹阜，下湖东北临河，原埂完固，惟应补中间缺口，且增筑西南，与东北相应。至三闸，惟临湖上闸如故，宜增建中、下二闸，更设减水闸二座，界中、下二闸间。共革田五千亩有奇，塞沿堤私设涵洞，止存其旧十三处，以宣泄湖水。冬春即闭塞，毋得私启。盖练湖无源，惟藉潴蓄，增堤启闸，水常有馀，然后可以济运。臣亲验上湖地仰，八十四溪之水所由来，惧其易泄；下湖地平衍，仅高漕河数尺，又常惧不盈。诚使水裕堤坚，则应时注之，河有全力矣。”皆下所司酌议。
十三年，镇江知府吴捴谦复言：“练湖中堤宜饬有司春初即修，以防冲决，且禁势豪侵占。”从之。十七年浚武进横林漕河。
崇祯元年，浚京口漕河。五年，太常少卿姜志礼建《漕河议》，言：“神庙初，先臣宝著《漕河议》，当事采行，不开河而济运者二十馀年。后复佃湖妨运，岁累畚锸。故老有言，“京口闸底与虎丘塔顶平”，是可知挑河无益，蓄湖为要也。今当革佃修闸，而高筑上下湖围埂，蓄水使深。且漕河闸座非仅京口、吕城、新闸、奔牛数处而已，陵口、尹公桥、黄泥坝、新丰、大犊山节节有闸，皆废去，并宜修建。而运道支流如武进洞子河、连江桥河、扁担河，丹阳简桥河、陈家桥河、七里桥河、丁议河、越渎河，胜村溪之大坝头，丹阳甘露港南之小闸口，皆应急修整。至奔牛、吕城之北，各设减水闸。岁十月实以土，商民船尽令盘坝。
此皆旧章所当率由。近有欲开九曲河，使运船竟从泡港闸出江，直达扬子桥，以免瓜洲启闸稽迟者，试而后行可也。回空粮艘及官舫，宜由江行，而於河庄设闸启闭。数役并行，漕事乃大善矣。”议不果行。
