初，边政严明，官军皆有定职。总兵官总镇军为正兵，副总兵分领三千为奇兵，游击分领三千往来防御为游兵，参将分守各路东西策应为援兵。营堡墩台分极冲、次冲，为设军多寡。平时走阵、哨探、守瞭、焚荒诸事，无敢惰。稍违制，辄按军法。而其后皆废坏云。
沿海之地，自乐会接安南界，五千里抵闽，又二千里抵浙，又二千里抵南直隶，又千八百里抵山东，又千二百里逾宝坻、卢龙抵辽东，又千三百余里抵鸭绿江。岛寇倭夷，在在出没，故海防亦重。
吴元年，用浙江行省平章李文忠言，嘉兴、海盐、海宁皆设兵戍守。洪武四年十二月，命靖海侯吴祯籍方国珍所部温、台、庆元三府军士及兰秀山无田粮之民，凡十一万余人，隶各卫为军。且禁沿海民私出海。时国珍及张士诚余众多窜岛屿间，勾倭为寇。五年，命浙江、福建造海舟防倭。明年，从德庆侯廖永忠言，命广洋、江阴、横海、水军四卫增置多橹快船，无事则巡徼，遇寇以大船薄战，快船逐之。诏祯充总兵官，领四卫兵，京卫及沿海诸卫军悉听节制。每春以舟师出海，分路防倭，迄秋乃还。十七年，命信国公汤和巡视海上，筑山东、江南北、浙东西沿海诸城。后三年，命江夏侯周德兴抽福建福、兴、漳、泉四府三丁之一，为沿海戍兵，得万五千人。移置卫所于要害处，筑城十六。复置定海、盘石、金乡、海门四卫于浙，金山卫于松江之小官场，及青村、南汇嘴城二千户所，又置临山卫于绍兴，及三山、沥海等千户所，而宁波、温、台并海地，先已置八千户所，曰平阳、三江、龙山、霩戺、大松、钱仓、新河、松门，皆屯兵设守。
二十一年，又命和行视闽粤，筑城增兵。置福建沿海指挥使司五，曰福宁、镇东、平海、永宁、镇海。领千户所十二，曰大金、定海、梅花、万安、莆禧、崇武、福全、金门、高浦、六鳌、铜山、玄钟。二十三年，从卫卒陈仁言，造苏州太仓卫海舟。旋令滨海卫所，每百户及巡检司皆置船二，巡海上盗贼。后从山东都司周彦言，建五总寨于宁海卫，与莱州卫八总寨，共辖小寨四十八。已，复命重臣勋戚魏国公徐辉祖等分巡沿海。帝素厌日本诡谲，绝其贡使，故终洪武、建文世不为患。
永乐六年，命丰城侯李彬等缘海捕倭，复招岛人、醿户、贾竖、渔丁为兵，防备益严。十七年，倭寇辽东，总兵官刘江歼之于望海埚。自是倭大惧，百余年间，海上无大侵犯。朝廷阅数岁一令大臣巡警而已。
至嘉靖中，倭患渐起，始设巡抚浙江兼管福建海道提督军务都御史。已，改巡抚为巡视。未几，倭寇益肆。乃增设金山参将，分守苏、松海防，寻改为副总兵，调募江南、北徐、邳官民兵充战守，而杭、嘉、湖亦增参将及兵备道。三十三年，调拨山东民兵及青州水陆枪手千人赴淮、扬，听总督南直军务都御史张经调用。时倭纵掠杭、嘉、苏、松，踞柘林城为窟穴，大江南北皆被扰。监司任环败之，经亦有王家泾之捷，乃遁出海，复犯苏州。于是南京御史屠仲律言五事。
其守海口云：“守平阳港、黄花澳，据海门之险，使不得犯温、台。守宁海关、湖头湾，遏三江之口，使不得窥宁、绍。守鳖子门、乍浦峡，使不得近杭、嘉。
守吴淞、刘家河、七丫港，使不得掩苏、松。且宜修饬海舟，大小相比，或百或五十联为一，募惯习水工领之，而充以原额水军，于诸海口量缓急置防。”
部是其议。未几，兵部亦言：“浙、直、通、泰间最利水战，往时多用沙船破贼，请厚赏招徕之。防御之法，守海岛为上，宜以太仓、崇明、嘉定、上海沙船及福仓、东莞等船守普陀、大衢。陈钱山乃浙、直分路之始，狼、福二山约束首尾，交接江洋，亦要害地，宜督水师固守。”报可。已，复令直隶吴淞江、刘家河、福山港、镇江、圌山五总添设游兵，听金山副总兵调度。
