其后，堤岸渐倾，水从高堰决入，淮郡遂同鱼鳖。而当事者未考其故，谓海口壅闭，宜亟穿支渠。讵知草湾一开，西桥以上正河遂至淤阻。夫新河阔二十馀丈，深仅丈许，较故道仅三十之一，岂能受全河之水？下流既壅，上流自溃，此崔镇诸口所由决也。今新河复塞，故河渐已通流，虽深阔未及原河十一，而两河全下，沙随水刷，欲其全复河身不难也。河身既复，阔者七八里，狭亦不下三四百丈，滔滔东下，何水不容？匪惟不必别凿他所，即草湾亦可置勿浚矣。
故为今计，惟修复陈瑄故迹，高筑南北两堤，以断两河之内灌，则淮、扬昏垫可免。塞黄浦口，筑宝应堤，浚东关等浅，修五闸，复五坝，则淮南运道无虞。坚塞桃源以下崔镇口诸决，则全河可归故道。黄、淮既无旁决，并驱入海，则沙随水刷，海口自复，而桃、清浅阻，又不足言。此以水治水之法也。若夫爬捞之说，仅可行诸闸河，前入屡试无功，徒费工料。”
於是条上六议：曰塞决口以挽正河，曰筑堤防以杜溃决，曰复闸坝以防外河，曰创滚水坝以固堤岸，曰止浚海工程以省糜费，曰寝开老黄河之议以仍利涉。帝悉从其请。
七年十月，两河工成，赉季驯、一麟银币，而遣给事中尹瑾勘实。八年春进季驯太子太保工部尚书，荫一子。一麟等迁擢有差。是役也，筑高家堰堤六十馀里，归仁集堤四十馀里，柳浦湾堤东西七十馀里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千馀丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十馀里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸於甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑，费帑金五十六万有奇。其秋擢季驯南京兵部尚书。
季驯又请复新集至小浮桥故道，给事中王道成、河南巡抚周鉴等不可而止。自桂芳、季驯时罢总河不设，其后但以督漕兼理河道。高堰初筑，清口方畅，流连数年，河道无大患。
至十五年，封丘、偃师、东明、长垣屡被冲决。大学士申时行言：“河所决地在三省，守臣画地分修，易推委。河道未大坏，不必设都御史，宜遣风力老成给事中一人行河。”乃命工科都给事中常居敬往。居敬请修筑大社集东至白茅集长堤百里。从之。
初，黄河由徐州小浮桥入运，其河深且近洪，能刷洪以深河，利於运道。后渐徙沛县飞云桥及徐州大、小溜沟。至嘉靖末，决邵家口，出秦沟，由浊河口入运，河浅，迫茶城，茶城岁淤，运道数害。万历五年冬，河复南趋，出小浮桥故道，未几复堙。潘季驯之塞崔镇也，厚筑堤岸，束水归漕。嗣后水发，河臣辄加堤，而河身日高矣。於是督漕佥都御史杨一魁欲复黄河故道，请自归德以下丁家道口浚至石将军庙，令河仍自小浮桥出。又言：“善治水者，以疏不以障。年来堤上加堤，水高凌空，不啻过颡。滨河城郭，决水可灌。宜测河身深浅，随处挑浚，而於黄河分流故道，设减水石门以泄暴涨。”给事中王士性则请复老黄河故道。大略言：
“自徐而下，河身日高，而为堤以束之，堤与徐州城等。束益急，流益迅，委全力於淮而淮不任。故昔之黄、淮合，今黄强而淮益缩，不复合矣。黄强而一启天妃、通济诸闸，则灌运河如建瓴。高、宝一梗，江南之运坐废。淮缩则退而侵泗。为祖陵计，不得不建石堤护之。堤增河益高，根本大可虞也。河至清河凡四折而后入海。淮安、高、宝、盐、兴数百万生灵之命托之一丸泥，决则尽成鱼暇矣。
纷纷之议，有欲增堤泗州者，有欲开颜家、灌口、永济三河，南甃高家堰、北筑滚水坝者。总不如复河故道，为一劳永逸之计也。河故道由三义镇达叶家冲与淮合，在清河县北别有济运河，在县南盖支河耳。河强夺支河，直趋县南，而自弃北流之道，然河形固在也。自桃源至瓦子滩凡九十里，洼下不耕，无室庐填墓之碍，虽开河费钜，而故道一复，为利无穷。”
议皆未定。居敬及御史乔璧星皆请复专设总理大臣。乃命潘季驯为右都御史总督河道。
